More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_3407 on replicon NC_014213
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014213  Mesil_3407  translation initiation factor IF-2  100 
 
 		 248 aa  478  1e-134  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60542  normal  0.126048 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1258  diguanylate cyclase  73.59 
 
 		 248 aa  317  1e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.693727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 340 aa  87.8  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.97 
 
 		 531 aa  87.4  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3590  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.45 
 
 		 443 aa  85.9  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 341 aa  84  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  32.18 
 
 		 873 aa  84  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 341 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  34.62 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  34.62 
 
 		 341 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0984  sensory box protein  39.88 
 
 		 810 aa  81.3  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  42.76 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  38 
 
 		 557 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 662 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  38 
 
 		 557 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 341 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.06 
 
 		 741 aa  80.1  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  41.29 
 
 		 533 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0995  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.46 
 
 		 762 aa  80.1  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.304607 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 555 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 555 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  38 
 
 		 557 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2737  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.42 
 
 		 951 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000925868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.79 
 
 		 697 aa  79.7  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.216433  normal  0.76147 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  33.97 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 467 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 341 aa  79  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  39.02 
 
 		 673 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 560 aa  79  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.76 
 
 		 461 aa  78.6  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5381  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.76 
 
 		 604 aa  78.6  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.788293 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.67 
 
 		 607 aa  78.6  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4627  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 585 aa  78.6  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 467 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 423 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.97 
 
 		 819 aa  77.8  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0216119  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 555 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2585  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 479 aa  77.8  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.112747 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.46 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454902  normal  0.027524 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2296  GGDEF domain-containing protein  35 
 
 		 529 aa  78.2  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  41.22 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  30.69 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5528  sensory box/GGDEF family protein  33.13 
 
 		 909 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.024998  hitchhiker  0.000000585102 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0267  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.28 
 
 		 500 aa  77.4  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0141639 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1669  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 499 aa  77.4  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.74 
 
 		 841 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.992809  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 771 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 287 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.12 
 
 		 619 aa  77  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 467 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01454  hypothetical protein  34.86 
 
 		 665 aa  76.3  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  27.98 
 
 		 417 aa  76.3  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0381  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.874327  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 572 aa  76.3  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.87 
 
 		 748 aa  75.9  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0333  GGDEF domain-containing protein  30.77 
 
 		 364 aa  75.9  0.0000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3556  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36 
 
 		 905 aa  75.9  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.88325  normal  0.39495 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0977  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 657 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.411883  normal  0.0692156 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.65 
 
 		 355 aa  75.5  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  38 
 
 		 555 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  31.17 
 
 		 461 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0228  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 475 aa  75.5  0.0000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.697519 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.72 
 
 		 729 aa  75.5  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  36.65 
 
 		 420 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.54 
 
 		 714 aa  75.5  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3301  hypothetical protein  35.42 
 
 		 751 aa  75.5  0.0000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.793369  normal  0.543821 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 341 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 410 aa  75.1  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 		 862 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 		 423 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5426  sensory box/GGDEF family protein  33.13 
 
 		 909 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 446 aa  74.7  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5151  sensory box/GGDEF family protein  33.74 
 
 		 909 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.954767  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.14 
 
 		 1012 aa  75.1  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 454 aa  74.7  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004010  GGDEF domain protein  34.08 
 
 		 667 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5543  sensory box/GGDEF family protein  33.74 
 
 		 909 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.129042  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 628 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1093  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.35 
 
 		 731 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5012  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 493 aa  74.7  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 612 aa  74.7  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0892  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.701109  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2810  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 442 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5477  sensory box/GGDEF family protein  33.13 
 
 		 909 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4983  sensory box/GGDEF family protein  33.74 
 
 		 909 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5001  sensory box/GGDEF family protein  33.74 
 
 		 909 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.129859  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 341 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.32 
 
 		 909 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2089  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.16 
 
 		 749 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.61 
 
 		 856 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>