More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2364 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2364  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.461872  normal  0.284664 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1964  transcriptional regulator, LuxR family  96.39 
 
 
194 aa  387  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.666792  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4354  Lux R family regulator  51.56 
 
 
283 aa  174  8e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.688744 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  48.6 
 
 
449 aa  99  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43 
 
 
475 aa  92.8  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3376  GGDEF domain-containing protein  42 
 
 
480 aa  92  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.91 
 
 
292 aa  89.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3481  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
488 aa  87.8  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3406  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40 
 
 
493 aa  87.8  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3604  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
498 aa  87.8  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.352008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 
480 aa  87  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.339991  normal  0.187596 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0929  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 
464 aa  87.4  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.240329 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0881  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
498 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1055  sensory box protein  35 
 
 
462 aa  86.7  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.35 
 
 
482 aa  86.3  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.06 
 
 
287 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102142  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1721  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.37 
 
 
294 aa  81.3  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3158  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 
287 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 
287 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0898299 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.89 
 
 
1807 aa  80.1  0.00000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.58 
 
 
695 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 
1057 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1985  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.19 
 
 
650 aa  71.2  0.000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1260  LuxR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.86 
 
 
1089 aa  67  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.08 
 
 
1143 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.08 
 
 
1143 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
944 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 
730 aa  66.2  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 
1076 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3679  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.51 
 
 
979 aa  65.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.138825  normal  0.0339746 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4925  sensory box sensor histidine kinase  29.59 
 
 
614 aa  63.2  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
810 aa  62.8  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000530681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 
1022 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  37.23 
 
 
1065 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2789  sensory box histidine kinase  37.31 
 
 
770 aa  61.2  0.000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.3 
 
 
957 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
774 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 
1065 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 
1309 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37.37 
 
 
715 aa  59.7  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3769  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.78 
 
 
710 aa  58.9  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.312808  normal  0.729669 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 
943 aa  58.5  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  36.71 
 
 
1253 aa  58.5  0.00000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  39.47 
 
 
653 aa  58.2  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 
1330 aa  57.8  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.173382  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.83 
 
 
1193 aa  56.6  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
1381 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1998  ATP-binding region, ATPase-like protein  30 
 
 
856 aa  57  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
941 aa  57  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 
377 aa  56.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0672592 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 
581 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1892  LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 
266 aa  55.8  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 
681 aa  55.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
939 aa  55.5  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3221  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
261 aa  55.5  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 
977 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 
1224 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.41 
 
 
751 aa  54.7  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  38.89 
 
 
796 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  32.04 
 
 
655 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1829  GGDEF domain-containing protein  32.35 
 
 
344 aa  54.3  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.73 
 
 
936 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5043  PAS  36.96 
 
 
855 aa  53.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.563138  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  36.84 
 
 
653 aa  53.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1728  putative PAS/PAC sensor protein  30.97 
 
 
1171 aa  53.1  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00367624  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  36.59 
 
 
695 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  34.26 
 
 
754 aa  52.8  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  37.5 
 
 
793 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  35.37 
 
 
695 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3853  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 
591 aa  52.4  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.73 
 
 
922 aa  52.4  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.69 
 
 
572 aa  52.4  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
902 aa  52  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 
698 aa  52  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  32.04 
 
 
692 aa  52  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1989  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.91 
 
 
1195 aa  51.6  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
492 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.04 
 
 
573 aa  51.2  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0414  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.91 
 
 
581 aa  51.2  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.03 
 
 
827 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.83 
 
 
818 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.36 
 
 
706 aa  50.8  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0318  putative PAS/PAC sensor protein  36.49 
 
 
590 aa  50.8  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.375606  normal  0.106516 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1102  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
364 aa  50.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4137  signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
912 aa  50.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1175  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
821 aa  50.4  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0725739 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 
727 aa  50.1  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3110  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.76 
 
 
347 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00186939  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0793  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
871 aa  50.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.02 
 
 
725 aa  50.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
1406 aa  49.3  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845277 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
946 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 
916 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_002936  DET0301  sensory box sensor histidine kinase  36.99 
 
 
426 aa  49.3  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5389  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 
762 aa  49.3  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  25.69 
 
 
602 aa  49.3  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
1741 aa  48.9  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.77 
 
 
1106 aa  48.9  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.02 
 
 
1103 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>