More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1556 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1556  serine phosphatase  100 
 
 		 363 aa  714    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.79241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5480  protein serine/threonine phosphatase  62.83 
 
 		 455 aa  397  1e-109  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00189535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1873  protein serine/threonine phosphatase  48.29 
 
 		 382 aa  266  5.999999999999999e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.755002  normal  0.205134 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2409  Stage II sporulation E family protein  38.27 
 
 		 400 aa  210  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2103  Stage II sporulation E family protein  41.55 
 
 		 350 aa  196  5.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5915  protein serine/threonine phosphatase  40.48 
 
 		 372 aa  185  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0085  protein serine/threonine phosphatase  37.3 
 
 		 375 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.611394  normal  0.0411446 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0174  serine phosphatase  40.65 
 
 		 390 aa  176  6e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.872629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0088  stage II sporulation E family protein  38.12 
 
 		 375 aa  172  1e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0848  protein serine/threonine phosphatase  39.6 
 
 		 369 aa  162  9e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.509752  normal  0.225073 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1695  stage II sporulation E family protein  40.24 
 
 		 346 aa  160  5e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0870633  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2794  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.64 
 
 		 376 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.242922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3720  protein serine/threonine phosphatase  42.47 
 
 		 315 aa  149  9e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.124  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6901  protein serine/threonine phosphatase  40.06 
 
 		 400 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.473487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0249  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  34.67 
 
 		 359 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5452  protein serine/threonine phosphatase  33.24 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180738  normal  0.458665 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4609  protein serine/threonine phosphatase  35 
 
 		 395 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.919573  decreased coverage  0.0000074817 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3955  protein serine/threonine phosphatase  28.94 
 
 		 391 aa  94  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0050262  normal  0.108854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2796  protein phosphatase 2C-like  30.98 
 
 		 397 aa  92.8  9e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1132  protein serine/threonine phosphatase  31.83 
 
 		 389 aa  90.1  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3436  protein serine/threonine phosphatase  33.72 
 
 		 488 aa  89  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0107895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0916  putative PAS/PAC sensor protein  36.15 
 
 		 781 aa  88.6  2e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.557683 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4921  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.5 
 
 		 549 aa  86.7  6e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.923256  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0864  putative PAS/PAC sensor protein  30.52 
 
 		 633 aa  83.6  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1690  putative PAS/PAC sensor protein  28.94 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.074722  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1306  protein serine/threonine phosphatase  33.66 
 
 		 406 aa  80.5  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2194  Stage II sporulation E family protein  32.2 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0093  stage II sporulation E family protein  31.75 
 
 		 464 aa  77.8  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  27.64 
 
 		 1100 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2919  putative PAS/PAC sensor protein  32.81 
 
 		 581 aa  76.6  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  34.96 
 
 		 956 aa  76.6  0.0000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  28.93 
 
 		 1082 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0665  protein serine/threonine phosphatase  34.18 
 
 		 800 aa  76.6  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.72005 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  31.52 
 
 		 1087 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  34.16 
 
 		 547 aa  75.9  0.0000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5090  protein serine/threonine phosphatase  33.33 
 
 		 487 aa  75.9  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000290329  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5165  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.66 
 
 		 583 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115407  normal  0.0326575 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0186  protein serine/threonine phosphatase  30.71 
 
 		 512 aa  75.9  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3094  putative PAS/PAC sensor protein  27.84 
 
 		 519 aa  74.7  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259313 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4657  serine phosphatase  31.91 
 
 		 467 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.767582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5158  serine phosphatase  30.2 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  28.16 
 
 		 1079 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5247  putative GAF sensor protein  30.2 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  32.69 
 
 		 828 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1450  hypothetical protein  27.59 
 
 		 472 aa  74.7  0.000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  31.07 
 
 		 770 aa  74.7  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4104  stage II sporulation E family protein  32.91 
 
 		 694 aa  73.9  0.000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3042  protein serine/threonine phosphatase  36.31 
 
 		 492 aa  73.9  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0802508  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  29.76 
 
 		 438 aa  73.6  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  30.74 
 
 		 1087 aa  72.8  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2943  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.44 
 
 		 470 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  31.58 
 
 		 618 aa  72.4  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5539  putative GAF sensor protein  29.8 
 
 		 431 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.509272  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1818  protein serine/threonine phosphatase  34.56 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4524  protein serine/threonine phosphatase  32.49 
 
 		 693 aa  72  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280283 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0787  putative PAS/PAC sensor protein  26.19 
 
 		 356 aa  70.9  0.00000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.84 
 
 		 1051 aa  70.9  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 		 1385 aa  70.9  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  33.47 
 
 		 607 aa  70.5  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  34.55 
 
 		 576 aa  70.1  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 1361 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0288  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.65 
 
 		 572 aa  69.7  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  32.6 
 
 		 865 aa  69.7  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0619  putative PAS/PAC sensor protein  29.37 
 
 		 391 aa  69.7  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  27.78 
 
 		 692 aa  69.3  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35020  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  31.3 
 
 		 437 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  32.42 
 
 		 607 aa  69.3  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2035  serine phosphatase  30.89 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  34.05 
 
 		 544 aa  68.6  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  31.56 
 
 		 546 aa  67.8  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  29.24 
 
 		 576 aa  67.8  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2893  putative PAS/PAC sensor protein  29.18 
 
 		 393 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  33.98 
 
 		 1432 aa  67.4  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2937  putative PAS/PAC sensor protein  29.18 
 
 		 393 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.83 
 
 		 738 aa  67  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2923  putative PAS/PAC sensor protein  29.18 
 
 		 393 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.212662 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  29.67 
 
 		 627 aa  66.6  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  30.3 
 
 		 692 aa  66.6  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  29.48 
 
 		 693 aa  66.6  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  32.95 
 
 		 932 aa  66.6  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 1370 aa  66.6  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0060  serine phosphatase  32.2 
 
 		 706 aa  66.6  0.0000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0461367 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4557  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28 
 
 		 606 aa  66.6  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.89 
 
 		 450 aa  66.6  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2468  stage II sporulation E family protein  30.1 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3857  putative PAS/PAC sensor protein  30.45 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.116252 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2401  protein serine/threonine phosphatase  32.34 
 
 		 376 aa  65.9  0.0000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.151226 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  29.96 
 
 		 585 aa  65.5  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0442  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.44 
 
 		 421 aa  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.723738  normal  0.440975 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3068  serine phosphatase  25.42 
 
 		 612 aa  65.5  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0541  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  29.58 
 
 		 445 aa  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5315  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  31.38 
 
 		 750 aa  65.1  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.315721 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0287  protein phosphatase 2C-like protein  31.4 
 
 		 743 aa  64.7  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.575817  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1711  putative PAS/PAC sensor protein  29.19 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2115  putative PAS/PAC sensor protein  28.28 
 
 		 536 aa  64.7  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0663  protein serine/threonine phosphatase  30.58 
 
 		 846 aa  65.1  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  30.12 
 
 		 685 aa  65.1  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3234  serine phosphatase  30.14 
 
 		 631 aa  65.1  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2718  serine phosphatase  27.24 
 
 		 533 aa  64.7  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.482348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2742  protein phosphatase 2C domain-containing protein  30.83 
 
 		 438 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0101851  normal  0.919668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>