More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_1952 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1689  transcription-repair coupling factor  55.13 
 
 
1141 aa  1243  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.281852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  76.64 
 
 
1157 aa  1838  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  57.3 
 
 
1148 aa  1321  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  57.3 
 
 
1148 aa  1321  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  57.7 
 
 
1153 aa  1323  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  52.15 
 
 
1157 aa  1182  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 
1168 aa  745  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  39.11 
 
 
1171 aa  748  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  57.7 
 
 
1148 aa  1311  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.29728e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1914  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 
1166 aa  668  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621253  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 
1176 aa  705  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  35.82 
 
 
1170 aa  703  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  99.48 
 
 
1162 aa  2371  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  8.29473e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1575  transcription-repair coupling factor  50.35 
 
 
1143 aa  1080  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221185  normal  0.0233451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  57.68 
 
 
1176 aa  1324  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  78.02 
 
 
1157 aa  1860  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  38.66 
 
 
1165 aa  730  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 
1176 aa  682  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4163  transcription-repair coupling factor  37.98 
 
 
1196 aa  709  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  57.62 
 
 
1148 aa  1309  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  52.24 
 
 
1157 aa  1186  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  50.95 
 
 
1156 aa  1112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  49.14 
 
 
1164 aa  1080  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 
1179 aa  657  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  99.14 
 
 
1165 aa  2297  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 
1177 aa  665  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1561  transcription repair coupling factor  38.72 
 
 
1160 aa  730  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224407  normal  0.305942 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.48 
 
 
1174 aa  689  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 
1188 aa  671  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  56.4 
 
 
1148 aa  1282  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  53.33 
 
 
1137 aa  1177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1593  transcription-repair coupling factor  56.6 
 
 
1145 aa  1271  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.383279 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  93.2 
 
 
1162 aa  2200  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  57.07 
 
 
1148 aa  1324  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 
1163 aa  712  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0929  transcription-repair coupling factor  48.22 
 
 
1180 aa  1040  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.574552  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2478  transcription-repair coupling factor  57.62 
 
 
1150 aa  1322  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.349906  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  39 
 
 
1169 aa  722  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  74.81 
 
 
1160 aa  1774  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  40.35 
 
 
1157 aa  793  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.56566e-21 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  49.91 
 
 
1189 aa  1083  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 
1211 aa  646  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  50 
 
 
1189 aa  1085  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  49.91 
 
 
1189 aa  1082  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  56.33 
 
 
1150 aa  1295  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.21 
 
 
1148 aa  671  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1617  transcription-repair coupling factor  57.38 
 
 
1147 aa  1313  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.89425  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 
1168 aa  656  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1636  transcription-repair coupling factor  46.59 
 
 
1271 aa  1036  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000538763  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  57.3 
 
 
1148 aa  1322  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 
1179 aa  685  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  54.84 
 
 
1149 aa  1243  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  39.79 
 
 
1195 aa  720  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  36.09 
 
 
1132 aa  674  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 
1168 aa  656  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  38.18 
 
 
1171 aa  753  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  37.62 
 
 
1144 aa  721  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  41.19 
 
 
1159 aa  801  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  57.23 
 
 
1155 aa  1340  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  99.66 
 
 
1162 aa  2374  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  38.91 
 
 
1170 aa  737  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2220  transcription-repair coupling factor  49.91 
 
 
1157 aa  1089  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2366  transcription-repair coupling factor  36.45 
 
 
1175 aa  695  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 
1176 aa  692  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1730  transcription-repair coupling factor  35.63 
 
 
1167 aa  658  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0919435  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  37.72 
 
 
1156 aa  748  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  57.3 
 
 
1148 aa  1323  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  57.02 
 
 
1151 aa  1327  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  48.29 
 
 
1116 aa  977  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  3.46725e-09 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  57.13 
 
 
1148 aa  1311  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  4.32293e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  57.13 
 
 
1148 aa  1311  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  40.87 
 
 
1157 aa  798  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  56.65 
 
 
1165 aa  1324  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  57.13 
 
 
1148 aa  1311  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1952  transcription-repair coupling factor  100 
 
 
1162 aa  2379  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00516748  normal  0.328047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2211  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 
1176 aa  721  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  35.31 
 
 
1174 aa  683  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7185  transcription-repair coupling factor  39.08 
 
 
1190 aa  729  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202363  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  54.15 
 
 
1157 aa  1235  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 
1169 aa  642  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0910  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 
1179 aa  650  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  40.52 
 
 
1182 aa  730  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  37.31 
 
 
1197 aa  657  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  37.99 
 
 
1176 aa  692  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 
1176 aa  689  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0369  transcription-repair coupling factor  46.32 
 
 
1149 aa  982  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4532  transcription-repair coupling factor  37.87 
 
 
1196 aa  713  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.850755  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 
1168 aa  656  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 
1176 aa  693  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  57.13 
 
 
1148 aa  1311  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  57.13 
 
 
1148 aa  1311  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  1.47681e-05 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  50.87 
 
 
1156 aa  1105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0912  transcription-repair coupling factor  48.22 
 
 
1181 aa  1033  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2006  transcription-repair coupling factor  48.84 
 
 
1155 aa  1061  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000316908 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0039  transcription-repair coupling factor  49.25 
 
 
1193 aa  1078  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  37.42 
 
 
1203 aa  723  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  50.35 
 
 
1156 aa  1100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  77.5 
 
 
1157 aa  1852  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1647  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 
1198 aa  712  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0790633 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  55.19 
 
 
1149 aa  1269  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.808978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>