More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2270 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 391 aa  796    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  90.98 
 
 		 390 aa  712    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  64.23 
 
 		 390 aa  502  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  63.97 
 
 		 390 aa  499  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  62.92 
 
 		 390 aa  497  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  65.09 
 
 		 390 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  64.04 
 
 		 390 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  61.04 
 
 		 390 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  48.83 
 
 		 392 aa  353  4e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  46.09 
 
 		 392 aa  339  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  46.43 
 
 		 388 aa  339  5e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  46.43 
 
 		 388 aa  339  5e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  45.21 
 
 		 393 aa  335  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  43.57 
 
 		 392 aa  327  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  43.96 
 
 		 391 aa  323  3e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  43.84 
 
 		 395 aa  316  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  43.32 
 
 		 390 aa  306  5.0000000000000004e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  43.83 
 
 		 392 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  41.86 
 
 		 390 aa  296  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  39.79 
 
 		 397 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  45.65 
 
 		 392 aa  294  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  41.69 
 
 		 390 aa  294  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  44.84 
 
 		 392 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  43.94 
 
 		 392 aa  292  9e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  42.26 
 
 		 391 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  41.73 
 
 		 406 aa  266  4e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  37.71 
 
 		 368 aa  265  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 		 412 aa  166  8e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 		 395 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 		 389 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  31.54 
 
 		 406 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  31.18 
 
 		 390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  31.9 
 
 		 390 aa  147  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 410 aa  143  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  30.89 
 
 		 387 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 399 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  31.2 
 
 		 402 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 		 395 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  30.53 
 
 		 402 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 414 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  31.79 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 391 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 401 aa  133  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 		 389 aa  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 		 388 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 		 397 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 394 aa  126  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 		 390 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  28.08 
 
 		 389 aa  122  7e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 395 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 		 395 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  27.25 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  27.88 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  30.75 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  28.37 
 
 		 392 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 423 aa  114  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 388 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 401 aa  112  9e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 		 392 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 		 391 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  28.07 
 
 		 390 aa  109  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  29.4 
 
 		 384 aa  109  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 376 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1766  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.78 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 		 426 aa  107  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1801  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 		 405 aa  106  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1749  branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  28.54 
 
 		 405 aa  106  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.593163  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 		 379 aa  106  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1792  branched-chain amino acid ABC transporter branched chain amino acid-binding protein  28.54 
 
 		 405 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.525895  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  29.14 
 
 		 463 aa  105  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1931  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  28.54 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 390 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 		 398 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1967  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.29 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000097926 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3411  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.29 
 
 		 405 aa  103  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000582907 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  29.01 
 
 		 418 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  26.86 
 
 		 396 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2010  branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein, putative  28.04 
 
 		 405 aa  103  6e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 		 389 aa  103  7e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1931  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.29 
 
 		 405 aa  103  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2031  putative branched-chain amino acid ABC transporter, branched chain amino acid-binding protein  28.04 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0138904  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  26.86 
 
 		 411 aa  99.4  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 393 aa  99  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 419 aa  97.8  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 		 400 aa  97.4  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 425 aa  97.1  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 417 aa  95.9  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.43 
 
 		 399 aa  95.1  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 379 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  30.08 
 
 		 387 aa  94.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  29.72 
 
 		 406 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>