More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0742 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  55.64 
 
 		 767 aa  763    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  54.72 
 
 		 774 aa  764    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  66.36 
 
 		 751 aa  950    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  100 
 
 		 773 aa  1550    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  60 
 
 		 780 aa  883    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  40.59 
 
 		 803 aa  476  1e-133  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  37.34 
 
 		 801 aa  474  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  52.07 
 
 		 805 aa  370  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  30.07 
 
 		 829 aa  323  8e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  33.43 
 
 		 681 aa  322  1.9999999999999998e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  31.28 
 
 		 745 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  30.23 
 
 		 720 aa  303  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  32.12 
 
 		 775 aa  298  3e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  31.98 
 
 		 775 aa  295  2e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  31.22 
 
 		 763 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  30.76 
 
 		 733 aa  272  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  32.41 
 
 		 756 aa  260  6e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  30.76 
 
 		 772 aa  245  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  32.65 
 
 		 819 aa  227  8e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  36.44 
 
 		 797 aa  211  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  38.46 
 
 		 784 aa  205  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  37.45 
 
 		 779 aa  199  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  35.05 
 
 		 833 aa  193  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  37.62 
 
 		 794 aa  193  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  27.82 
 
 		 717 aa  190  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  27.69 
 
 		 757 aa  190  9e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  27.4 
 
 		 757 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  27.4 
 
 		 757 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  27.4 
 
 		 757 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  27.69 
 
 		 757 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  27.4 
 
 		 757 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  27.69 
 
 		 750 aa  189  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  38.12 
 
 		 686 aa  187  7e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  28.59 
 
 		 777 aa  184  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  27.55 
 
 		 807 aa  184  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  28.59 
 
 		 771 aa  183  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  26.7 
 
 		 793 aa  180  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  27.78 
 
 		 803 aa  175  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  26.5 
 
 		 789 aa  170  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  26.21 
 
 		 814 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  33.66 
 
 		 766 aa  166  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  26.39 
 
 		 787 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  24.16 
 
 		 641 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  26.57 
 
 		 791 aa  163  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  25.98 
 
 		 728 aa  162  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  25.11 
 
 		 783 aa  162  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  32.93 
 
 		 751 aa  161  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  26.02 
 
 		 752 aa  160  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  25.47 
 
 		 804 aa  160  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  25.5 
 
 		 803 aa  158  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  25.89 
 
 		 803 aa  157  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  24.5 
 
 		 787 aa  156  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  26.09 
 
 		 781 aa  157  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  34.98 
 
 		 793 aa  155  2.9999999999999998e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  25.69 
 
 		 781 aa  153  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  25.62 
 
 		 748 aa  152  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  26.99 
 
 		 783 aa  151  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  25.51 
 
 		 750 aa  150  6e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.8 
 
 		 776 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  23.97 
 
 		 738 aa  149  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  27.27 
 
 		 654 aa  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  27.27 
 
 		 650 aa  145  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  24.65 
 
 		 736 aa  144  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  27.08 
 
 		 654 aa  142  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  23.46 
 
 		 696 aa  140  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2639  type II and III secretion system protein  23.1 
 
 		 733 aa  140  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0449107  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  24.32 
 
 		 753 aa  139  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  24.73 
 
 		 696 aa  137  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  33.12 
 
 		 716 aa  138  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  26.65 
 
 		 686 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  26.65 
 
 		 686 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  26.65 
 
 		 686 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  26.47 
 
 		 686 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  24.11 
 
 		 682 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  27.03 
 
 		 686 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3236  type II and III secretion system protein  23.57 
 
 		 711 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.284362  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  28.7 
 
 		 775 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  25.88 
 
 		 655 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  30.86 
 
 		 781 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  29.48 
 
 		 744 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  23.88 
 
 		 705 aa  128  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  26.6 
 
 		 703 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0730  general secretion pathway protein D  26.55 
 
 		 892 aa  126  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.116775  normal  0.828359 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  31.4 
 
 		 635 aa  124  9e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  25.67 
 
 		 710 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  28.92 
 
 		 810 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0078  general secretion pathway protein D  23.56 
 
 		 660 aa  122  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  22.78 
 
 		 689 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  30.6 
 
 		 714 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  25.62 
 
 		 662 aa  122  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  28.88 
 
 		 660 aa  121  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  28.86 
 
 		 584 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  25.04 
 
 		 705 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  24.68 
 
 		 704 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  28.97 
 
 		 747 aa  120  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  23.57 
 
 		 700 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  23.57 
 
 		 700 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  25.95 
 
 		 704 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  24.1 
 
 		 710 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  29.03 
 
 		 780 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>