183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05614 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  100 
 
 		 432 aa  892    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  29.4 
 
 		 439 aa  136  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  29.84 
 
 		 428 aa  130  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.3 
 
 		 425 aa  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  33.57 
 
 		 415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  30.84 
 
 		 429 aa  118  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.11 
 
 		 464 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.94 
 
 		 495 aa  106  8e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 413 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.8 
 
 		 442 aa  105  2e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.78 
 
 		 429 aa  102  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.8 
 
 		 465 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  34.67 
 
 		 427 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  26.65 
 
 		 425 aa  100  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.83 
 
 		 413 aa  98.6  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0098  restriction endonuclease S subunits  30 
 
 		 315 aa  97.4  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.57 
 
 		 435 aa  96.7  7e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  31.47 
 
 		 633 aa  95.9  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.93 
 
 		 374 aa  95.9  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  27.15 
 
 		 296 aa  93.2  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  24.62 
 
 		 477 aa  92.4  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  23.83 
 
 		 492 aa  89.4  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.72 
 
 		 424 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  27.95 
 
 		 419 aa  87.8  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.34 
 
 		 425 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  27.65 
 
 		 419 aa  85.9  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.6 
 
 		 417 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  25.74 
 
 		 464 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  24.86 
 
 		 435 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  27.63 
 
 		 437 aa  79.3  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.37 
 
 		 457 aa  77.4  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 436 aa  77.4  0.0000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  23.49 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  23 
 
 		 433 aa  74.7  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  23.72 
 
 		 427 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  23.46 
 
 		 386 aa  73.9  0.000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 453 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  26.46 
 
 		 426 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 		 426 aa  72.4  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.43 
 
 		 445 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  20.45 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.78 
 
 		 423 aa  71.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.57 
 
 		 419 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.97 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  26.26 
 
 		 589 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.99 
 
 		 400 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  22.65 
 
 		 474 aa  67.8  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.98 
 
 		 413 aa  67.8  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  26.17 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.66 
 
 		 422 aa  67.8  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  20.41 
 
 		 442 aa  67  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  20.96 
 
 		 402 aa  66.6  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  28.51 
 
 		 575 aa  66.6  0.0000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  21.88 
 
 		 387 aa  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  27 
 
 		 611 aa  66.2  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  30.17 
 
 		 409 aa  66.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  21.85 
 
 		 430 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 		 433 aa  65.5  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  22.9 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  27.61 
 
 		 453 aa  64.7  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.71 
 
 		 444 aa  64.3  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 442 aa  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  23.91 
 
 		 435 aa  63.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  20.15 
 
 		 447 aa  62.4  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  23.8 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  22.17 
 
 		 438 aa  62  0.00000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  31.08 
 
 		 456 aa  62  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.03 
 
 		 477 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  29.31 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  29.31 
 
 		 409 aa  60.8  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  25.49 
 
 		 434 aa  59.7  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  21.46 
 
 		 454 aa  59.7  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.88 
 
 		 456 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 		 461 aa  59.3  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.49 
 
 		 572 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  20.92 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2976  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.34 
 
 		 238 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.7 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.34 
 
 		 532 aa  58.2  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  23.35 
 
 		 438 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 435 aa  57.4  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  21.82 
 
 		 440 aa  57  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  23.74 
 
 		 408 aa  56.2  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 473 aa  55.8  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  21.67 
 
 		 456 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.02 
 
 		 443 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  24.24 
 
 		 400 aa  56.2  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  22.19 
 
 		 413 aa  55.5  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  20.6 
 
 		 387 aa  55.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4241  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 411 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.491612  hitchhiker  0.00127278 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  23.17 
 
 		 417 aa  55.1  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.12 
 
 		 444 aa  54.3  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  22.39 
 
 		 429 aa  54.3  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  28.11 
 
 		 402 aa  54.3  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  23.28 
 
 		 397 aa  54.3  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  21.91 
 
 		 495 aa  53.9  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.01 
 
 		 427 aa  53.9  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  19.26 
 
 		 393 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 		 290 aa  54.3  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0262  type I restriction-modification system specificity determinant  24.55 
 
 		 360 aa  53.9  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.874092  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>