More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4185 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4185  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 230 aa  462  1e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.440271 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  55.07 
 
 		 229 aa  248  6e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2541  transcriptional regulator  40.76 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.714268 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0750  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33475  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  38.89 
 
 		 240 aa  132  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5356  transcriptional regulator GntR family  33.48 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.780742  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1232  GntR-like  33.02 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6600  GntR domain-containing protein  33.02 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  normal  0.274665 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1565  GntR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  33.19 
 
 		 243 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  33.48 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  33.48 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  33.48 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1711  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00570567  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4649  GntR domain protein  34.91 
 
 		 218 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4165  GntR domain-containing protein  37.9 
 
 		 232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218155  normal  0.105526 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5994  GntR-like protein  32.26 
 
 		 231 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.47604 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2675  transcriptional regulator GntR  35.35 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  33.48 
 
 		 257 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4270  hypothetical protein  38.25 
 
 		 231 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 243 aa  98.2  8e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  31.44 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  33.18 
 
 		 230 aa  95.5  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6475  GntR-like  35.74 
 
 		 233 aa  95.1  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6316  GntR domain-containing protein  35.74 
 
 		 233 aa  95.1  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.855899  normal  0.236582 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6710  GntR domain-containing protein  35.74 
 
 		 233 aa  95.1  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  30.22 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  28.25 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 252 aa  93.2  3e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  29.74 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  28.25 
 
 		 244 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  28.31 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  28.31 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  28.31 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  33.63 
 
 		 254 aa  92.8  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 233 aa  92  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  32.58 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 251 aa  91.7  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  29.73 
 
 		 253 aa  91.7  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  30.22 
 
 		 255 aa  91.3  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  35.29 
 
 		 247 aa  90.5  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  33.18 
 
 		 254 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  27.47 
 
 		 258 aa  89.7  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  31.9 
 
 		 249 aa  89.7  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  32.17 
 
 		 234 aa  89.4  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  31.56 
 
 		 223 aa  89  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  32.34 
 
 		 233 aa  89  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0739  GntR domain protein  29.78 
 
 		 255 aa  89  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0933877  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  29.73 
 
 		 258 aa  89.4  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  28.24 
 
 		 227 aa  89  6e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70710  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.66 
 
 		 251 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.996223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.62 
 
 		 257 aa  87  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  31.2 
 
 		 253 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  32.2 
 
 		 253 aa  87  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  30.3 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 269 aa  86.3  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  27.73 
 
 		 268 aa  86.3  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  30.66 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  29.75 
 
 		 252 aa  85.9  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  32.2 
 
 		 255 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  32.2 
 
 		 255 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  32.2 
 
 		 255 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  26.94 
 
 		 244 aa  85.1  8e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  32.09 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3695  regulatory protein GntR, HTH  30.04 
 
 		 241 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  28.7 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  29.68 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  31.13 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3837  transcriptional regulator NanR  30.94 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0354157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  27.6 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 249 aa  82.8  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3048  GntR-family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6133  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  28.89 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0294  GntR domain-containing protein  33.82 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  31.2 
 
 		 235 aa  81.6  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  29.78 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  29.78 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.78 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.78 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  29.78 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 257 aa  81.6  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.78 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.78 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.78 
 
 		 258 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 241 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3662  transcriptional regulator NanR  28.57 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.215207  normal  0.0850662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>