More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2539 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  464  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4185  GntR domain-containing protein  55.07 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  40.87 
 
 		 226 aa  161  8.000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  39.73 
 
 		 240 aa  138  8.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0750  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 239 aa  135  6.0000000000000005e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33475  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2675  transcriptional regulator GntR  35.98 
 
 		 245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  34.39 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  39.81 
 
 		 223 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4270  hypothetical protein  37.04 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  31.6 
 
 		 243 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4165  GntR domain-containing protein  39.09 
 
 		 232 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218155  normal  0.105526 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1565  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  33.95 
 
 		 255 aa  102  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  31.96 
 
 		 218 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  33.18 
 
 		 244 aa  99  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  33.04 
 
 		 249 aa  98.2  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  32.72 
 
 		 227 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 251 aa  95.9  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  32.71 
 
 		 244 aa  96.3  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  33.82 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1711  GntR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 236 aa  94.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00570567  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  32.09 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.39 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.39 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.39 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  32.09 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  32.09 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5994  GntR-like protein  29.05 
 
 		 231 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.39 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  28.7 
 
 		 252 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.39 
 
 		 257 aa  94  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  28.7 
 
 		 252 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  34.39 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  34.39 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  34.39 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  36.36 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  36.36 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  34.93 
 
 		 243 aa  93.2  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  36.36 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  34.39 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 265 aa  92.4  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  33.95 
 
 		 233 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  32.94 
 
 		 255 aa  92  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  32.94 
 
 		 255 aa  92  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  32.94 
 
 		 255 aa  92  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  32.8 
 
 		 253 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.72 
 
 		 257 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.72 
 
 		 257 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  32.8 
 
 		 253 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  33.49 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.72 
 
 		 257 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.72 
 
 		 257 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  32.72 
 
 		 257 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  34.13 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.33 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  33.2 
 
 		 253 aa  90.1  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  29.13 
 
 		 258 aa  89.7  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  32.6 
 
 		 252 aa  89.4  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  28.84 
 
 		 227 aa  88.2  9e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 240 aa  88.2  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 251 aa  88.2  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  32.09 
 
 		 226 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  31.36 
 
 		 231 aa  86.3  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 233 aa  85.9  5e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 245 aa  85.9  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  32.59 
 
 		 246 aa  85.5  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  33.65 
 
 		 247 aa  85.5  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  33.02 
 
 		 268 aa  85.5  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  31.88 
 
 		 227 aa  85.5  7e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 256 aa  85.1  8e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 252 aa  85.1  8e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  29.55 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  32.67 
 
 		 273 aa  84  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  35.07 
 
 		 237 aa  83.2  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  34.25 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1422  regulatory protein GntR HTH  35 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1163  GntR domain protein  31.71 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  31.2 
 
 		 264 aa  82.8  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  31.28 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5153  GntR domain-containing protein  31.07 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.25689  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  29.87 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  31.75 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  32.06 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  30.23 
 
 		 231 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  32.41 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 252 aa  80.9  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  30.99 
 
 		 250 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  31.4 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  30.52 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 226 aa  79.7  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  31.4 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>