More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PCC7424_1386 on replicon NC_011729
Organism: Cyanothece sp. PCC 7424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
207 aa  410  1e-114  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  56.86 
 
 
186 aa  223  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  56.37 
 
 
186 aa  220  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  53.43 
 
 
233 aa  212  2.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  51.92 
 
 
208 aa  206  2e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  49.03 
 
 
217 aa  191  8e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  50.25 
 
 
182 aa  181  5.0000000000000004e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  44.55 
 
 
180 aa  163  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
176 aa  158  7e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  42.36 
 
 
181 aa  155  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  39.9 
 
 
176 aa  150  1e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  39.9 
 
 
176 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  41.18 
 
 
180 aa  146  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  43.16 
 
 
177 aa  142  5e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  36.1 
 
 
179 aa  126  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  35.92 
 
 
179 aa  123  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 
179 aa  122  4e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  33.82 
 
 
179 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  33.5 
 
 
173 aa  99  5e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  33.64 
 
 
235 aa  92  5e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 
177 aa  86.3  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  36.2 
 
 
181 aa  84.3  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  33.66 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  31.53 
 
 
171 aa  80.1  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  31.4 
 
 
209 aa  79.3  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  28.29 
 
 
172 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  31.53 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  31.28 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  30.52 
 
 
201 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  23.15 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  31.19 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
172 aa  73.6  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  28.22 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 
200 aa  73.6  0.000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43626  predicted protein  29.49 
 
 
341 aa  72.8  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00000259713  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  30.88 
 
 
170 aa  72.8  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  26.6 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  30.54 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  26.6 
 
 
169 aa  72  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  30.05 
 
 
170 aa  71.6  0.000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  25.98 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  27.92 
 
 
212 aa  71.2  0.000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.95 
 
 
174 aa  70.9  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
169 aa  70.5  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  29.35 
 
 
187 aa  70.5  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  27.32 
 
 
167 aa  70.5  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  29.58 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  29.58 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 
169 aa  69.3  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  30.43 
 
 
210 aa  69.3  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  37.4 
 
 
231 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  27.8 
 
 
179 aa  68.6  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  27.64 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  27.86 
 
 
167 aa  67.4  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  26.54 
 
 
199 aa  67.8  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  32.38 
 
 
180 aa  67.4  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  26.96 
 
 
171 aa  67  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  32 
 
 
177 aa  66.6  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  27.14 
 
 
225 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  28.43 
 
 
166 aa  66.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  32.38 
 
 
180 aa  66.2  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  27.14 
 
 
237 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  29.23 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 
223 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  30.96 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  27.55 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  30.96 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  30.34 
 
 
152 aa  65.5  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  33.58 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  29.74 
 
 
175 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  27.64 
 
 
225 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  30.05 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1070  16S rRNA-processing protein RimM  27.64 
 
 
225 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0584634  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 
178 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  27.64 
 
 
225 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 
171 aa  64.3  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  27.94 
 
 
185 aa  64.7  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  28.08 
 
 
176 aa  64.7  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  28.71 
 
 
173 aa  63.9  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  25.98 
 
 
171 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  25.13 
 
 
173 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  26.24 
 
 
172 aa  63.2  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  30.61 
 
 
178 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.33 
 
 
191 aa  63.2  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  27.36 
 
 
174 aa  62.8  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  27.72 
 
 
166 aa  63.2  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  26.71 
 
 
173 aa  62.8  0.000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  25.49 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  29.27 
 
 
176 aa  63.2  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  29.44 
 
 
248 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  29.59 
 
 
179 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  29.45 
 
 
179 aa  62.8  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  25.49 
 
 
171 aa  62.8  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 
170 aa  62.8  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  29.23 
 
 
178 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  33.59 
 
 
176 aa  62  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  27.23 
 
 
166 aa  62.4  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  29.44 
 
 
244 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  27.64 
 
 
167 aa  62.4  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>