230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1648 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1648  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 199 aa  400  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.298566  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2459  transcriptional regulator, TetR family  68.95 
 
 		 198 aa  258  5.0000000000000005e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.285748  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2496  TetR family transcriptional regulator  70.16 
 
 		 198 aa  249  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4064  transcriptional regulator, TetR family  66.48 
 
 		 196 aa  247  8e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.528803  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2770  TetR family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 195 aa  247  9e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3217  TetR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5119  transcriptional regulator, TetR family  41.57 
 
 		 189 aa  132  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.891225  normal  0.419875 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2557  transcriptional regulator, TetR family  42.78 
 
 		 186 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1988  transcriptional regulator, TetR family  41.53 
 
 		 181 aa  124  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0948482  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  39.15 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 194 aa  118  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4437  TetR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 192 aa  118  4.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2446  transcriptional regulator, TetR family  41.03 
 
 		 229 aa  118  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.8444  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6680  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 176 aa  118  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.933684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 196 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2460  transcriptional regulator TetR family  35.48 
 
 		 231 aa  115  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.337543  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1551  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 178 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.826028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1574  TetR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 178 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0329  transcriptional regulator, TetR family  37.78 
 
 		 196 aa  107  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.330162  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05498  putative transcription regulator protein  36.02 
 
 		 197 aa  107  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.806773 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1993  transcriptional regulator, TetR family  34.88 
 
 		 202 aa  106  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00019531  normal  0.0761383 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1452  transcriptional regulator, TetR family  37.43 
 
 		 199 aa  104  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4328  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 196 aa  104  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2868  TetR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 184 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0239599 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3286  transcriptional regulator, TetR family  35.86 
 
 		 192 aa  102  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1050  transcriptional regulator, TetR family  35.84 
 
 		 193 aa  101  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  34.64 
 
 		 194 aa  101  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0327  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 211 aa  101  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1139  TetR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 193 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.564798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2574  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 204 aa  100  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2527  transcriptional regulator, TetR family  34 
 
 		 207 aa  99.8  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2004  transcriptional regulator, TetR family  36.46 
 
 		 193 aa  99.8  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.028996  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3964  regulatory protein, TetR  32.78 
 
 		 174 aa  94.7  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5011  putative transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 		 203 aa  94  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2944  regulatory protein, TetR  35.67 
 
 		 195 aa  92  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0291175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6450  putative transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 188 aa  91.7  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000363867  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  89.4  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3165  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 195 aa  89.4  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.871472  hitchhiker  0.000418088 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4348  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 174 aa  89.4  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6201  transcriptional regulator, TetR family  34.22 
 
 		 189 aa  88.2  8e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0829103  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0423  transcriptional regulator, TetR family  33.14 
 
 		 184 aa  86.7  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.567311  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6198  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 193 aa  86.3  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.533125  normal  0.545762 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0387  regulatory protein TetR  31.35 
 
 		 211 aa  85.5  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.618226  normal  0.0295427 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4153  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 201 aa  84.7  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 266 aa  83.2  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5172  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2145  regulatory protein TetR  35.6 
 
 		 202 aa  81.3  0.000000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3643  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 193 aa  81.6  0.000000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0257  transcriptional regulator, TetR family  30.98 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0523  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 184 aa  80.1  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6690  TetR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5863  transcriptional regulator, TetR family  31.72 
 
 		 186 aa  77.8  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.602897  normal  0.34108 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1559  transcriptional regulator, TetR family  35.44 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.286529  normal  0.011068 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3849  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.782429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3327  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 185 aa  76.3  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal  0.13372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 195 aa  75.9  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2205  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4614  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 222 aa  74.7  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0528  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6635  TetR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2829  regulatory protein TetR  31.77 
 
 		 203 aa  72  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0570  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 188 aa  72  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1469  regulatory protein TetR  31.77 
 
 		 209 aa  72  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.520835 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0435  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 184 aa  71.6  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0034  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0043  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00545933 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0024  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.823038 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4064  regulatory protein TetR  32.7 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3889  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 299 aa  71.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.110513  normal  0.292317 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4514  TetR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 202 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.603185  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2753  transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 197 aa  69.7  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4273  regulatory protein TetR  43.37 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.532743  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1543  TetR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470889 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0142  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0763  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711774 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3736  transcriptional regulator, TetR family  32.89 
 
 		 210 aa  68.2  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10067  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.504189 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2182  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 207 aa  67.4  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2097  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 158 aa  67.4  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.530578  normal  0.137365 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4108  regulatory protein TetR  34.16 
 
 		 189 aa  67  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  27.62 
 
 		 182 aa  67  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2572  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0597  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1133  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.660169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5801  regulatory protein TetR  39.6 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.813515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0927  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 215 aa  64.3  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.468026  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0606  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288267  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0619  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 194 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.594999  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2165  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.289199  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2186  regulatory protein, TetR  31.29 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0403  transcriptional regulator, TetR family  27.96 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472446  normal  0.522596 
 
 
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NC_009953  Sare_2539  TetR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 223 aa  63.2  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.480569  hitchhiker  0.0000324052 
 
 
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NC_013093  Amir_4464  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.129958  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_8507  putative transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 199 aa  62.4  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.899046 
 
 
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NC_009921  Franean1_4122  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 204 aa  62.4  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.937449  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_2443  transcriptional regulator, TetR family  39.24 
 
 		 229 aa  62  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0220439  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_1059  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 217 aa  61.2  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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