More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3242 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  100 
 
 		 657 aa  1360    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  36.53 
 
 		 861 aa  398  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  35.07 
 
 		 896 aa  390  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.77 
 
 		 855 aa  363  6e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  34.07 
 
 		 902 aa  362  1e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.52 
 
 		 877 aa  360  5e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  34.89 
 
 		 871 aa  359  8e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  34.62 
 
 		 872 aa  356  7.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  33.8 
 
 		 646 aa  339  8e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  31.98 
 
 		 881 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  31.38 
 
 		 883 aa  282  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  31.53 
 
 		 882 aa  276  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  31.63 
 
 		 847 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  32.32 
 
 		 658 aa  266  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  30.87 
 
 		 893 aa  265  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  29.9 
 
 		 644 aa  264  3e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  31.98 
 
 		 886 aa  263  6.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  30.55 
 
 		 815 aa  261  3e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  30.59 
 
 		 914 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  29.56 
 
 		 845 aa  258  2e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  29.34 
 
 		 913 aa  256  8e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  30.92 
 
 		 930 aa  256  9e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  32.17 
 
 		 822 aa  255  1.0000000000000001e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.1 
 
 		 848 aa  252  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  30.32 
 
 		 882 aa  252  2e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  30.09 
 
 		 867 aa  252  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  30.93 
 
 		 818 aa  251  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  29.15 
 
 		 900 aa  251  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  29.52 
 
 		 954 aa  250  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  30.72 
 
 		 837 aa  250  6e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  30.91 
 
 		 846 aa  248  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  30.03 
 
 		 863 aa  248  3e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  30.65 
 
 		 651 aa  247  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  31.51 
 
 		 918 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  29.76 
 
 		 815 aa  245  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  29.86 
 
 		 813 aa  245  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  29.5 
 
 		 866 aa  244  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  31.85 
 
 		 845 aa  244  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  30.09 
 
 		 684 aa  244  5e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  29.53 
 
 		 865 aa  243  9e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  29.62 
 
 		 888 aa  242  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  30.35 
 
 		 856 aa  242  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  29.28 
 
 		 847 aa  242  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  30.28 
 
 		 843 aa  239  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  28.81 
 
 		 895 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  30.23 
 
 		 656 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  31.3 
 
 		 833 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 		 833 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  29.97 
 
 		 834 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  29.33 
 
 		 914 aa  237  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  29.97 
 
 		 868 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  29.17 
 
 		 911 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  31.8 
 
 		 832 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  30.28 
 
 		 868 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  28 
 
 		 940 aa  234  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  29.65 
 
 		 658 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  29.43 
 
 		 927 aa  233  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  30.15 
 
 		 683 aa  232  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  28.38 
 
 		 939 aa  232  2e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  29.57 
 
 		 837 aa  231  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  27.29 
 
 		 864 aa  231  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  31.31 
 
 		 651 aa  230  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  29.79 
 
 		 936 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  29.79 
 
 		 936 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  29.1 
 
 		 851 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  29.55 
 
 		 853 aa  226  1e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  28.51 
 
 		 866 aa  225  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  29.55 
 
 		 840 aa  224  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  30.17 
 
 		 837 aa  223  9e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  29.47 
 
 		 847 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  30.34 
 
 		 833 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  30.4 
 
 		 932 aa  219  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  29.49 
 
 		 927 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  39.87 
 
 		 534 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  28.33 
 
 		 846 aa  213  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  28.33 
 
 		 825 aa  210  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  29.48 
 
 		 825 aa  209  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  25.54 
 
 		 871 aa  209  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  27.72 
 
 		 901 aa  204  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  36.68 
 
 		 608 aa  194  4e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  28.42 
 
 		 817 aa  183  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  36.02 
 
 		 603 aa  180  9e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.9 
 
 		 299 aa  179  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  35.35 
 
 		 343 aa  177  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  34.06 
 
 		 343 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  34.7 
 
 		 1001 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.17 
 
 		 495 aa  170  6e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  36.45 
 
 		 343 aa  169  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  31.96 
 
 		 303 aa  161  5e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  33.85 
 
 		 321 aa  156  9e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  30.67 
 
 		 313 aa  155  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2161  ATP dependent DNA ligase  39.26 
 
 		 313 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379865  normal  0.199532 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2316  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.26 
 
 		 313 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  33.55 
 
 		 320 aa  154  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  35.37 
 
 		 949 aa  154  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.92 
 
 		 350 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.13 
 
 		 346 aa  151  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  31.96 
 
 		 376 aa  151  4e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  31.13 
 
 		 306 aa  150  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.02 
 
 		 436 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>