More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3919 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 231 aa  457  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  61.71 
 
 		 225 aa  250  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4621  GntR domain protein  61.09 
 
 		 225 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471492  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 337 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2703  GntR domain-containing protein  53.92 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121781  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  55.66 
 
 		 225 aa  229  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  50.47 
 
 		 229 aa  191  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6865  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1365  GntR domain-containing protein  42.47 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  41.36 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1162  GntR domain protein  41.5 
 
 		 231 aa  135  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10075  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1707  GntR domain protein  38.57 
 
 		 252 aa  132  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  38.97 
 
 		 215 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09790  transcriptional regulator  40.95 
 
 		 241 aa  124  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0176841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0016  GntR domain-containing protein  37.04 
 
 		 233 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.504347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0328  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.661086 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3543  GntR domain-containing protein  39.91 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.909399 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  36.57 
 
 		 223 aa  119  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  34.29 
 
 		 230 aa  118  6e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1163  GntR domain protein  39.71 
 
 		 230 aa  118  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  38.43 
 
 		 226 aa  118  7e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9327  putative transcriptional regulator  37.67 
 
 		 229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  37.44 
 
 		 222 aa  115  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  37.55 
 
 		 235 aa  115  7.999999999999999e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4529  GntR domain-containing protein  40.1 
 
 		 224 aa  113  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00172628 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1008  GntR domain-containing protein  35.19 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4247  GntR domain-containing protein  35.65 
 
 		 216 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0969  GntR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0339  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0349  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 221 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.495612 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1794  GntR domain protein  35.68 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0976  GntR domain-containing protein  35.02 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1051  GntR domain protein  35.19 
 
 		 217 aa  105  8e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.802892 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  38.43 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2216  GntR domain protein  34.23 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981571  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1578  GntR domain protein  30.52 
 
 		 230 aa  103  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00244066  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 251 aa  102  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1422  regulatory protein GntR HTH  36.78 
 
 		 233 aa  102  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  36.59 
 
 		 235 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2341  GntR domain protein  38.64 
 
 		 226 aa  99.4  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4108  GntR domain-containing protein  38.54 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  32.67 
 
 		 226 aa  98.6  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0366  GntR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 222 aa  98.2  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.479858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 261 aa  97.4  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  31.86 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  33.79 
 
 		 250 aa  97.1  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 233 aa  96.3  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1602  GntR domain protein  31.43 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  36.1 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3311  GntR domain protein  34.32 
 
 		 218 aa  95.5  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.439915  hitchhiker  0.000169806 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  34.72 
 
 		 231 aa  93.6  2e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.19 
 
 		 259 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 223 aa  90.9  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  32.55 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30.7 
 
 		 245 aa  90.1  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  32.55 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 252 aa  90.1  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  30.81 
 
 		 226 aa  89.7  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  34.26 
 
 		 251 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  31.67 
 
 		 227 aa  88.6  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.25 
 
 		 255 aa  88.6  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.3 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  33.8 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1537  putative GntR domain protein  27.16 
 
 		 239 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2160  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.21 
 
 		 254 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167061  normal  0.198333 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  31.39 
 
 		 263 aa  86.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 231 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.61 
 
 		 256 aa  86.3  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  34.23 
 
 		 251 aa  86.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.61 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.67 
 
 		 251 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 245 aa  85.5  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  34.06 
 
 		 284 aa  85.5  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.57 
 
 		 239 aa  85.5  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  32.75 
 
 		 249 aa  85.5  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.78 
 
 		 259 aa  85.5  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  33.89 
 
 		 256 aa  85.1  9e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19650  transcriptional regulator, GntR family  35.43 
 
 		 221 aa  85.1  9e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.230789  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2203  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.51 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.65 
 
 		 263 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.22 
 
 		 254 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  32.27 
 
 		 253 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  32.72 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  26.55 
 
 		 228 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  26.55 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  32.23 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  31.67 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.58 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  34.6 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1631  GntR domain protein  32.86 
 
 		 267 aa  82.4  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 247 aa  82  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>