More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3210 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  100 
 
 		 375 aa  753    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  43.23 
 
 		 368 aa  259  8e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  42.45 
 
 		 349 aa  230  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  41.58 
 
 		 355 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  42.33 
 
 		 355 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  41.16 
 
 		 339 aa  199  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  39.43 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  38.19 
 
 		 387 aa  196  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  36.15 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  35.96 
 
 		 431 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  35.21 
 
 		 426 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  37.47 
 
 		 358 aa  182  8.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  36.53 
 
 		 351 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  37 
 
 		 372 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  34.54 
 
 		 414 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  36.17 
 
 		 348 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  36.62 
 
 		 357 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  36.41 
 
 		 381 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  35.38 
 
 		 400 aa  163  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  35.38 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  34.03 
 
 		 344 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  35.6 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  33.75 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  33.41 
 
 		 454 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  34.9 
 
 		 348 aa  149  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  34.46 
 
 		 374 aa  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  32.44 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  32.34 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  28.61 
 
 		 382 aa  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0216  hypothetical protein  48.57 
 
 		 220 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  29.92 
 
 		 350 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  29.92 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  29.92 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  29.92 
 
 		 346 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0804  OmpC family outer membrane porin  31.27 
 
 		 363 aa  110  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  30.83 
 
 		 344 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  29.78 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  31.02 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  31.27 
 
 		 352 aa  106  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  31.27 
 
 		 352 aa  106  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  28.64 
 
 		 350 aa  105  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  32.1 
 
 		 352 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7660  outer membrane protein (porin)  28.57 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194748  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  31.31 
 
 		 368 aa  103  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  31.53 
 
 		 350 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1469  outer membrane protein (porin)-like  32.46 
 
 		 360 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00910235  normal  0.207544 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  30.92 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  31.51 
 
 		 370 aa  99.8  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  30.36 
 
 		 356 aa  99.4  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  30.08 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  28.85 
 
 		 371 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5504  outer membrane porin  29.27 
 
 		 379 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  30.36 
 
 		 356 aa  97.8  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5685  porin  31.12 
 
 		 357 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.523942  normal  0.0446871 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  29.32 
 
 		 356 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  30.75 
 
 		 359 aa  97.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5908  porin  30.82 
 
 		 357 aa  96.7  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359102  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  34.62 
 
 		 379 aa  96.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  34.62 
 
 		 379 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  34.62 
 
 		 379 aa  96.3  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  34.62 
 
 		 379 aa  96.3  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  34.62 
 
 		 379 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  41.38 
 
 		 354 aa  96.3  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1082  porin transmembrane protein  28.67 
 
 		 394 aa  95.9  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000550491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4291  porin Gram-negative type  29.47 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407078  normal  0.139177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  30.88 
 
 		 358 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  41.86 
 
 		 379 aa  95.5  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  29.58 
 
 		 356 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  28.99 
 
 		 376 aa  94.7  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  32.18 
 
 		 381 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1378  porin  28.45 
 
 		 354 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0478872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1014  porin Gram-negative type  28.19 
 
 		 402 aa  94.4  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0305  outer membrane porin  30.95 
 
 		 358 aa  94.4  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  31.27 
 
 		 358 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  30.97 
 
 		 358 aa  93.6  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0880  porin  28.1 
 
 		 361 aa  93.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0359628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  29.32 
 
 		 356 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  29.32 
 
 		 356 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32.22 
 
 		 358 aa  93.6  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  40.77 
 
 		 380 aa  92.8  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  29.87 
 
 		 358 aa  92.8  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  30.35 
 
 		 336 aa  92.8  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  37.89 
 
 		 398 aa  92.8  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  43.54 
 
 		 367 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2395  porin  29.73 
 
 		 379 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0620  OmpC family outer membrane porin  29.95 
 
 		 383 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0145861 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  29.12 
 
 		 352 aa  92.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4825  porin  41.6 
 
 		 383 aa  92  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0552625  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  40.31 
 
 		 381 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  30.47 
 
 		 358 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  41.18 
 
 		 383 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  29.03 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  28.88 
 
 		 369 aa  92  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  34.8 
 
 		 381 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0355  outer membrane porin  30.43 
 
 		 358 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.17583  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0534  putative outer membrane porin protein precursor  30.43 
 
 		 387 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0511105  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0343  outer membrane porin  30.14 
 
 		 358 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0746  Outer membrane protein (porin)-like  26.94 
 
 		 415 aa  90.9  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.304817  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  40.52 
 
 		 383 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  43.08 
 
 		 380 aa  90.5  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>