238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5222 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1985  type III restriction enzyme, res subunit  48.39 
 
 		 1116 aa  940    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5222  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 995 aa  2050    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2984  type III restriction protein res subunit  35.34 
 
 		 1113 aa  546  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135376  normal  0.189592 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3974  type III restriction enzyme, res subunit  33.73 
 
 		 1093 aa  510  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.361688  normal  0.0160055 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5781  type III restriction protein res subunit  35.14 
 
 		 978 aa  501  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0358672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0066  type III restriction protein res subunit  33.04 
 
 		 1100 aa  478  1e-133  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2131  DEAD/DEAH box helicase  31.41 
 
 		 1099 aa  399  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.812467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4408  type III restriction enzyme, res subunit  27.84 
 
 		 976 aa  293  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2754  hypothetical protein  30.51 
 
 		 526 aa  190  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  26.52 
 
 		 619 aa  119  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6393  type III restriction protein res subunit  27.01 
 
 		 609 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  27.72 
 
 		 676 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1646  type III restriction enzyme, res subunit  25.9 
 
 		 654 aa  82.4  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0299889 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  23.44 
 
 		 812 aa  76.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0366  type III restriction protein res subunit  23.63 
 
 		 1012 aa  75.1  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.64384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  23.92 
 
 		 813 aa  74.3  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0670  type III restriction protein res subunit  25.36 
 
 		 652 aa  73.2  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  24.93 
 
 		 462 aa  71.6  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  25.32 
 
 		 979 aa  69.3  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2154  type III restriction enzyme, res subunit  25.76 
 
 		 650 aa  69.7  0.0000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.508076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0605  type III restriction enzyme, res subunit  25.48 
 
 		 647 aa  69.3  0.0000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  24.06 
 
 		 787 aa  68.2  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1455  type III restriction protein res subunit  24.48 
 
 		 444 aa  66.6  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.437061  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2082  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  24.32 
 
 		 574 aa  64.7  0.000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1242  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  23.66 
 
 		 657 aa  64.7  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000376746  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1306  type III restriction enzyme, res subunit family  25.78 
 
 		 786 aa  64.3  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.986066 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  24.78 
 
 		 815 aa  64.3  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  21.52 
 
 		 459 aa  64.3  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0337  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  24.01 
 
 		 979 aa  63.9  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2205  type III restriction protein res subunit  24.7 
 
 		 993 aa  63.2  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0583  DNA repair helicase RAD25  23.36 
 
 		 443 aa  63.9  0.00000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.71742  normal  0.481027 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  25.93 
 
 		 1051 aa  62.8  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  25.93 
 
 		 1061 aa  63.2  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2052  helicase, putative  23.03 
 
 		 952 aa  62  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  26.29 
 
 		 848 aa  62.4  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  23.94 
 
 		 998 aa  62  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  24.91 
 
 		 594 aa  61.6  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1408  helicase, putative  24.38 
 
 		 987 aa  60.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  23.02 
 
 		 974 aa  60.8  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  21.68 
 
 		 967 aa  60.5  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2408  DEAD/DEAH box helicase, putative  25.89 
 
 		 809 aa  60.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02656  hypothetical protein  23.08 
 
 		 583 aa  59.7  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1438  type III restriction enzyme, res subunit  23.92 
 
 		 1077 aa  59.7  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.977948  hitchhiker  0.0058487 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003782  helicase-related protein  23.34 
 
 		 583 aa  60.1  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000188444  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  25.49 
 
 		 796 aa  60.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1316  type III restriction enzyme, res subunit  23.8 
 
 		 796 aa  60.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.262236  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1707  type III restriction protein res subunit  24.9 
 
 		 1287 aa  60.1  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.730362  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2039  type III restriction protein res subunit  25.89 
 
 		 809 aa  60.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  23.53 
 
 		 524 aa  59.3  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  23.51 
 
 		 949 aa  59.3  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  24.29 
 
 		 583 aa  59.7  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0308  type III restriction protein res subunit  24.02 
 
 		 449 aa  58.9  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  25.56 
 
 		 593 aa  58.9  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0307  type III restriction protein res subunit  25.48 
 
 		 784 aa  58.9  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  23.65 
 
 		 1113 aa  58.9  0.0000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0100  type III restriction protein res subunit  23.85 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000273539  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2244  type III restriction protein res subunit  27.69 
 
 		 788 aa  58.5  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.450731  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  22.22 
 
 		 1053 aa  58.2  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2643  DNA repair helicase RAD25  28.86 
 
 		 491 aa  58.2  0.0000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0920189 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2567  type III restriction protein res subunit  23.41 
 
 		 953 aa  57.4  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  25.83 
 
 		 560 aa  57.8  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  26.22 
 
 		 559 aa  57.4  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3192  type III restriction enzyme, res subunit  24.69 
 
 		 928 aa  57.4  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1432  type III restriction enzyme, res subunit  30.11 
 
 		 451 aa  57.8  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.503563  normal  0.0109836 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3530  transposase, IS4 family protein  23.58 
 
 		 956 aa  57.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.793252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2515  type III restriction enzyme, res subunit  23.41 
 
 		 953 aa  57.4  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0725  DEAD/DEAH box helicase-like  27.44 
 
 		 469 aa  57  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2463  putative helicase  24.87 
 
 		 586 aa  56.6  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.863309 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0006  type III restriction enzyme, res subunit  24.8 
 
 		 768 aa  57  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2482  putative helicase  23.91 
 
 		 586 aa  56.6  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00182337  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2460  putative helicase  24.87 
 
 		 586 aa  55.8  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000666895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2417  putative helicase  24.87 
 
 		 586 aa  56.2  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.011156  normal  0.197081 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2488  hypothetical protein  21.9 
 
 		 925 aa  56.2  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0708  type III restriction protein res subunit  24.57 
 
 		 479 aa  56.2  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2574  putative helicase  24.87 
 
 		 586 aa  56.2  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  0.00320977 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1994  type III restriction enzyme, res subunit  24.15 
 
 		 468 aa  56.2  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.143159  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  23.73 
 
 		 536 aa  56.2  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  25.68 
 
 		 815 aa  56.2  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2372  putative helicase  24.87 
 
 		 586 aa  56.2  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.010081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0774  putative helicase  23.91 
 
 		 586 aa  56.6  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0469791  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4412  type III restriction enzyme, res subunit  31.61 
 
 		 590 aa  55.8  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.307944  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1032  type III restriction protein res subunit  25.79 
 
 		 479 aa  55.8  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  21.85 
 
 		 967 aa  55.8  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1467  type III restriction enzyme, res subunit  24.73 
 
 		 583 aa  55.5  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.387336  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3083  type III restriction protein res subunit  30.19 
 
 		 466 aa  55.5  0.000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0080  helicase domain-containing protein  21.9 
 
 		 466 aa  55.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  25.68 
 
 		 815 aa  55.5  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2333  putative helicase  23.91 
 
 		 586 aa  55.5  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00564696  normal  0.0326725 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0896  type III restriction protein res subunit  25.79 
 
 		 479 aa  55.1  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02114  predicted ATP-dependet helicase  24.22 
 
 		 586 aa  54.7  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0523071  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1473  type III restriction protein res subunit  24.22 
 
 		 586 aa  54.7  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000087246  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  23.6 
 
 		 938 aa  54.7  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1463  type III restriction protein res subunit  24.22 
 
 		 586 aa  54.7  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000557084  normal  0.860353 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3322  putative helicase  24.22 
 
 		 586 aa  54.7  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0433993  normal  0.803545 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1318  type III restriction protein res subunit  25 
 
 		 601 aa  54.7  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0818356  hitchhiker  0.00409906 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1489  putative helicase  23.5 
 
 		 585 aa  54.7  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  22.92 
 
 		 1029 aa  54.7  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  22.99 
 
 		 773 aa  54.7  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1191  type III restriction protein res subunit  29.44 
 
 		 451 aa  54.3  0.00001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2794  type III restriction protein res subunit  23.5 
 
 		 585 aa  54.3  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183482  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>