More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00392 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00392  hypothetical protein  100 
 
 		 377 aa  759    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.65965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4689  MscS Mechanosensitive ion channel  81.25 
 
 		 374 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3612  MscS Mechanosensitive ion channel  81.25 
 
 		 374 aa  587  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.649067 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1452  MscS mechanosensitive ion channel  51.01 
 
 		 355 aa  360  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.678727  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  49.52 
 
 		 362 aa  318  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2101  MscS Mechanosensitive ion channel  47.38 
 
 		 377 aa  314  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000188968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2171  MscS mechanosensitive ion channel  48.01 
 
 		 374 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.920192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1366  MscS Mechanosensitive ion channel  47.08 
 
 		 377 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0389612  hitchhiker  0.000813003 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1381  MscS Mechanosensitive ion channel  47.08 
 
 		 377 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.524748 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20120  Mechanosensitive ion channel family protein  47.48 
 
 		 418 aa  313  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1920  MscS Mechanosensitive ion channel  47.08 
 
 		 377 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000103017  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1350  MscS Mechanosensitive ion channel  47.08 
 
 		 377 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000205244  normal  0.510591 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1352  MscS mechanosensitive ion channel  48.21 
 
 		 376 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.308859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0172  MscS mechanosensitive ion channel  52.98 
 
 		 375 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3649  mechanosensitive ion channel family protein  43.53 
 
 		 374 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3360  hypothetical protein  50.85 
 
 		 374 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2398  MscS mechanosensitive ion channel  50.68 
 
 		 374 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1822  MscS mechanosensitive ion channel  41.38 
 
 		 374 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00396347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4007  MscS mechanosensitive ion channel  47.48 
 
 		 376 aa  293  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0987654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3357  MscS Mechanosensitive ion channel  47.21 
 
 		 376 aa  291  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0905  MscS Mechanosensitive ion channel  45.54 
 
 		 373 aa  286  4e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4608  MscS mechanosensitive ion channel  51.77 
 
 		 386 aa  280  2e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.247282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2152  MscS mechanosensitive ion channel  45.13 
 
 		 377 aa  279  6e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4932  MscS Mechanosensitive ion channel  42.51 
 
 		 400 aa  263  4e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4427  MscS Mechanosensitive ion channel  38.23 
 
 		 349 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0238849  normal  0.125106 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0707  MscS Mechanosensitive ion channel  43.38 
 
 		 344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0803  small mechanosensitive ion channel  38.97 
 
 		 342 aa  172  7.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07011  small mechanosensitive ion channel  39.02 
 
 		 343 aa  172  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.184839  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07431  small mechanosensitive ion channel  37.78 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.1802 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1849  small mechanosensitive ion channel  29.55 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00611524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0635  small mechanosensitive ion channel  38.73 
 
 		 343 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.352398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4819  MscS mechanosensitive ion channel  33.76 
 
 		 392 aa  166  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.749552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0075  small-conductance mechanosensitive channel  39.32 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06981  small mechanosensitive ion channel  39.32 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.247932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2160  MscS mechanosensitive ion channel  31.98 
 
 		 400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0650836  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06911  small mechanosensitive ion channel  38.73 
 
 		 343 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.412375  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06621  small mechanosensitive ion channel  38.73 
 
 		 343 aa  150  5e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.16712  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  28.57 
 
 		 380 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  27.15 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3016  MscS mechanosensitive ion channel  30.31 
 
 		 426 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0941  MscS mechanosensitive ion channel  31.43 
 
 		 467 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.884334  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1752  MscS Mechanosensitive ion channel  28.49 
 
 		 356 aa  124  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5290  MscS mechanosensitive ion channel  32.08 
 
 		 371 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.716182  normal  0.882551 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0938  MscS Mechanosensitive ion channel  30.41 
 
 		 433 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.466834  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  30.41 
 
 		 433 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.940167  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0042  MscS Mechanosensitive ion channel  30.37 
 
 		 375 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.634821  normal  0.103785 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0887  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 431 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0881194  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  31.46 
 
 		 377 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1409  MscS mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 		 351 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4500  MscS Mechanosensitive ion channel  29.39 
 
 		 662 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  28.98 
 
 		 567 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0195  MscS mechanosensitive ion channel  31.02 
 
 		 354 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0052728  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1267  MscS mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 		 351 aa  109  6e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4048  MscS mechanosensitive ion channel  29.13 
 
 		 569 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138882  normal  0.12233 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2594  MscS mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 		 388 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  32.06 
 
 		 352 aa  107  3e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  27.2 
 
 		 624 aa  105  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  27.03 
 
 		 633 aa  104  2e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1500  MscS mechanosensitive ion channel  28.43 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0922  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 456 aa  103  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837868 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4194  MscS mechanosensitive ion channel  28.18 
 
 		 562 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  26 
 
 		 682 aa  102  1e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0910  MscS mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 		 400 aa  101  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.505459  normal  0.0192096 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  29.13 
 
 		 286 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  28.7 
 
 		 286 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  28.7 
 
 		 286 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  28.7 
 
 		 286 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  28.7 
 
 		 286 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1059  MscS mechanosensitive ion channel  28.64 
 
 		 384 aa  99.8  8e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.196377 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  25.95 
 
 		 343 aa  98.6  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  27.88 
 
 		 274 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  26.4 
 
 		 343 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  30.61 
 
 		 274 aa  98.6  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  26.4 
 
 		 343 aa  98.6  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  26.4 
 
 		 343 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  26.44 
 
 		 343 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  26.44 
 
 		 343 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  29.06 
 
 		 413 aa  97.8  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  28.45 
 
 		 369 aa  97.4  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  29.91 
 
 		 275 aa  97.1  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  27.03 
 
 		 269 aa  96.7  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  27.03 
 
 		 286 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  27.88 
 
 		 363 aa  96.3  8e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  26.18 
 
 		 343 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  28.82 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  26.44 
 
 		 291 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0460  putative mechanosensitive ion channel  25.56 
 
 		 357 aa  94.4  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  29.36 
 
 		 286 aa  94.4  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  27.31 
 
 		 627 aa  94  4e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  27.31 
 
 		 627 aa  94  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0263  mechanosensitive ion channel family protein  27.31 
 
 		 627 aa  94  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>