More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4559 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  89.04 
 
 		 392 aa  653    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  87.76 
 
 		 392 aa  663    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  89.29 
 
 		 392 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 392 aa  793    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  64.62 
 
 		 390 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  64.95 
 
 		 390 aa  515  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  64.23 
 
 		 395 aa  510  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  63.33 
 
 		 390 aa  507  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  66.84 
 
 		 391 aa  504  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  58.1 
 
 		 393 aa  441  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 		 388 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 		 388 aa  428  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  55.01 
 
 		 392 aa  423  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  57.81 
 
 		 391 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  45.59 
 
 		 397 aa  362  6e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  45.91 
 
 		 390 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  44.73 
 
 		 390 aa  318  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  43.98 
 
 		 390 aa  315  7e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  42.93 
 
 		 390 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  44.33 
 
 		 390 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  43.72 
 
 		 390 aa  312  6.999999999999999e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  47.72 
 
 		 406 aa  311  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  41.28 
 
 		 392 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  43.94 
 
 		 391 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  44.47 
 
 		 390 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  40.62 
 
 		 392 aa  285  7e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  38.57 
 
 		 368 aa  275  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 		 395 aa  219  7e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  35.73 
 
 		 410 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  35.55 
 
 		 390 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  34.8 
 
 		 390 aa  195  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  34.08 
 
 		 389 aa  189  7e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  33.53 
 
 		 395 aa  189  9e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 		 390 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 		 412 aa  177  3e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  32.36 
 
 		 399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 		 387 aa  173  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 		 393 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  32.07 
 
 		 406 aa  171  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 		 388 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  30.81 
 
 		 395 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  32.13 
 
 		 387 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 413 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  32.07 
 
 		 392 aa  166  6.9999999999999995e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 395 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  31.58 
 
 		 401 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  31.49 
 
 		 402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  32.33 
 
 		 391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 		 395 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 		 395 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  31.23 
 
 		 402 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 		 390 aa  161  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 		 394 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  32.97 
 
 		 389 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  30.29 
 
 		 392 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 		 397 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  33.06 
 
 		 390 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 		 388 aa  159  7e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 		 392 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 414 aa  153  5e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  31.81 
 
 		 379 aa  153  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  31.83 
 
 		 381 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  31.88 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 386 aa  149  7e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 390 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 379 aa  145  8.000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 		 395 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 389 aa  143  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 		 376 aa  140  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 		 391 aa  137  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 		 401 aa  137  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.83 
 
 		 405 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  31.83 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.83 
 
 		 405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 		 398 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  31.83 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.83 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 		 405 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 407 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  31.83 
 
 		 405 aa  129  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 396 aa  129  9.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.56 
 
 		 405 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 389 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  28.99 
 
 		 396 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 		 470 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  30.77 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  30.77 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 396 aa  122  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3805  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 		 450 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0795418  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.41 
 
 		 376 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  28.82 
 
 		 393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.19 
 
 		 402 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25.07 
 
 		 397 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4204  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 		 400 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.669867 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>