More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0186 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0186  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 397 aa  818    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3674  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  65.28 
 
 		 404 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3409  extracellular solute-binding protein  65.03 
 
 		 404 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.280364  normal  0.614723 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5698  extracellular solute-binding protein family 1  31.81 
 
 		 412 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145305  normal  0.141272 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  31.79 
 
 		 425 aa  162  9e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  28.54 
 
 		 419 aa  136  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.54 
 
 		 438 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2420  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 420 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.228974 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  29.28 
 
 		 436 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5852  extracellular solute-binding protein family 1  25.93 
 
 		 419 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.98 
 
 		 407 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6765  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 		 419 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  28.85 
 
 		 411 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  27.25 
 
 		 410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  27.25 
 
 		 410 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3553  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 419 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 424 aa  104  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  30.42 
 
 		 422 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 411 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  27.88 
 
 		 411 aa  101  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 427 aa  97.1  5e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0473  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 420 aa  97.1  6e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 444 aa  96.7  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  29.01 
 
 		 427 aa  95.1  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.91 
 
 		 366 aa  95.1  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  28.95 
 
 		 414 aa  93.2  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.2 
 
 		 410 aa  92  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.93 
 
 		 422 aa  90.9  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4488  extracellular solute-binding protein family 1  31.22 
 
 		 434 aa  90.9  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.395657  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3430  extracellular solute-binding protein family 1  26.96 
 
 		 415 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.93 
 
 		 422 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  24.15 
 
 		 450 aa  89.7  8e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5074  extracellular solute-binding protein family 1  28.77 
 
 		 447 aa  89  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 422 aa  89  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  27.68 
 
 		 410 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 		 424 aa  87  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.34 
 
 		 406 aa  86.7  7e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0298  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 486 aa  86.7  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  26.02 
 
 		 434 aa  86.3  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  27.02 
 
 		 428 aa  85.5  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 		 437 aa  85.1  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5349  extracellular solute-binding protein family 1  30.49 
 
 		 406 aa  84.3  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.535832 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 429 aa  84  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  26.16 
 
 		 446 aa  83.2  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 466 aa  83.2  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  27.34 
 
 		 410 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 459 aa  83.2  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5097  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 		 444 aa  82.4  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.59554 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  28.29 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  32.46 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 421 aa  80.1  0.00000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  29.12 
 
 		 426 aa  80.1  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1655  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 		 425 aa  79.7  0.00000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186521  normal  0.186231 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.92 
 
 		 420 aa  79.7  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  28.75 
 
 		 504 aa  79  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0955  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 		 437 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.152307 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  25.84 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 		 410 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  29.07 
 
 		 442 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3450  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 436 aa  76.6  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3779  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 430 aa  76.3  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.292836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  26.4 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  23.61 
 
 		 433 aa  75.9  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 459 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  22.63 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3246  extracellular solute-binding protein family 1  30.77 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00178427  normal  0.716937 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3042  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 406 aa  73.9  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0658677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 414 aa  73.9  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  24.88 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.98 
 
 		 438 aa  72.4  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  25.75 
 
 		 420 aa  72.8  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 420 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 420 aa  72  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3712  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 		 421 aa  72  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.411366 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4863  extracellular solute-binding protein family 1  22.46 
 
 		 492 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.426159 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  26.33 
 
 		 420 aa  72  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3567  ABC transporter substrate binding protein (sorbitol)  27.36 
 
 		 439 aa  71.2  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0061  extracellular solute-binding protein family 1  26.04 
 
 		 462 aa  71.2  0.00000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  24.33 
 
 		 435 aa  70.5  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0490  extracellular solute-binding protein  30.46 
 
 		 440 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000283806  hitchhiker  0.00214005 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2819  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 		 461 aa  70.5  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.491227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  22.74 
 
 		 430 aa  70.1  0.00000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4241  extracellular solute-binding protein family 1  30.53 
 
 		 422 aa  70.5  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3669  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 		 492 aa  70.1  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1371  extracellular solute-binding protein family 1  26.21 
 
 		 438 aa  70.1  0.00000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  22.74 
 
 		 430 aa  70.1  0.00000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0720  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.58 
 
 		 440 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000000241977  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3752  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 		 436 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561914  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2588  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 		 419 aa  69.3  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000485668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  22.97 
 
 		 430 aa  69.3  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4621  extracellular solute-binding protein family 1  28.2 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4181  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 		 435 aa  68.6  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000770865  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 432 aa  68.6  0.0000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>