163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6014 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_6014  exopolysaccharide polymerization/transport protein  100 
 
 
737 aa  1479    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.807866  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.32 
 
 
595 aa  184  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5360  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.54 
 
 
701 aa  183  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445526  normal  0.0162612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4355  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.49 
 
 
696 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0674  lipopolysaccharide biosynthesis  32.18 
 
 
764 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0975294  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5050  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.01 
 
 
707 aa  171  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376238  normal  0.397595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4589  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.01 
 
 
707 aa  171  6e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.260554 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2762  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.78 
 
 
748 aa  167  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3230  exopolysaccharide transport protein family  27.19 
 
 
758 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5924  exopolysaccharide polymerization/transport protein  29.96 
 
 
778 aa  167  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  30.56 
 
 
572 aa  164  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2982  exopolysaccharide transport protein family  27.11 
 
 
758 aa  164  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  30.56 
 
 
572 aa  164  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  29.68 
 
 
756 aa  156  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4578  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.6 
 
 
491 aa  156  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290602  normal  0.0783 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4961  exopolysaccharide transport protein family  29.27 
 
 
788 aa  154  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.184697  normal  0.0547536 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1111  lipopolysaccharide biosynthesis  29.92 
 
 
688 aa  154  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5390  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.31 
 
 
491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.300037 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  27.89 
 
 
739 aa  149  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  28.82 
 
 
687 aa  146  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0247  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.74 
 
 
478 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.484556 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  26.42 
 
 
782 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27 
 
 
764 aa  141  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4500  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.43 
 
 
537 aa  138  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177123  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3056  protein-tyrosine kinase  28.61 
 
 
772 aa  138  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.43 
 
 
548 aa  137  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  27.63 
 
 
753 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.91 
 
 
745 aa  134  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0660  exopolysaccharide transport protein family  27.7 
 
 
776 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491274  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0387  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.06 
 
 
509 aa  128  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2874  lipopolysaccharide biosynthesis  29.16 
 
 
515 aa  127  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1034  putative tyrosine-protein kinase injvolved in exopolysaccharide polymerization  25.22 
 
 
756 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436669  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  24.95 
 
 
790 aa  125  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5065  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.51 
 
 
718 aa  125  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4816  non-specific protein-tyrosine kinase  26.81 
 
 
750 aa  120  7.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3882  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.13 
 
 
779 aa  119  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.638751  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4353  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.78 
 
 
537 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201059  normal  0.455905 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1157  exopolysaccharide transport protein family  26.44 
 
 
720 aa  118  3.9999999999999997e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238721  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4528  non-specific protein-tyrosine kinase  28.17 
 
 
710 aa  118  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.44176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.14 
 
 
726 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.03 
 
 
724 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0737  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.87 
 
 
704 aa  114  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.875761  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0308  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.15 
 
 
737 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  27.04 
 
 
734 aa  114  9e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1415  lipopolysaccharide biosynthesis  25.9 
 
 
715 aa  112  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.836118 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  24.56 
 
 
747 aa  112  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02477  putative Exopolysaccharide biosynthesis protein  23.81 
 
 
738 aa  110  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5885  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.39 
 
 
751 aa  108  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.912932  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2463  lipopolysaccharide biosynthesis  26.88 
 
 
713 aa  107  9e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.718819  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5886  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.63 
 
 
750 aa  106  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.632633  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1961  non-specific protein-tyrosine kinase  26.2 
 
 
789 aa  103  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.601973 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  23.12 
 
 
730 aa  102  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1810  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 
766 aa  101  5e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499722  normal  0.952814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.53 
 
 
785 aa  100  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2661  lipopolysaccharide biosynthesis  26.27 
 
 
773 aa  100  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2505  exopolysaccharide transport protein family  26.09 
 
 
735 aa  100  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3091  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.94 
 
 
784 aa  100  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00715976  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0416  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  26.16 
 
 
729 aa  99  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  25.33 
 
 
738 aa  98.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5214  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.78 
 
 
774 aa  98.2  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241921  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1220  lipopolysaccharide biosynthesis  23.81 
 
 
789 aa  96.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.261863  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4605  polysaccharide biosynthesis transporter  26.18 
 
 
763 aa  97.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.599014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2561  putative succinoglycan biosynthesis transport protein ExoP  23.81 
 
 
771 aa  96.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1073  protein-tyrosine kinase  22.92 
 
 
755 aa  95.9  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.956847  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0837  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.85 
 
 
759 aa  96.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.36999 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  22.43 
 
 
772 aa  95.5  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  26.46 
 
 
742 aa  94.4  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1859  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.07 
 
 
804 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.708627  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2194  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.07 
 
 
804 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  24.61 
 
 
709 aa  91.7  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0181  non-specific protein-tyrosine kinase  24.75 
 
 
731 aa  92  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01392  exopolysaccharide xanthan biosynthesis chain length determinant protein GumC  25.96 
 
 
472 aa  90.1  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.402956  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2958  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.11 
 
 
759 aa  89.7  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0453248 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0461  putative exopolysaccharide biosynthesis protein  23.01 
 
 
737 aa  87.4  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1583  protein-tyrosine kinase  22.08 
 
 
737 aa  85.5  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.918295  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3369  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.63 
 
 
731 aa  85.9  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1481  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.73 
 
 
467 aa  83.6  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.160765  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2697  lipopolysaccharide biosynthesis  25.59 
 
 
769 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1537  GumC protein  23.42 
 
 
466 aa  82.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  19.87 
 
 
779 aa  82  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0788  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.81 
 
 
749 aa  80.1  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  21.79 
 
 
743 aa  80.1  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  21.93 
 
 
753 aa  79.3  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  19.91 
 
 
756 aa  77.8  0.0000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  26.17 
 
 
472 aa  77.4  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  22.6 
 
 
472 aa  75.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  20.98 
 
 
745 aa  75.9  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1073  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.59 
 
 
728 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0649181  normal  0.290523 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  23.22 
 
 
475 aa  73.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4000  protein-tyrosine kinase  21.46 
 
 
708 aa  72  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.218918  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  22.48 
 
 
872 aa  71.6  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0359  exopolysaccharide biosynthesis protein Bme12  23.23 
 
 
720 aa  71.6  0.00000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.302004  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05204  exopolysaccharide biosynthesis protein  20 
 
 
731 aa  71.6  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001323  Capsular polysaccharide synthesis enzyme CpsD exopolysaccharide synthesis  20.34 
 
 
726 aa  70.5  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6092  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.84 
 
 
730 aa  70.1  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.666238  decreased coverage  0.00184203 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  21.24 
 
 
770 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0243  lipopolysaccharide biosynthesis  24.53 
 
 
463 aa  67  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3804  protein-tyrosine kinase  26.3 
 
 
774 aa  65.1  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.684572 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  24.32 
 
 
527 aa  65.1  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1878  lipopolysaccharide biosynthesis  25.05 
 
 
466 aa  64.3  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.950622  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>