More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2944 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2944  regulatory protein, TetR  100 
 
 
195 aa  387  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0291175  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3165  TetR family transcriptional regulator  89.74 
 
 
195 aa  322  3e-87  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.871472  hitchhiker  0.000418088 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6198  transcriptional regulator, TetR family  77.09 
 
 
193 aa  280  1e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.533125  normal  0.545762 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4328  transcriptional regulator, TetR family  70.05 
 
 
196 aa  270  7e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3286  transcriptional regulator, TetR family  66.85 
 
 
192 aa  257  7e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2004  transcriptional regulator, TetR family  68.18 
 
 
193 aa  244  6e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.028996  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4273  regulatory protein TetR  69.1 
 
 
190 aa  231  5e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.532743  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2527  transcriptional regulator, TetR family  53.23 
 
 
207 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2205  transcriptional regulator, TetR family  53.19 
 
 
196 aa  174  8e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4514  TetR family transcriptional regulator  52.11 
 
 
202 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.603185  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2868  TetR family transcriptional regulator  45.51 
 
 
184 aa  149  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0239599 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0034  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
201 aa  134  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0043  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
201 aa  134  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00545933 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0024  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
201 aa  134  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.823038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  43.55 
 
 
209 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4437  TetR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
192 aa  128  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0927  TetR family transcriptional regulator  47.4 
 
 
215 aa  126  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.468026  normal  0.980038 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  39.89 
 
 
194 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2097  TetR family transcriptional regulator  50.7 
 
 
158 aa  123  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.530578  normal  0.137365 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1452  transcriptional regulator, TetR family  40.62 
 
 
199 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2557  transcriptional regulator, TetR family  43.75 
 
 
186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  38.5 
 
 
196 aa  117  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_003296  RS05498  putative transcription regulator protein  40.76 
 
 
197 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.806773 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
194 aa  116  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1050  transcriptional regulator, TetR family  41.24 
 
 
193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5119  transcriptional regulator, TetR family  40.22 
 
 
189 aa  112  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.891225  normal  0.419875 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2460  transcriptional regulator TetR family  36.81 
 
 
231 aa  108  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.337543  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0327  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 
211 aa  107  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0329  transcriptional regulator, TetR family  42.02 
 
 
196 aa  105  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.330162  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1139  TetR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
193 aa  105  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.564798  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1648  transcriptional regulator, TetR family  35.75 
 
 
199 aa  99.4  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.298566  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
201 aa  98.2  7e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6450  putative transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 
188 aa  94.7  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000363867  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5801  regulatory protein TetR  40.11 
 
 
190 aa  93.6  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.813515  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5863  transcriptional regulator, TetR family  38.59 
 
 
186 aa  90.1  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.602897  normal  0.34108 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4782  transcriptional regulator, TetR family  34.17 
 
 
205 aa  89.4  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.682663 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5011  putative transcriptional regulator, TetR family  38.86 
 
 
203 aa  88.6  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
195 aa  87.8  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4064  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 
196 aa  87.8  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.528803  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4464  transcriptional regulator, TetR family  38.38 
 
 
188 aa  87.8  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.129958  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5172  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
188 aa  87.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2574  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 
204 aa  87.4  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7965  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 
192 aa  87  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1988  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 
181 aa  86.3  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0948482  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1993  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 
202 aa  86.3  3e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00019531  normal  0.0761383 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4348  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
174 aa  86.3  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2446  transcriptional regulator, TetR family  36.65 
 
 
229 aa  85.1  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.8444  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3217  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
207 aa  85.1  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2770  TetR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
195 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6680  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 
176 aa  84.7  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.933684  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  35.68 
 
 
217 aa  85.1  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4064  regulatory protein TetR  37.14 
 
 
190 aa  84.7  8e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1551  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
178 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.826028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1574  TetR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
178 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3889  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 
299 aa  83.6  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.110513  normal  0.292317 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3643  TetR family transcriptional regulator  36.57 
 
 
193 aa  82.8  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.259475 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2459  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
198 aa  82.8  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.285748  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8507  putative transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 
199 aa  82  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1574  TetR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
195 aa  82  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6635  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
214 aa  81.6  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 
199 aa  81.3  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2496  TetR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
198 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3964  regulatory protein, TetR  34.78 
 
 
174 aa  80.1  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0142  TetR family transcriptional regulator  43.38 
 
 
184 aa  79.3  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2753  transcriptional regulator, TetR family  34.21 
 
 
197 aa  79.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.920315  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4153  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
201 aa  79.3  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2402  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 
259 aa  78.2  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0404395  hitchhiker  0.00830545 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1059  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
217 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0570  transcriptional regulator, TetR family  35.6 
 
 
188 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0523  TetR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0403  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472446  normal  0.522596 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1469  regulatory protein TetR  36.82 
 
 
209 aa  75.1  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.520835 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4823  transcriptional regulator, TetR family  35.52 
 
 
219 aa  75.1  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  34.18 
 
 
266 aa  75.1  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6123  transcriptional regulator, TetR family  38.42 
 
 
232 aa  73.6  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.417481  normal  0.0113351 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
184 aa  73.2  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2572  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 
208 aa  73.2  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2182  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
207 aa  72.4  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0946  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
223 aa  71.6  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.123031  normal  0.934208 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2145  regulatory protein TetR  33.67 
 
 
202 aa  71.6  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0256  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 
227 aa  71.2  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.968825 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0528  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
192 aa  71.2  0.000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6690  TetR family transcriptional regulator  41 
 
 
250 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5586  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
191 aa  70.5  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6201  transcriptional regulator, TetR family  34.24 
 
 
189 aa  70.9  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0829103  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3302  transcriptional regulator, TetR family  36.31 
 
 
220 aa  70.1  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0423  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
184 aa  68.6  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.567311  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0597  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
194 aa  68.6  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2714  transcriptional regulator, TetR family  46.07 
 
 
183 aa  68.6  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000526113  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1543  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
236 aa  68.2  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470889 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  27.27 
 
 
251 aa  68.2  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4423  regulatory protein TetR  31.05 
 
 
223 aa  67.4  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310024  normal  0.345836 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4614  transcriptional regulator, TetR family  34.39 
 
 
222 aa  67.4  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0606  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
194 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288267  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3012  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 
219 aa  67.4  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0619  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 
194 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.594999  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1060  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
227 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4278  transcriptional regulator, TetR family  41.11 
 
 
199 aa  67.4  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0257  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 
188 aa  67  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4122  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.937449  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>