More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2222 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  100 
 
 
312 aa  652  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  100 
 
 
312 aa  652  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  87.66 
 
 
329 aa  583  1e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  73.18 
 
 
320 aa  464  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  50 
 
 
318 aa  306  2e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  49.68 
 
 
318 aa  286  4e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.37 
 
 
1121 aa  158  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3138  sensor histidine kinase/response regulator  52.27 
 
 
484 aa  152  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.312332  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  59.81 
 
 
1399 aa  150  2e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.76 
 
 
1758 aa  147  2e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 
531 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.52 
 
 
482 aa  145  6e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000480808 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.94 
 
 
451 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
1276 aa  141  1e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.26 
 
 
2072 aa  141  1e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.54 
 
 
769 aa  139  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.8 
 
 
345 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.6 
 
 
1000 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  34.6 
 
 
312 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.71 
 
 
578 aa  132  7e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
342 aa  132  7e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  41.8 
 
 
354 aa  132  8e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  37.5 
 
 
335 aa  132  1e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.9 
 
 
611 aa  132  1e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  37.04 
 
 
332 aa  130  2e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 
364 aa  130  2e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  41.03 
 
 
1037 aa  131  2e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  36.9 
 
 
497 aa  130  4e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
680 aa  130  4e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  43.37 
 
 
417 aa  130  4e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 
407 aa  129  5e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  36.04 
 
 
350 aa  129  5e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
492 aa  129  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.82 
 
 
548 aa  129  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.82 
 
 
698 aa  128  1e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.33 
 
 
328 aa  128  1e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 
308 aa  128  1e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
342 aa  128  1e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 
308 aa  128  1e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  43.68 
 
 
385 aa  127  2e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.03 
 
 
772 aa  127  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 
422 aa  126  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.31 
 
 
360 aa  126  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  37.57 
 
 
317 aa  126  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.99 
 
 
220 aa  126  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  39.23 
 
 
628 aa  125  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 
464 aa  125  8e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.69 
 
 
612 aa  125  8e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.63 
 
 
610 aa  125  9e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
438 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.07 
 
 
586 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.94 
 
 
625 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 
625 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.95 
 
 
797 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 
312 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  39.79 
 
 
431 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1547  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  51.3 
 
 
520 aa  124  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 
730 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 
430 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 
343 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 
312 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45.8 
 
 
653 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  38.02 
 
 
317 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
464 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 
385 aa  123  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.19 
 
 
827 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.45 
 
 
1021 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  32.74 
 
 
300 aa  122  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  5.48579e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
482 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 
322 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 
430 aa  122  8e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
430 aa  121  1e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 
430 aa  122  1e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  38.46 
 
 
430 aa  122  1e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 
430 aa  122  1e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 
431 aa  122  1e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 
431 aa  122  1e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 
431 aa  121  1e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  38.46 
 
 
431 aa  121  1e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  37.31 
 
 
583 aa  121  1e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  36.69 
 
 
353 aa  121  2e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  40 
 
 
396 aa  121  2e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  40.46 
 
 
681 aa  120  2e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.17 
 
 
345 aa  120  2e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  40 
 
 
384 aa  121  2e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.17 
 
 
346 aa  121  2e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
411 aa  121  2e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  1.24607e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 
901 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  3.51362e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 
1143 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.27 
 
 
454 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.12 
 
 
1143 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  34.64 
 
 
585 aa  120  4e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.5 
 
 
660 aa  120  4e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
585 aa  120  4e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  34.69 
 
 
571 aa  119  5e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  36.65 
 
 
556 aa  119  5e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 
493 aa  119  5e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
298 aa  119  5e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  31.34 
 
 
431 aa  119  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.27 
 
 
334 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>