128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4261 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0773  hypothetical protein  51.4 
 
 		 740 aa  694    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0128597 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0791  AsmA family protein  51.01 
 
 		 765 aa  711    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.352435  normal  0.138985 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4261  AsmA family protein  100 
 
 		 669 aa  1330    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.545183  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0721  AsmA family protein  51.01 
 
 		 765 aa  711    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.641564 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2640  AsmA  47.17 
 
 		 735 aa  633  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5601  hypothetical protein  48.64 
 
 		 689 aa  628  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0817  AsmA  46.56 
 
 		 791 aa  624  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.118812  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64510  hypothetical protein  48.48 
 
 		 689 aa  624  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4857  AsmA family protein  46.41 
 
 		 688 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000523424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4914  AsmA family protein  46.12 
 
 		 688 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000550525 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4735  AsmA family protein  46.12 
 
 		 688 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000197359 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4649  AsmA family protein  46.84 
 
 		 688 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0580327 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4907  hypothetical protein  46.98 
 
 		 688 aa  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4449  AsmA  45.8 
 
 		 688 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0784  AsmA family protein  47.21 
 
 		 680 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4747  AsmA family protein  46.11 
 
 		 678 aa  580  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0566  AsmA  44.78 
 
 		 691 aa  569  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02380  AsmA family protein  44.4 
 
 		 677 aa  563  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03372  predicted outer membrane biogenesis protein  41.81 
 
 		 691 aa  536  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0189  AsmA family protein  41.81 
 
 		 691 aa  536  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4887  AsmA family protein  41.81 
 
 		 686 aa  537  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.647897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3727  AsmA family protein  41.81 
 
 		 686 aa  536  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0193  AsmA family protein  41.81 
 
 		 691 aa  536  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3828  AsmA family protein  41.96 
 
 		 686 aa  538  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0975888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3929  AsmA family protein  41.81 
 
 		 686 aa  536  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4012  AsmA family protein  41.81 
 
 		 686 aa  535  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4073  hypothetical protein  42 
 
 		 729 aa  535  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0571071 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3882  AsmA family protein  41.35 
 
 		 686 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3921  AsmA family protein  40.86 
 
 		 686 aa  526  1e-148  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3926  AsmA family protein  41.2 
 
 		 686 aa  524  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3817  AsmA family protein  41.05 
 
 		 686 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3804  AsmA family protein  41.2 
 
 		 686 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3985  AsmA family protein  41.2 
 
 		 686 aa  524  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.189734 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1865  AsmA family protein  53.53 
 
 		 832 aa  504  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0704419  normal  0.0719659 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2321  putative transmembrane protein, AsmA-like  53.53 
 
 		 839 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.704699 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0988  AsmA family protein  51.14 
 
 		 810 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1703  AsmA family protein  50.84 
 
 		 782 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1309  AsmA family protein  52.03 
 
 		 830 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2319  AsmA family protein  52.03 
 
 		 830 aa  490  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1796  AsmA family protein  52.03 
 
 		 830 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.147838  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0099  AsmA family protein  52.03 
 
 		 830 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.483374  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2151  AsmA family protein  52.03 
 
 		 830 aa  490  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2188  AsmA family protein  51.82 
 
 		 824 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1067  AsmA family protein  52.03 
 
 		 830 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.103538  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1499  AsmA family protein  53.16 
 
 		 759 aa  487  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0473524 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5070  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis, AsmA  52.28 
 
 		 764 aa  482  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.207189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6307  AsmA  51.84 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.726183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1772  AsmA family protein  51.84 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.192484  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1797  AsmA family protein  51.84 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.374116 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1711  AsmA family protein  51.82 
 
 		 765 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1683  AsmA family protein  51.72 
 
 		 765 aa  478  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2268  AsmA family protein  50.75 
 
 		 818 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.1369  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4058  AsmA family protein  48.28 
 
 		 745 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0104  AsmA family protein  48.28 
 
 		 739 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  37.58 
 
 		 632 aa  427  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2673  AsmA family protein  43.02 
 
 		 762 aa  422  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583753  normal  0.123003 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0079  AsmA  38.2 
 
 		 669 aa  415  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178612  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1774  AsmA family protein  43 
 
 		 761 aa  386  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4258  AsmA family protein  39.53 
 
 		 791 aa  363  6e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0521449  normal  0.0888136 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1181  AsmA  32.41 
 
 		 667 aa  363  7.0000000000000005e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.256758  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0924  AsmA family protein  32.61 
 
 		 670 aa  329  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0883  AsmA  33.69 
 
 		 664 aa  327  4.0000000000000003e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444148 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3055  AsmA family protein  33.07 
 
 		 657 aa  311  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.655109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3293  AsmA family protein  30.59 
 
 		 656 aa  299  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.187573  normal  0.760873 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0666  hypothetical protein  32.41 
 
 		 697 aa  291  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4106  AsmA family protein  31.68 
 
 		 669 aa  289  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850545  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  29.27 
 
 		 649 aa  252  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2665  AsmA family protein  28.25 
 
 		 674 aa  224  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100749 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2433  AsmA family protein  26.3 
 
 		 710 aa  198  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.2026  normal  0.914727 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1200  AsmA  24.91 
 
 		 700 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  22.41 
 
 		 704 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0489  hypothetical protein  21.38 
 
 		 665 aa  115  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000190696  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01675  AsmA family membrane protein  30.37 
 
 		 342 aa  89.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.3424  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2769  AsmA family protein  27.57 
 
 		 587 aa  80.9  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.961536  normal  0.388317 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2209  AsmA  31.94 
 
 		 1077 aa  76.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2657  AsmA  22.73 
 
 		 737 aa  72  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.871932  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  21.79 
 
 		 677 aa  70.1  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3362  AsmA family protein  26.73 
 
 		 1061 aa  69.3  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.596637 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0899  AsmA family protein  23.26 
 
 		 1061 aa  65.1  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00548137  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  34.33 
 
 		 660 aa  64.3  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  34.33 
 
 		 660 aa  64.3  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  24.6 
 
 		 612 aa  62.4  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  23.47 
 
 		 794 aa  59.3  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  20.07 
 
 		 695 aa  55.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2443  AsmA family protein  29.57 
 
 		 1146 aa  56.2  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.59764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  29.05 
 
 		 611 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  22.36 
 
 		 701 aa  55.8  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  31.58 
 
 		 675 aa  55.1  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  31.01 
 
 		 812 aa  54.7  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2612  AsmA family protein  23.47 
 
 		 1094 aa  54.7  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.74213  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  24.63 
 
 		 609 aa  54.7  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0874  hypothetical protein  24.17 
 
 		 1080 aa  54.7  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  21.67 
 
 		 709 aa  53.9  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  27.92 
 
 		 797 aa  53.1  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2682  AsmA family protein  22.55 
 
 		 895 aa  52.8  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.397979  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2869  putative assembly protein  25.83 
 
 		 604 aa  53.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  30.77 
 
 		 712 aa  52.4  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  31.61 
 
 		 725 aa  52  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1745  hypothetical protein  22.82 
 
 		 482 aa  52  0.00004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  25.65 
 
 		 599 aa  51.6  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>