More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3034 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3034  diguanylate cyclase  100 
 
 		 522 aa  1076    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 557 aa  238  1e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 555 aa  224  3e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1071  membrane associated GGDEF protein  29.76 
 
 		 525 aa  204  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  28.81 
 
 		 539 aa  186  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 		 1139 aa  158  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000299101 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 		 638 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3778  response regulator  33.46 
 
 		 629 aa  140  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  29.45 
 
 		 1187 aa  138  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1945  putative PAS/PAC sensor protein  31.18 
 
 		 676 aa  139  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 565 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  28.06 
 
 		 603 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1667  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 652 aa  124  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.976342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  29.88 
 
 		 632 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 		 632 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 492 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4389  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 594 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.162634 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 		 632 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1361  diguanylate cyclase  27.5 
 
 		 598 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0181036 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  35.06 
 
 		 632 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 492 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 632 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3925  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 594 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  27.46 
 
 		 477 aa  116  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  30 
 
 		 492 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 492 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 492 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.12 
 
 		 550 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 		 675 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1756  PAS sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 		 718 aa  110  6e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.977279  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  29.1 
 
 		 634 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 780 aa  109  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.23 
 
 		 792 aa  107  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 308 aa  106  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  36 
 
 		 565 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  30.57 
 
 		 612 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 495 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  36.31 
 
 		 578 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.31 
 
 		 947 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.059115  hitchhiker  0.000153402 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.82 
 
 		 1289 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  33.82 
 
 		 477 aa  105  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1715  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.65 
 
 		 749 aa  104  4e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 414 aa  103  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  27.19 
 
 		 527 aa  103  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 505 aa  103  8e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 505 aa  103  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 738 aa  103  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.54 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 492 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  32.14 
 
 		 609 aa  102  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.02 
 
 		 867 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  32.14 
 
 		 709 aa  102  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 479 aa  102  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 539 aa  102  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 569 aa  102  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1227  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.67 
 
 		 434 aa  102  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  33.54 
 
 		 459 aa  102  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.58 
 
 		 1027 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  37.58 
 
 		 516 aa  101  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.79 
 
 		 689 aa  101  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.2 
 
 		 797 aa  100  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  27.17 
 
 		 492 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 345 aa  100  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  27.18 
 
 		 521 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 471 aa  100  6e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  28.98 
 
 		 388 aa  100  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 227 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  27.18 
 
 		 521 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.39 
 
 		 494 aa  100  6e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 464 aa  100  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 388 aa  100  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  35.19 
 
 		 1076 aa  100  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  34.59 
 
 		 457 aa  100  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 510 aa  100  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 329 aa  100  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 532 aa  100  9e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 398 aa  100  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 510 aa  100  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 		 320 aa  99.4  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.52 
 
 		 727 aa  99.8  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 510 aa  99.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.41 
 
 		 935 aa  99.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0882428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.58 
 
 		 1353 aa  99.8  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.58 
 
 		 505 aa  99.8  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  34.09 
 
 		 792 aa  99  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 343 aa  99  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.93 
 
 		 568 aa  99  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.43 
 
 		 781 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.47 
 
 		 730 aa  98.6  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.43603  normal  0.0272546 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 578 aa  98.6  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 490 aa  99.4  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.9 
 
 		 771 aa  98.6  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 493 aa  99  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.76 
 
 		 1212 aa  98.2  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 521 aa  98.6  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 665 aa  98.6  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2165  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 333 aa  98.2  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000162389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>