More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1565 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1565  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  430  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  37.7 
 
 		 218 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  37.62 
 
 		 229 aa  114  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  32.55 
 
 		 243 aa  99  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2675  transcriptional regulator GntR  33.04 
 
 		 245 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1711  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 236 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00570567  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  33.02 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  35.45 
 
 		 240 aa  94.7  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4165  GntR domain-containing protein  38.79 
 
 		 232 aa  92.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218155  normal  0.105526 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0750  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 239 aa  91.7  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33475  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4270  hypothetical protein  36.74 
 
 		 231 aa  90.9  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  32.51 
 
 		 233 aa  90.5  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4185  GntR domain-containing protein  37.27 
 
 		 230 aa  90.1  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440271 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 230 aa  87  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  32.64 
 
 		 235 aa  86.3  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5994  GntR-like protein  30.05 
 
 		 231 aa  85.9  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  32.85 
 
 		 242 aa  84.7  9e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  29.25 
 
 		 252 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  29.25 
 
 		 252 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  33.66 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  33.33 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.99 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.5 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.56 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5046  GntR domain protein  36.77 
 
 		 240 aa  79  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2307  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.51 
 
 		 259 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.672341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.49 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3744  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.2 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0204  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.84 
 
 		 257 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43340  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.17 
 
 		 259 aa  77  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.180109  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  29.17 
 
 		 254 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2019  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.2 
 
 		 254 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  30.7 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.25 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5644  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  33.03 
 
 		 263 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181455  normal  0.540253 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  29.17 
 
 		 254 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2203  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.04 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  32.87 
 
 		 251 aa  74.3  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  30.89 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2160  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.03 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167061  normal  0.198333 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  29.52 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3543  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 242 aa  72.8  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  29.29 
 
 		 255 aa  72.4  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  31.55 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 265 aa  72  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  32.46 
 
 		 258 aa  71.6  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.67 
 
 		 258 aa  71.6  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.67 
 
 		 258 aa  71.6  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  30.67 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  30.67 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3258  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.77 
 
 		 256 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.67 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.67 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.67 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  30.67 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  27.92 
 
 		 236 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  29.95 
 
 		 235 aa  71.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02849  DNA-binding transcriptional dual regulator, glycolate-binding  28.77 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0051984  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0716  GntR domain protein  28.77 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  29.8 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4061  regulatory protein GntR, HTH  34.21 
 
 		 242 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  29.23 
 
 		 234 aa  70.5  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02799  hypothetical protein  28.77 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00647704  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1614  transcriptional regulator, GntR family  32.8 
 
 		 217 aa  70.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3440  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.77 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3153  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.77 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0720  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.77 
 
 		 254 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  29.41 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.94 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  36.36 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.37 
 
 		 268 aa  68.6  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.22 
 
 		 258 aa  68.6  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.22 
 
 		 258 aa  68.6  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.22 
 
 		 258 aa  68.6  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  29.03 
 
 		 222 aa  68.2  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 337 aa  67.4  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.21 
 
 		 256 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 233 aa  67  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 269 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 226 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2282  regulatory protein GntR, HTH  33.16 
 
 		 282 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186933 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.21 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1284  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.617958 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  25.74 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  25.98 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.21 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2044  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.883511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2061  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.476457  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2107  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924044  normal  0.0750468 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  27.19 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  29.2 
 
 		 258 aa  65.9  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  29.95 
 
 		 260 aa  65.9  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>