More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3108 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  38.89 
 
 		 1359 aa  779    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  35.68 
 
 		 1379 aa  707    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  36.34 
 
 		 1421 aa  737    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  100 
 
 		 1385 aa  2862    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  96.26 
 
 		 1400 aa  2535    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2612  YD repeat-containing protein  97.59 
 
 		 497 aa  926    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  92.82 
 
 		 866 aa  1427    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  65.89 
 
 		 855 aa  1174    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  67.12 
 
 		 1140 aa  1545    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  68.52 
 
 		 1229 aa  1771    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  77.49 
 
 		 1409 aa  2081    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  70.89 
 
 		 480 aa  717    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  72.84 
 
 		 867 aa  1150    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  76.88 
 
 		 1411 aa  2056    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4997  YD repeat-containing protein  73.66 
 
 		 555 aa  845    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2525  YD repeat-containing protein  82.86 
 
 		 561 aa  803    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.949888 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  43.36 
 
 		 1410 aa  1003    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  36.85 
 
 		 1446 aa  771    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  35.99 
 
 		 1531 aa  642    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  38.4 
 
 		 1390 aa  824    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  75.85 
 
 		 1386 aa  2199    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  38.55 
 
 		 1402 aa  822    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  35.91 
 
 		 1419 aa  728    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  38.36 
 
 		 1418 aa  826    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  34.48 
 
 		 1530 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  34.42 
 
 		 1604 aa  588  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  34.57 
 
 		 1568 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  33.98 
 
 		 1583 aa  582  1e-164  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  35.35 
 
 		 1362 aa  568  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  35.19 
 
 		 1348 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  33.42 
 
 		 1586 aa  536  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  31.64 
 
 		 1654 aa  526  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  31.31 
 
 		 1602 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  31.56 
 
 		 1554 aa  490  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  62.43 
 
 		 451 aa  475  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2528  YD repeat-containing protein  79.58 
 
 		 283 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  36.91 
 
 		 924 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  29.38 
 
 		 1520 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  29.71 
 
 		 1550 aa  466  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  31.76 
 
 		 1149 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3017  YD repeat-containing protein  32.76 
 
 		 1149 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  31.27 
 
 		 1551 aa  458  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  31.49 
 
 		 1527 aa  456  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  30.26 
 
 		 1547 aa  449  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  30.23 
 
 		 1150 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  30.23 
 
 		 1150 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  30.23 
 
 		 1150 aa  439  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0131  Rhs1 protein  30.05 
 
 		 1150 aa  433  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.462528  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  29.2 
 
 		 1609 aa  432  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  31.23 
 
 		 1576 aa  424  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  29.74 
 
 		 1573 aa  422  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  30.46 
 
 		 1560 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  31.21 
 
 		 1572 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  29.15 
 
 		 1626 aa  410  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  32.01 
 
 		 1614 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  29.6 
 
 		 1620 aa  393  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  30.37 
 
 		 1611 aa  381  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  29.6 
 
 		 1586 aa  379  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  30.01 
 
 		 1981 aa  374  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  29.94 
 
 		 1595 aa  376  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  29.08 
 
 		 1429 aa  360  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  27.62 
 
 		 1495 aa  350  2e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  28.44 
 
 		 1494 aa  348  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  28.44 
 
 		 1494 aa  348  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  28.68 
 
 		 1319 aa  348  4e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29400  hypothetical protein  28.84 
 
 		 1317 aa  348  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1487 aa  338  5e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  26.47 
 
 		 1437 aa  335  3e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  27.25 
 
 		 1517 aa  323  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  27.21 
 
 		 1600 aa  319  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  27.03 
 
 		 1485 aa  318  5e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  26.65 
 
 		 1197 aa  318  6e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  26.29 
 
 		 1422 aa  317  9e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  28.53 
 
 		 1509 aa  315  3.9999999999999997e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  26.06 
 
 		 1475 aa  315  5.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.39 
 
 		 1527 aa  312  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  26.05 
 
 		 1457 aa  306  2.0000000000000002e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  26.55 
 
 		 1505 aa  305  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  26.24 
 
 		 1616 aa  303  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  25.97 
 
 		 1447 aa  303  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  25.87 
 
 		 1423 aa  300  9e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  27.72 
 
 		 1508 aa  297  1e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  26.61 
 
 		 1384 aa  296  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  25.78 
 
 		 1428 aa  296  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3478  YD repeat-containing protein  37.12 
 
 		 553 aa  290  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  27.77 
 
 		 1488 aa  288  5e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  26.2 
 
 		 1434 aa  282  3e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  25.13 
 
 		 1541 aa  282  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  25.13 
 
 		 1541 aa  282  4e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  25.13 
 
 		 1541 aa  282  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  25.06 
 
 		 1381 aa  281  7e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  24.98 
 
 		 1541 aa  281  8e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  25.11 
 
 		 1541 aa  281  9e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  24.98 
 
 		 1541 aa  280  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  27.03 
 
 		 1679 aa  275  3e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.7 
 
 		 1528 aa  275  4.0000000000000004e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  26.12 
 
 		 1489 aa  275  5.000000000000001e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  27.81 
 
 		 1528 aa  274  9e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  26.21 
 
 		 1539 aa  274  9e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  26.75 
 
 		 1673 aa  273  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>