More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5356 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 238 aa  483  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  70.43 
 
 		 243 aa  328  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0750  GntR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33475  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2675  transcriptional regulator GntR  43.48 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  43.64 
 
 		 240 aa  171  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  36.67 
 
 		 218 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  35.07 
 
 		 226 aa  118  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  34.39 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  33.64 
 
 		 252 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  33.64 
 
 		 252 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4270  hypothetical protein  37.73 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5994  GntR-like protein  31.28 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 230 aa  98.2  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09790  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 241 aa  94  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0176841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  30 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 240 aa  92.4  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  31.22 
 
 		 240 aa  92.4  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1711  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 236 aa  92  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00570567  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4165  GntR domain-containing protein  35.51 
 
 		 232 aa  91.3  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218155  normal  0.105526 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  30 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  33.64 
 
 		 242 aa  89.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5996  regulatory protein GntR HTH  30.84 
 
 		 245 aa  88.6  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.802632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3767  regulatory protein GntR, HTH  29.86 
 
 		 261 aa  88.2  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000910713  normal  0.101212 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  29.55 
 
 		 244 aa  88.2  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4241  regulatory protein GntR HTH  29.41 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000218359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.94 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 245 aa  86.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  31.73 
 
 		 245 aa  86.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1662  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 245 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00118308  normal  0.121792 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4009  regulatory protein GntR, HTH  30.37 
 
 		 245 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4358  regulatory protein GntR, HTH  30.37 
 
 		 245 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4185  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 230 aa  85.5  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440271 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  32.69 
 
 		 255 aa  85.5  6e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1565  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 215 aa  85.5  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 		 242 aa  85.5  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  32.11 
 
 		 227 aa  85.1  8e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  29.28 
 
 		 247 aa  85.1  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  29.28 
 
 		 247 aa  85.1  9e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4262  regulatory protein GntR HTH  29.36 
 
 		 244 aa  85.1  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  29.28 
 
 		 247 aa  85.1  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  30.14 
 
 		 237 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  30.56 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 269 aa  84  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  31.86 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  26.22 
 
 		 258 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  30.09 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  26.22 
 
 		 258 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4787  GntR domain protein  32.11 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  31.67 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  31.51 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3603  GntR domain protein  31 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0294  GntR domain-containing protein  28.91 
 
 		 236 aa  82.4  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  28.39 
 
 		 250 aa  82  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  29.76 
 
 		 235 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  31.55 
 
 		 264 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  34.45 
 
 		 233 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  27.73 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  30.77 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  30.7 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  26.84 
 
 		 258 aa  81.3  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  26.78 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  26.78 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  31.84 
 
 		 253 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  27.97 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  26.78 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  29.21 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  32.14 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  32.14 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  32.14 
 
 		 249 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  26.78 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  26.89 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 251 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  29.82 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  30.57 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0399  GntR domain protein  32.43 
 
 		 224 aa  79  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  33.18 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1794  GntR domain protein  34.29 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  30.23 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  31.01 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  31.36 
 
 		 249 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  30.8 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  26.36 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  26.36 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  26.47 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>