More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0365 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  454  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  40.48 
 
 		 229 aa  123  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  38.21 
 
 		 240 aa  112  6e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  34.43 
 
 		 226 aa  112  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0750  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33475  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2675  transcriptional regulator GntR  36.45 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  31.96 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4270  hypothetical protein  38.42 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  36.42 
 
 		 238 aa  98.2  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  32.46 
 
 		 218 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  30 
 
 		 252 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  30 
 
 		 252 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4165  GntR domain-containing protein  37.88 
 
 		 232 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218155  normal  0.105526 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 230 aa  89.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  88.2  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5994  GntR-like protein  28.92 
 
 		 231 aa  86.3  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4262  regulatory protein GntR HTH  30.77 
 
 		 244 aa  85.1  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4241  regulatory protein GntR HTH  32.06 
 
 		 245 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000218359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  33.5 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4185  GntR domain-containing protein  35.04 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440271 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3767  regulatory protein GntR, HTH  32.06 
 
 		 261 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000910713  normal  0.101212 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5996  regulatory protein GntR HTH  30.23 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.802632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4009  regulatory protein GntR, HTH  30.32 
 
 		 245 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4358  regulatory protein GntR, HTH  30.32 
 
 		 245 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2102  transcription regulator protein  34.35 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.55 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  33.33 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.22 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1662  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00118308  normal  0.121792 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.68 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.68 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.68 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  29.72 
 
 		 247 aa  78.2  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  29.72 
 
 		 247 aa  78.2  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  29.72 
 
 		 247 aa  78.2  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  31.55 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.55 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  31.55 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.55 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  31.55 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.73 
 
 		 258 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.55 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.55 
 
 		 258 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1565  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  33.97 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  30.14 
 
 		 258 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.06 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  33.19 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.15 
 
 		 268 aa  76.3  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  32.74 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1852  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 252 aa  75.5  0.0000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.232609  normal  0.988084 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  30.22 
 
 		 261 aa  75.5  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  31.25 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 244 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  30.95 
 
 		 236 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  35.37 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 268 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 252 aa  73.6  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 252 aa  73.6  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  30.85 
 
 		 258 aa  73.6  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  31.11 
 
 		 255 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  31.98 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000065438  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000950379  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  32.08 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  31.67 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  32.23 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  32.11 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  31.36 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  31.25 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  32.59 
 
 		 256 aa  73.2  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 253 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  31.22 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  31.36 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  32.74 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  30.99 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3102  GntR domain-containing protein  29.05 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3543  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 242 aa  72.4  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  31.36 
 
 		 254 aa  71.6  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  26.85 
 
 		 229 aa  72  0.000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  30.94 
 
 		 273 aa  71.6  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>