More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3776 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  100 
 
 		 243 aa  503  1e-141  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  69.76 
 
 		 248 aa  357  9.999999999999999e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  62.84 
 
 		 228 aa  288  4e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  56.36 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.56 
 
 		 232 aa  264  1e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.85 
 
 		 242 aa  250  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  53.08 
 
 		 215 aa  231  7.000000000000001e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  41.87 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  43.18 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  46.88 
 
 		 237 aa  181  1e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  44.19 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  42.6 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.12 
 
 		 231 aa  174  8e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 226 aa  174  9e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 269 aa  166  4e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  42.4 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  34.4 
 
 		 223 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  34.95 
 
 		 237 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  36.57 
 
 		 255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.26 
 
 		 301 aa  115  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  41.01 
 
 		 303 aa  115  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1414  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 324 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.003829  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.41 
 
 		 307 aa  112  4.0000000000000004e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.5 
 
 		 348 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1224  pseudouridylate synthase  36.36 
 
 		 324 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00465403  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  32 
 
 		 308 aa  112  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  30.64 
 
 		 346 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2195  RNA pseudouridylate synthase family protein  29.66 
 
 		 236 aa  112  8.000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.19 
 
 		 244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  36.84 
 
 		 329 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.1 
 
 		 330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  34.45 
 
 		 330 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.32 
 
 		 320 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  30.34 
 
 		 346 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.16 
 
 		 368 aa  108  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  33.96 
 
 		 243 aa  109  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 		 330 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.21 
 
 		 346 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  34.29 
 
 		 239 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  33.63 
 
 		 264 aa  108  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.62 
 
 		 327 aa  108  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  32.91 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.64 
 
 		 330 aa  107  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  34.43 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_15666  predicted protein  32.2 
 
 		 235 aa  107  2e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  34.82 
 
 		 339 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  32.72 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.94 
 
 		 305 aa  105  6e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  32.62 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  35.55 
 
 		 327 aa  105  9e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.27 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0445  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.27 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  31.6 
 
 		 304 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  34.48 
 
 		 297 aa  103  2e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.58 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.62 
 
 		 326 aa  103  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.16 
 
 		 436 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  32.88 
 
 		 548 aa  102  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  33.64 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  32.17 
 
 		 325 aa  102  5e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  32.41 
 
 		 314 aa  102  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  32.71 
 
 		 228 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  35.58 
 
 		 326 aa  102  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1416  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.27 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.88 
 
 		 323 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  30.59 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  35.94 
 
 		 298 aa  101  9e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.21 
 
 		 354 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  30.64 
 
 		 348 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  30.84 
 
 		 349 aa  99.8  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 352 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  33.64 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.69 
 
 		 458 aa  99.4  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.74 
 
 		 329 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.74 
 
 		 329 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 		 316 aa  99.4  5e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  34.73 
 
 		 362 aa  99.4  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 240 aa  99.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  28.4 
 
 		 244 aa  99.4  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  32.43 
 
 		 309 aa  99  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.17 
 
 		 329 aa  99  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  34.56 
 
 		 299 aa  99  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.42 
 
 		 350 aa  99  7e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 322 aa  98.6  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.69 
 
 		 330 aa  98.6  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  31.96 
 
 		 334 aa  97.8  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  32.43 
 
 		 446 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  31.58 
 
 		 344 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  32.91 
 
 		 399 aa  97.8  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  34.25 
 
 		 346 aa  97.1  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  28.88 
 
 		 319 aa  97.1  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  32.39 
 
 		 364 aa  97.1  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  32.03 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  35.1 
 
 		 324 aa  97.1  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>