More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2420 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_6765  extracellular solute-binding protein family 1  79 
 
 		 419 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5852  extracellular solute-binding protein family 1  79.71 
 
 		 419 aa  702    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0354  extracellular solute-binding protein  82.58 
 
 		 419 aa  730    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188589  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2420  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 420 aa  856    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.228974 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3553  extracellular solute-binding protein  57.18 
 
 		 419 aa  514  1e-144  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0473  extracellular solute-binding protein  33.25 
 
 		 420 aa  220  5e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  29.09 
 
 		 436 aa  168  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  27.68 
 
 		 425 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.64 
 
 		 438 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  27.84 
 
 		 440 aa  121  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 		 426 aa  117  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3674  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  26.57 
 
 		 404 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  29.3 
 
 		 424 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3409  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 404 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.280364  normal  0.614723 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 399 aa  110  6e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 427 aa  110  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 		 446 aa  109  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 411 aa  109  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  24.47 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0186  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 397 aa  106  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  28.99 
 
 		 459 aa  103  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  27.01 
 
 		 421 aa  103  6e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 432 aa  102  9e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5698  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 		 412 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145305  normal  0.141272 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 432 aa  102  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.36 
 
 		 411 aa  99.4  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  27.94 
 
 		 431 aa  98.2  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.23 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 411 aa  97.8  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2553  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 		 432 aa  97.4  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.964139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 410 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 		 415 aa  97.1  6e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02930  carbohydrate-binding protein  25.38 
 
 		 426 aa  96.3  9e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  24.66 
 
 		 434 aa  93.6  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.52 
 
 		 426 aa  92.8  9e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.61 
 
 		 438 aa  92.8  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  24.5 
 
 		 410 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1170  extracellular solute-binding protein family 1  28.29 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.441465  normal  0.43389 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.5 
 
 		 410 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  24.61 
 
 		 428 aa  89.7  8e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1118  extracellular solute-binding protein family 1  27.45 
 
 		 400 aa  88.6  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000000704817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.8 
 
 		 407 aa  87.4  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0298  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 486 aa  87  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  24.73 
 
 		 414 aa  86.7  7e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5213  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.506772 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 435 aa  86.3  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  27.13 
 
 		 416 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  22 
 
 		 424 aa  84.7  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5476  extracellular solute-binding protein family 1  22.99 
 
 		 415 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.487316 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4213  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 		 426 aa  83.6  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.215316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 		 420 aa  83.2  0.000000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4174  extracellular solute-binding protein family 1  24.69 
 
 		 426 aa  83.6  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 		 420 aa  83.2  0.000000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2726  extracellular solute-binding protein  22.95 
 
 		 437 aa  82.4  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.290956  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  23.63 
 
 		 410 aa  82.8  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2305  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 459 aa  82.4  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  23.63 
 
 		 410 aa  82.8  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 		 421 aa  82.8  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0192  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.53 
 
 		 463 aa  82.8  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.245721  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  27.46 
 
 		 455 aa  82  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 		 412 aa  81.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5074  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 		 447 aa  80.1  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4566  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 		 453 aa  79  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 		 420 aa  79  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.15 
 
 		 419 aa  78.6  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  23.32 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2014  extracellular solute-binding protein family 1  26.61 
 
 		 455 aa  77.4  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.383085  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0501  extracellular solute-binding protein family 1  23.71 
 
 		 433 aa  77  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000488029  hitchhiker  0.0000184856 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  23.24 
 
 		 412 aa  77  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3042  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0658677  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  23.82 
 
 		 425 aa  77  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00380  extracellular solute-binding protein family 1  25.62 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 423 aa  76.6  0.0000000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0063  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 475 aa  76.3  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  22.95 
 
 		 407 aa  75.1  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0910  extracellular solute-binding protein family 1  25.09 
 
 		 466 aa  75.5  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.764586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  29 
 
 		 429 aa  75.5  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 412 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 		 442 aa  75.5  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3982  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  26.92 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  26.92 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6090  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 		 425 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0795  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 		 460 aa  74.7  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.215252  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 445 aa  74.7  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2714  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 419 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.182746  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 439 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1604  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 439 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 		 433 aa  74.3  0.000000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>