More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0743 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0743  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 208 aa  125  6e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  34.16 
 
 		 237 aa  118  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 208 aa  109  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  30.35 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1551  transcription regulator protein  32.83 
 
 		 205 aa  101  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000200418  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  32.68 
 
 		 217 aa  97.8  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 202 aa  97.4  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 206 aa  97.1  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1544  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 219 aa  94.4  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 208 aa  93.6  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2796  TetR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 231 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.252593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 225 aa  90.1  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 211 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 234 aa  87.4  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  29.23 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 212 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0123  transcriptional regulator, TetR family  26.76 
 
 		 224 aa  85.9  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3416  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 226 aa  85.5  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180038  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  32.45 
 
 		 226 aa  85.5  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 200 aa  85.1  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 212 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5246  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 251 aa  84.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
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NC_012850  Rleg_3714  transcriptional regulator, TetR family  27.69 
 
 		 226 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.576002 
 
 
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NC_013512  Sdel_1167  regulatory protein TetR  30.82 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000201787  n/a   
 
 
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NC_011988  Avi_5954  transcriptional regulator TetR family  30.85 
 
 		 219 aa  82.4  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1400  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16280  putative transcriptional regulator  29.94 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 207 aa  82  0.000000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2049  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 198 aa  81.6  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 		 218 aa  81.6  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 209 aa  81.3  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2740  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  29.8 
 
 		 207 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1447  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 214 aa  80.1  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.268108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1571  TetR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 212 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2432  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0652024 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 209 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  29.72 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  28.04 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2179  TetR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3407  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0155576  normal  0.84746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6189  TetR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.304814  normal  0.805788 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1641  transcriptional regulator, TetR family protein  35.04 
 
 		 145 aa  75.1  0.0000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.216203  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  27.03 
 
 		 209 aa  74.7  0.0000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  28.36 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3126  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.333802  hitchhiker  0.00150199 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0093  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5949  transcriptional regulator TetR family  27.64 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  28.43 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4478  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 211 aa  73.9  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 228 aa  73.9  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2972  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 216 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419953  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3111  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 210 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  28.12 
 
 		 220 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1279  regulatory protein, TetR  29.66 
 
 		 206 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211303  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0097  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.56928  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 220 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 220 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4150  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 200 aa  72  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4190  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 200 aa  72  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.378174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1313  TetR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 203 aa  72  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 206 aa  72  0.000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
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NC_011663  Sbal223_1391  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009997  Sbal195_3130  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1924  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 210 aa  70.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.343626  normal  1 
 
 
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NC_009665  Shew185_2986  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 216 aa  71.2  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_008686  Pden_0232  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009714  CHAB381_0566  transcription regulator protein  26.51 
 
 		 207 aa  71.2  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000000411686  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
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NC_011721  PCC8801_4487  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 209 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013160  Cyan8802_4516  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 207 aa  70.5  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_4062  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
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NC_007778  RPB_1979  TetR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28862  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
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NC_009707  JJD26997_1589  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 210 aa  68.9  0.00000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 213 aa  68.6  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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