203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3085 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  100 
 
 		 299 aa  622  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  57.59 
 
 		 896 aa  367  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  56.07 
 
 		 855 aa  341  8e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  53 
 
 		 902 aa  322  5e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  51.03 
 
 		 861 aa  318  7e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  49.83 
 
 		 877 aa  311  9e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  50 
 
 		 646 aa  308  9e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  47.08 
 
 		 871 aa  302  6.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  46.74 
 
 		 872 aa  300  2e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  43.24 
 
 		 306 aa  267  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  42.32 
 
 		 303 aa  261  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  40.68 
 
 		 847 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  41.58 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  40.61 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  38.51 
 
 		 314 aa  233  3e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  38.97 
 
 		 312 aa  228  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  36.95 
 
 		 896 aa  222  7e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.86 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.98 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  35.53 
 
 		 737 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.8 
 
 		 789 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.74 
 
 		 815 aa  196  5.000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  37.8 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  33.92 
 
 		 352 aa  194  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.25 
 
 		 304 aa  193  3e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.68 
 
 		 815 aa  191  9e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  34.64 
 
 		 726 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  33.57 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.08 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  32.27 
 
 		 527 aa  187  2e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.56 
 
 		 303 aa  187  3e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  36.47 
 
 		 834 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.33 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  33.11 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.05 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.23 
 
 		 313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.11 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  36.9 
 
 		 657 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  34.67 
 
 		 644 aa  179  5.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  34.74 
 
 		 427 aa  179  7e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  37.18 
 
 		 358 aa  179  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  33.56 
 
 		 866 aa  177  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  34.42 
 
 		 927 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  33.33 
 
 		 940 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  33.96 
 
 		 954 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  36.23 
 
 		 914 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  34.06 
 
 		 936 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  34.06 
 
 		 936 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  31.54 
 
 		 825 aa  175  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  36.23 
 
 		 914 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  34.43 
 
 		 414 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  33.94 
 
 		 848 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  32.59 
 
 		 1001 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 845 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.51 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  30.95 
 
 		 864 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.07 
 
 		 414 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  33.58 
 
 		 949 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  31.14 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  33.7 
 
 		 913 aa  170  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 911 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  34.06 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.03 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  32.6 
 
 		 837 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  32.75 
 
 		 825 aa  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.49 
 
 		 334 aa  169  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  33.58 
 
 		 932 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  30.41 
 
 		 871 aa  168  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  33.82 
 
 		 380 aa  168  9e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 383 aa  168  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 893 aa  168  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.21 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.41 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  32.95 
 
 		 980 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  32.85 
 
 		 339 aa  167  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  33.33 
 
 		 412 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  32.95 
 
 		 1157 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  32.95 
 
 		 1163 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  32.85 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  30.69 
 
 		 455 aa  166  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.23 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  31.84 
 
 		 927 aa  165  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  33.21 
 
 		 397 aa  165  9e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  32.53 
 
 		 845 aa  165  9e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  31.83 
 
 		 851 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  32.34 
 
 		 866 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  31.02 
 
 		 847 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.69 
 
 		 329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  30.91 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  30.34 
 
 		 846 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  34.34 
 
 		 930 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  32.71 
 
 		 837 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  33.68 
 
 		 408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  33.21 
 
 		 856 aa  163  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  32.28 
 
 		 412 aa  163  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  30.11 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  32.58 
 
 		 882 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  31.5 
 
 		 865 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  30.41 
 
 		 895 aa  162  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  29.45 
 
 		 355 aa  161  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>