More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3188 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 289 aa  555  1e-157  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  60 
 
 		 306 aa  328  9e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1727  tRNA pseudouridine synthase B  64.08 
 
 		 297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  58.28 
 
 		 299 aa  316  3e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  60.27 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  56.27 
 
 		 322 aa  306  4.0000000000000004e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  58.54 
 
 		 293 aa  300  1e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  58.8 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7739  tRNA pseudouridine synthase B  61.77 
 
 		 305 aa  298  6e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  58.89 
 
 		 295 aa  298  7e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  59.65 
 
 		 289 aa  296  3e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  58.8 
 
 		 302 aa  293  3e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  58.08 
 
 		 295 aa  291  1e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2158  tRNA pseudouridine synthase B  54.51 
 
 		 299 aa  285  7e-76  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285493  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1186  tRNA pseudouridine synthase B  59.3 
 
 		 313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.372827 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1213  tRNA pseudouridine synthase B  58.39 
 
 		 325 aa  276  2e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  57.84 
 
 		 298 aa  276  3e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1449  tRNA pseudouridine synthase B  57.39 
 
 		 301 aa  272  5.000000000000001e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00175949  normal  0.371099 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  55.9 
 
 		 294 aa  271  1e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  56.23 
 
 		 336 aa  266  2e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3960  tRNA pseudouridine synthase B  55.17 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  54.12 
 
 		 297 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  54.12 
 
 		 297 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  54.12 
 
 		 297 aa  258  1e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23430  tRNA pseudouridine synthase B  53.21 
 
 		 343 aa  257  2e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.902891  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  58.03 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3558  tRNA pseudouridine synthase B  55.67 
 
 		 327 aa  253  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.567602  normal  0.599891 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 298 aa  249  4e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11500  tRNA pseudouridine 55 synthase  47.53 
 
 		 348 aa  248  8e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0558927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5115  tRNA pseudouridine synthase B  53.33 
 
 		 310 aa  238  6.999999999999999e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135033  normal  0.0750927 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10340  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 318 aa  238  6.999999999999999e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.182635  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1336  tRNA pseudouridine synthase B  55.86 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671374  hitchhiker  0.00117638 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2213  tRNA pseudouridine synthase B  53.64 
 
 		 323 aa  232  7.000000000000001e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0106911  normal  0.0721688 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  51.02 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1021  tRNA pseudouridine synthase B  47.14 
 
 		 333 aa  226  3e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1378  tRNA pseudouridine synthase B  54.45 
 
 		 327 aa  223  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.758516  normal  0.467888 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.56 
 
 		 293 aa  208  9e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0287  tRNA pseudouridine synthase B  38.96 
 
 		 367 aa  204  1e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  50.94 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  44.89 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  52.11 
 
 		 307 aa  199  5e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1745  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 387 aa  198  7.999999999999999e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 297 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  41.52 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  46.09 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0827  tRNA pseudouridine synthase B  51.83 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000378584 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1105  tRNA pseudouridine synthase B  43.62 
 
 		 313 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.26874  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  48.87 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 		 313 aa  185  7e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  46.7 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  43.84 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  47.89 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 321 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 321 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  45.7 
 
 		 302 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  44.83 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.82 
 
 		 241 aa  181  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  47.84 
 
 		 301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  43.15 
 
 		 314 aa  179  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2131  tRNA pseudouridine synthase B  44.57 
 
 		 315 aa  179  4.999999999999999e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.222918  normal  0.419239 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  40.5 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  43.15 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 344 aa  179  7e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 308 aa  179  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  44.44 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  47.2 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  37.86 
 
 		 280 aa  177  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1165  tRNA pseudouridine synthase B  42.95 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.705511  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0543  tRNA pseudouridine synthase B  43.25 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0888324  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1233  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0870856  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  43.88 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  45.16 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  43.25 
 
 		 371 aa  174  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  47.62 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  43.87 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  35.67 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  46.7 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 249 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09390  tRNA pseudouridine 55 synthase  43.56 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.86572 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  48.83 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  46.23 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  37.06 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>