121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1004 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0892  AsmA  80.95 
 
 		 655 aa  969    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  100 
 
 		 649 aa  1268    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  49.92 
 
 		 640 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  53.69 
 
 		 602 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  46.43 
 
 		 705 aa  577  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.748944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  47.37 
 
 		 649 aa  542  1e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  29.36 
 
 		 599 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  32.78 
 
 		 677 aa  175  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  31.79 
 
 		 1013 aa  170  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  27.76 
 
 		 611 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  30.67 
 
 		 709 aa  137  7.000000000000001e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  25.08 
 
 		 654 aa  137  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4636  AsmA family protein  24.42 
 
 		 648 aa  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86579  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1433  AsmA  25.5 
 
 		 655 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  33.58 
 
 		 675 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3951  AsmA  24.34 
 
 		 649 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  30.97 
 
 		 660 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  30.22 
 
 		 660 aa  120  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  23.81 
 
 		 645 aa  120  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  26.67 
 
 		 893 aa  114  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  23.09 
 
 		 656 aa  110  7.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  23.36 
 
 		 643 aa  109  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  24.84 
 
 		 614 aa  105  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  22.09 
 
 		 606 aa  100  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  22.1 
 
 		 606 aa  99  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  25 
 
 		 719 aa  99.4  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  29.07 
 
 		 604 aa  98.2  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  27.02 
 
 		 712 aa  95.1  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  22.28 
 
 		 611 aa  94.4  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  23.54 
 
 		 612 aa  93.2  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  28.45 
 
 		 699 aa  90.5  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  23.64 
 
 		 703 aa  90.1  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  27.55 
 
 		 656 aa  89  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3762  AsmA family protein  22.73 
 
 		 654 aa  88.6  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  28.08 
 
 		 682 aa  87.4  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  29.15 
 
 		 812 aa  87  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  26.07 
 
 		 608 aa  87  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  22.98 
 
 		 646 aa  87  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  24.61 
 
 		 695 aa  85.5  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  24.75 
 
 		 607 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  24.71 
 
 		 607 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  24.71 
 
 		 606 aa  80.5  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  24.71 
 
 		 607 aa  80.5  0.00000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  24.71 
 
 		 606 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  24.71 
 
 		 606 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  23.81 
 
 		 695 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1291  putative assembly protein  22.61 
 
 		 611 aa  79.3  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  25 
 
 		 640 aa  79.7  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3040  putative assembly protein  21.78 
 
 		 611 aa  77.4  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  26.24 
 
 		 797 aa  76.3  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  28.77 
 
 		 742 aa  75.1  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  30.37 
 
 		 696 aa  74.3  0.000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  26.05 
 
 		 826 aa  73.9  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  21.38 
 
 		 617 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  24.41 
 
 		 614 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  21.38 
 
 		 617 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  26.51 
 
 		 607 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  21.38 
 
 		 617 aa  72  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.352254 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  21.2 
 
 		 617 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  21.2 
 
 		 617 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  21.2 
 
 		 617 aa  70.9  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  18.37 
 
 		 611 aa  70.5  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  21.38 
 
 		 617 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  21.01 
 
 		 617 aa  70.1  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  21.01 
 
 		 617 aa  69.7  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  27.07 
 
 		 732 aa  67.8  0.0000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  21.18 
 
 		 615 aa  60.1  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5855  AsmA family protein  29.49 
 
 		 580 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  25 
 
 		 741 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  23.84 
 
 		 741 aa  59.3  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0924  AsmA family protein  26.46 
 
 		 670 aa  59.7  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4258  AsmA family protein  26.15 
 
 		 791 aa  58.9  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0521449  normal  0.0888136 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3365  AsmA family protein  27.05 
 
 		 655 aa  58.2  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.590521 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  19.76 
 
 		 618 aa  57.8  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  19.76 
 
 		 618 aa  57.8  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  19.76 
 
 		 618 aa  57.8  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2869  putative assembly protein  20.67 
 
 		 604 aa  57.4  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  22.73 
 
 		 750 aa  57.4  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2354  putative assembly protein  20.66 
 
 		 618 aa  57.4  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.827623  normal  0.53573 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0379  AsmA family protein  22.88 
 
 		 630 aa  57.4  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0432846  hitchhiker  0.00179462 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  19.79 
 
 		 502 aa  57.4  0.0000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  19.79 
 
 		 508 aa  57  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2461  putative assembly protein  20.25 
 
 		 618 aa  57  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.45795 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  24.43 
 
 		 741 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2303  putative assembly protein  20.25 
 
 		 618 aa  55.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2247  putative assembly protein  20.25 
 
 		 618 aa  56.2  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  25.09 
 
 		 747 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2347  putative assembly protein  20.25 
 
 		 618 aa  55.1  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  24.24 
 
 		 741 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0411  AsmA family protein  24.02 
 
 		 630 aa  54.7  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0513288  hitchhiker  0.0000211549 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  22.35 
 
 		 750 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2673  AsmA family protein  24.72 
 
 		 762 aa  54.3  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583753  normal  0.123003 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  24.24 
 
 		 745 aa  53.9  0.000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  23.81 
 
 		 701 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4644  AsmA family protein  23.3 
 
 		 649 aa  51.2  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0752121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  24.85 
 
 		 711 aa  50.8  0.00008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  22.62 
 
 		 762 aa  50.8  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  22.61 
 
 		 794 aa  50.4  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0312  AsmA family protein  23.99 
 
 		 748 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2612  AsmA family protein  25.69 
 
 		 1094 aa  50.1  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.74213  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>