More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1780 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1780  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
340 aa  695    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  58.84 
 
 
376 aa  392  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2651  dihydrouridine synthase DuS  54.2 
 
 
383 aa  345  8.999999999999999e-94  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2299  dihydrouridine synthase, DuS  53.45 
 
 
332 aa  344  1e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.755764 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0483  dihydrouridine synthase DuS  50.29 
 
 
341 aa  331  9e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.322917 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  41.83 
 
 
352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.55 
 
 
350 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.33 
 
 
319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.82 
 
 
324 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.23 
 
 
337 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.46 
 
 
326 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.46 
 
 
326 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.02 
 
 
322 aa  177  2e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.77 
 
 
357 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  35.57 
 
 
347 aa  176  4e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.3 
 
 
322 aa  176  8e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  34.28 
 
 
362 aa  174  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.93 
 
 
326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.11 
 
 
325 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  34.32 
 
 
351 aa  171  2e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  33.23 
 
 
326 aa  170  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  36.47 
 
 
347 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.44 
 
 
330 aa  169  9e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.93 
 
 
351 aa  168  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
318 aa  168  1e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.4 
 
 
321 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.3 
 
 
351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.59 
 
 
320 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  32.81 
 
 
334 aa  166  5e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.8 
 
 
321 aa  166  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.33 
 
 
325 aa  165  9e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  30.75 
 
 
320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  34.67 
 
 
324 aa  162  7e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.52 
 
 
351 aa  162  8.000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.88 
 
 
343 aa  162  9e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.11 
 
 
333 aa  161  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  34.67 
 
 
329 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.48 
 
 
327 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  34.22 
 
 
343 aa  160  3e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.67 
 
 
328 aa  160  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  36.1 
 
 
349 aa  160  4e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.71 
 
 
333 aa  158  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  33.79 
 
 
333 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.93 
 
 
332 aa  157  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  32.38 
 
 
322 aa  156  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.72 
 
 
336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.72 
 
 
336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.8 
 
 
335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.91 
 
 
393 aa  156  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  35.15 
 
 
370 aa  155  7e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  29.97 
 
 
335 aa  155  7e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4401  nifR3 family TIM-barrel protein  36.3 
 
 
345 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.8 
 
 
335 aa  155  7e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  34.93 
 
 
362 aa  155  7e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  30.03 
 
 
331 aa  155  1e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  36.96 
 
 
332 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.87 
 
 
341 aa  154  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  36.96 
 
 
332 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.36 
 
 
332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.11 
 
 
332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.46 
 
 
406 aa  153  5e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.56 
 
 
400 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2773  hypothetical protein  34.01 
 
 
328 aa  152  8e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.8 
 
 
332 aa  152  8e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  34.8 
 
 
332 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.8 
 
 
332 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.8 
 
 
332 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.8 
 
 
332 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.23 
 
 
338 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.92 
 
 
335 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.8 
 
 
332 aa  151  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.8 
 
 
332 aa  152  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.88 
 
 
324 aa  151  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2919  hypothetical protein  34.01 
 
 
328 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.88 
 
 
324 aa  151  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.32 
 
 
328 aa  150  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.92 
 
 
356 aa  150  4e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.49 
 
 
352 aa  149  6e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2070  nifR3 family TIM-barrel protein  33.09 
 
 
349 aa  149  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0124103  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.58 
 
 
330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  29.56 
 
 
330 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.17 
 
 
348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  32.19 
 
 
350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.29 
 
 
327 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  38.33 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  31.46 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.15 
 
 
328 aa  147  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.29 
 
 
332 aa  146  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.75 
 
 
348 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  35.11 
 
 
325 aa  145  7.0000000000000006e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  32.33 
 
 
344 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1679  dihydrouridine synthase DuS  32.15 
 
 
333 aa  145  8.000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0597141 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.45 
 
 
315 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.86 
 
 
379 aa  145  9e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  39.72 
 
 
334 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.34 
 
 
332 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  35.8 
 
 
389 aa  144  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.23 
 
 
333 aa  144  2e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  34.43 
 
 
378 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.32 
 
 
388 aa  144  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>