109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4106 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0883  AsmA  53.23 
 
 		 664 aa  657    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0924  AsmA family protein  51.88 
 
 		 670 aa  649    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4106  AsmA family protein  100 
 
 		 669 aa  1317    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850545  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0079  AsmA  36.78 
 
 		 669 aa  405  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178612  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3055  AsmA family protein  38.78 
 
 		 657 aa  392  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.655109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1181  AsmA  34.97 
 
 		 667 aa  381  1e-104  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.256758  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  35.91 
 
 		 632 aa  366  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4449  AsmA  34.06 
 
 		 688 aa  350  6e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4857  AsmA family protein  35.51 
 
 		 688 aa  346  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000523424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4907  hypothetical protein  34.64 
 
 		 688 aa  345  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0566  AsmA  35.66 
 
 		 691 aa  345  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4735  AsmA family protein  35.51 
 
 		 688 aa  345  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4914  AsmA family protein  35.04 
 
 		 688 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000550525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4649  AsmA family protein  34.92 
 
 		 688 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0580327 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0791  AsmA family protein  31.08 
 
 		 765 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.352435  normal  0.138985 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4747  AsmA family protein  33.14 
 
 		 678 aa  332  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02380  AsmA family protein  34.23 
 
 		 677 aa  324  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64510  hypothetical protein  33.88 
 
 		 689 aa  320  5e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5601  hypothetical protein  33.38 
 
 		 689 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0784  AsmA family protein  34.24 
 
 		 680 aa  318  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0773  hypothetical protein  31.13 
 
 		 740 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0128597 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0721  AsmA family protein  36.25 
 
 		 765 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641564 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2640  AsmA  29.39 
 
 		 735 aa  292  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0666  hypothetical protein  32.8 
 
 		 697 aa  286  7e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4261  AsmA family protein  32.15 
 
 		 669 aa  285  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.545183  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3828  AsmA family protein  29.81 
 
 		 686 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0975888 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4887  AsmA family protein  29.66 
 
 		 686 aa  281  3e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.647897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4012  AsmA family protein  29.66 
 
 		 686 aa  280  4e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4073  hypothetical protein  30.47 
 
 		 729 aa  280  5e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0571071 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03372  predicted outer membrane biogenesis protein  29.66 
 
 		 691 aa  280  6e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0189  AsmA family protein  29.66 
 
 		 691 aa  280  6e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3727  AsmA family protein  29.66 
 
 		 686 aa  280  6e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0193  AsmA family protein  29.66 
 
 		 691 aa  280  6e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3929  AsmA family protein  29.66 
 
 		 686 aa  280  6e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3921  AsmA family protein  29.73 
 
 		 686 aa  270  5e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0817  AsmA  30.09 
 
 		 791 aa  270  8e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118812  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3293  AsmA family protein  30.77 
 
 		 656 aa  264  3e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187573  normal  0.760873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0104  AsmA family protein  35.59 
 
 		 739 aa  264  4e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4058  AsmA family protein  35.96 
 
 		 745 aa  263  8.999999999999999e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3817  AsmA family protein  28.74 
 
 		 686 aa  257  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3882  AsmA family protein  28.44 
 
 		 686 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3804  AsmA family protein  29.04 
 
 		 686 aa  256  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3926  AsmA family protein  28.44 
 
 		 686 aa  256  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3985  AsmA family protein  28.44 
 
 		 686 aa  256  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.189734 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1865  AsmA family protein  33.54 
 
 		 832 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0704419  normal  0.0719659 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4258  AsmA family protein  32.38 
 
 		 791 aa  253  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0521449  normal  0.0888136 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  30.88 
 
 		 649 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1711  AsmA family protein  34.24 
 
 		 765 aa  252  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2321  putative transmembrane protein, AsmA-like  33.12 
 
 		 839 aa  251  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.704699 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1683  AsmA family protein  34.03 
 
 		 765 aa  251  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5070  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis, AsmA  32.35 
 
 		 764 aa  250  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.207189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0988  AsmA family protein  32.38 
 
 		 810 aa  250  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1309  AsmA family protein  32.16 
 
 		 830 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2319  AsmA family protein  32.16 
 
 		 830 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1796  AsmA family protein  32.16 
 
 		 830 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147838  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0099  AsmA family protein  32.16 
 
 		 830 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.483374  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2151  AsmA family protein  32.16 
 
 		 830 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2188  AsmA family protein  32.57 
 
 		 824 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1067  AsmA family protein  32.16 
 
 		 830 aa  248  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.103538  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6307  AsmA  32.91 
 
 		 765 aa  248  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.726183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1772  AsmA family protein  32.91 
 
 		 765 aa  248  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.192484  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2673  AsmA family protein  30.02 
 
 		 762 aa  248  3e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583753  normal  0.123003 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1499  AsmA family protein  32.7 
 
 		 759 aa  248  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0473524 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1797  AsmA family protein  32.91 
 
 		 765 aa  248  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.374116 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1703  AsmA family protein  31.57 
 
 		 782 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2268  AsmA family protein  31.6 
 
 		 818 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1369  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1774  AsmA family protein  29.02 
 
 		 761 aa  207  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2433  AsmA family protein  26.64 
 
 		 710 aa  203  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.2026  normal  0.914727 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2665  AsmA family protein  28.91 
 
 		 674 aa  192  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100749 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1200  AsmA  24.22 
 
 		 700 aa  161  4e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  23.28 
 
 		 704 aa  118  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01675  AsmA family membrane protein  30.8 
 
 		 342 aa  107  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.3424  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2657  AsmA  26.26 
 
 		 737 aa  98.2  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.871932  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  23.09 
 
 		 606 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  21.91 
 
 		 677 aa  85.1  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2682  AsmA family protein  24.45 
 
 		 895 aa  82.4  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.397979  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0489  hypothetical protein  20.2 
 
 		 665 aa  72.8  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000190696  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  23.56 
 
 		 656 aa  65.5  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  23.13 
 
 		 675 aa  64.3  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  22.4 
 
 		 609 aa  63.2  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  23.85 
 
 		 660 aa  61.2  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  23.2 
 
 		 660 aa  60.5  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2769  AsmA family protein  23.76 
 
 		 587 aa  58.9  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.961536  normal  0.388317 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1137  AsmA family protein  33.33 
 
 		 265 aa  56.6  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0909358 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  24.74 
 
 		 655 aa  55.1  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  21.92 
 
 		 607 aa  54.3  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  23.05 
 
 		 640 aa  54.3  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  21.67 
 
 		 614 aa  53.1  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  21.57 
 
 		 612 aa  52.4  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0899  AsmA family protein  25.13 
 
 		 1061 aa  52  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00548137  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  21.04 
 
 		 606 aa  50.8  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  21.68 
 
 		 606 aa  50.8  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  21.21 
 
 		 606 aa  50.8  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  23.3 
 
 		 604 aa  50.8  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  21.44 
 
 		 607 aa  50.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  22.62 
 
 		 711 aa  50.4  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2209  AsmA  22.05 
 
 		 1077 aa  49.3  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  23.38 
 
 		 649 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2030  hypothetical protein  23.43 
 
 		 1246 aa  48.5  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0479736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3362  AsmA family protein  23.12 
 
 		 1061 aa  47.8  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.596637 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>