162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2254 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  100 
 
 		 632 aa  1236    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0079  AsmA  47.62 
 
 		 669 aa  592  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0773  hypothetical protein  36.09 
 
 		 740 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0128597 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0791  AsmA family protein  34.85 
 
 		 765 aa  414  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.352435  normal  0.138985 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0721  AsmA family protein  34.71 
 
 		 765 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641564 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0817  AsmA  36.65 
 
 		 791 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118812  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4261  AsmA family protein  38.03 
 
 		 669 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.545183  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1181  AsmA  35.46 
 
 		 667 aa  399  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.256758  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2640  AsmA  36.14 
 
 		 735 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4449  AsmA  34.47 
 
 		 688 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64510  hypothetical protein  34.96 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5601  hypothetical protein  34.91 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3055  AsmA family protein  38.83 
 
 		 657 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.655109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4747  AsmA family protein  34.72 
 
 		 678 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4914  AsmA family protein  34.13 
 
 		 688 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000550525 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4857  AsmA family protein  34.07 
 
 		 688 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000523424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4907  hypothetical protein  33.88 
 
 		 688 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4735  AsmA family protein  34.22 
 
 		 688 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197359 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4649  AsmA family protein  33.89 
 
 		 688 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0580327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0566  AsmA  34.94 
 
 		 691 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0883  AsmA  35.67 
 
 		 664 aa  362  1e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444148 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4106  AsmA family protein  36.28 
 
 		 669 aa  356  7.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850545  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0784  AsmA family protein  35.63 
 
 		 680 aa  354  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0924  AsmA family protein  33.7 
 
 		 670 aa  348  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02380  AsmA family protein  33.18 
 
 		 677 aa  340  5.9999999999999996e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2188  AsmA family protein  38.44 
 
 		 824 aa  329  9e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1309  AsmA family protein  38.23 
 
 		 830 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2319  AsmA family protein  38.23 
 
 		 830 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1796  AsmA family protein  38.23 
 
 		 830 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147838  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0099  AsmA family protein  38.23 
 
 		 830 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.483374  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2151  AsmA family protein  38.23 
 
 		 830 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1067  AsmA family protein  38.23 
 
 		 830 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.103538  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3929  AsmA family protein  31.26 
 
 		 686 aa  327  5e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4887  AsmA family protein  31.26 
 
 		 686 aa  327  5e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.647897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3727  AsmA family protein  31.26 
 
 		 686 aa  327  5e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03372  predicted outer membrane biogenesis protein  31.26 
 
 		 691 aa  327  6e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0189  AsmA family protein  31.26 
 
 		 691 aa  327  6e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0193  AsmA family protein  31.26 
 
 		 691 aa  327  6e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4012  AsmA family protein  31.26 
 
 		 686 aa  326  8.000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3828  AsmA family protein  31.11 
 
 		 686 aa  325  1e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0975888 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0666  hypothetical protein  36.25 
 
 		 697 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0988  AsmA family protein  36.67 
 
 		 810 aa  320  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2268  AsmA family protein  37.58 
 
 		 818 aa  319  1e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1369  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1499  AsmA family protein  38.25 
 
 		 759 aa  318  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0473524 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5070  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis, AsmA  37.61 
 
 		 764 aa  317  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.207189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2673  AsmA family protein  35.89 
 
 		 762 aa  318  3e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583753  normal  0.123003 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3882  AsmA family protein  31.35 
 
 		 686 aa  317  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3985  AsmA family protein  31.35 
 
 		 686 aa  316  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.189734 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3926  AsmA family protein  31.35 
 
 		 686 aa  316  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3817  AsmA family protein  31.35 
 
 		 686 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3804  AsmA family protein  31.11 
 
 		 686 aa  314  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3921  AsmA family protein  29.96 
 
 		 686 aa  313  6.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1797  AsmA family protein  37.82 
 
 		 765 aa  312  1e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.374116 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6307  AsmA  37.82 
 
 		 765 aa  312  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.726183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1772  AsmA family protein  37.82 
 
 		 765 aa  312  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.192484  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1711  AsmA family protein  37.82 
 
 		 765 aa  309  9e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1683  AsmA family protein  37.47 
 
 		 765 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4073  hypothetical protein  30.64 
 
 		 729 aa  307  4.0000000000000004e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0571071 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2321  putative transmembrane protein, AsmA-like  37.09 
 
 		 839 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.704699 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1865  AsmA family protein  36.88 
 
 		 832 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0704419  normal  0.0719659 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0104  AsmA family protein  29.85 
 
 		 739 aa  304  4.0000000000000003e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1703  AsmA family protein  36.25 
 
 		 782 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4058  AsmA family protein  38 
 
 		 745 aa  298  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3293  AsmA family protein  33.6 
 
 		 656 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187573  normal  0.760873 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  33.44 
 
 		 649 aa  296  7e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4258  AsmA family protein  34.96 
 
 		 791 aa  294  4e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0521449  normal  0.0888136 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1774  AsmA family protein  34.61 
 
 		 761 aa  290  6e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2433  AsmA family protein  27.82 
 
 		 710 aa  233  9e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.2026  normal  0.914727 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2665  AsmA family protein  28.94 
 
 		 674 aa  226  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100749 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1200  AsmA  26.25 
 
 		 700 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  25.39 
 
 		 704 aa  162  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01675  AsmA family membrane protein  30.13 
 
 		 342 aa  112  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.3424  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2657  AsmA  23.38 
 
 		 737 aa  108  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.871932  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  23.78 
 
 		 677 aa  95.9  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  27.17 
 
 		 675 aa  93.6  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0899  AsmA family protein  27.22 
 
 		 1061 aa  92  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00548137  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  24.76 
 
 		 660 aa  90.9  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2769  AsmA family protein  29.34 
 
 		 587 aa  90.9  7e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.961536  normal  0.388317 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3362  AsmA family protein  27.04 
 
 		 1061 aa  90.1  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.596637 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  24.76 
 
 		 660 aa  90.1  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0489  hypothetical protein  21.67 
 
 		 665 aa  89.4  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000190696  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  24.08 
 
 		 607 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  22.1 
 
 		 614 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  23.82 
 
 		 646 aa  84  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  24.08 
 
 		 607 aa  84  0.000000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  23.27 
 
 		 606 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  23.92 
 
 		 607 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  22.44 
 
 		 612 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  23.42 
 
 		 607 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  24.29 
 
 		 656 aa  73.2  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  22.22 
 
 		 614 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2209  AsmA  30.68 
 
 		 1077 aa  70.9  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  24.77 
 
 		 893 aa  65.9  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  22.36 
 
 		 709 aa  65.9  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  25.21 
 
 		 711 aa  66.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  31.16 
 
 		 797 aa  64.7  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  22.47 
 
 		 741 aa  64.3  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2682  AsmA family protein  23.24 
 
 		 895 aa  64.7  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.397979  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1173  AsmA  26.74 
 
 		 1079 aa  63.9  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000700757  normal  0.126204 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  31.25 
 
 		 606 aa  63.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>