163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3221 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3221  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 261 aa  534  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1892  LuxR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 266 aa  348  6e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1260  LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1723  LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 293 aa  104  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620494 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1964  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 194 aa  55.5  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.666792  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2364  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 194 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.461872  normal  0.284664 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  24.4 
 
 		 279 aa  53.1  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3574  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 301 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0249095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  29.61 
 
 		 496 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3692  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 300 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.170876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 349 aa  51.2  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3383  response regulator receiver  47.27 
 
 		 300 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23080  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  48.39 
 
 		 545 aa  50.8  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.865531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1731  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 361 aa  50.8  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 305 aa  50.8  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 514 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 309 aa  50.1  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.426964 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 510 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 496 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 510 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 510 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0671  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 333 aa  50.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 496 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 275 aa  49.7  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4238  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 356 aa  49.7  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  49.3  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  52.08 
 
 		 309 aa  48.9  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.08 
 
 		 308 aa  49.3  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2880  transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 905 aa  48.9  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0349194  hitchhiker  0.00245203 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 309 aa  48.9  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1389  transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 		 320 aa  48.9  0.00009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 514 aa  48.9  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5553  transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 373 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5475  regulatory protein, LuxR  46.43 
 
 		 911 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450601  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 514 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3524  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 353 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.428998 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3504  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50 
 
 		 196 aa  48.5  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 274 aa  47.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0979  response regulator receiver protein  40.68 
 
 		 336 aa  47.4  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0606  transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 506 aa  47.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.290399 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 230 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 196 aa  47.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5514  two component LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 305 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.211273 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03553  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system wtih UhpB  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03495  hypothetical protein  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3321  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 		 305 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 		 306 aa  47  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0591  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 301 aa  47  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477799  hitchhiker  0.00469436 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  39.34 
 
 		 196 aa  47.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4178  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4250  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  39.34 
 
 		 196 aa  47.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0030  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  47  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1445  two component LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 308 aa  46.6  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.446624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  48.08 
 
 		 196 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1009  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 74 aa  46.6  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000248163  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3066  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 		 305 aa  46.6  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0317  LuxR family DNA-binding response regulator  40.3 
 
 		 250 aa  46.2  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0309445  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3199  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 262 aa  46.2  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0915  two component LuxR family transcriptional regulator  55.1 
 
 		 202 aa  46.2  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000299753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2626  two component LuxR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 207 aa  45.8  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.390788  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15290  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 325 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0074929  hitchhiker  0.0000000000000265262 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3397  two component LuxR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 328 aa  45.8  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  44 
 
 		 217 aa  45.8  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  23.26 
 
 		 284 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1345  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 325 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 947 aa  45.4  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0123  transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 492 aa  45.4  0.0009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.891774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 217 aa  45.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  43.75 
 
 		 861 aa  45.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1021  transcriptional regulator, LuxR family  43.28 
 
 		 347 aa  45.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 219 aa  45.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3760  response regulator receiver protein  42.03 
 
 		 245 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.358522  normal  0.345814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 222 aa  43.9  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3147  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 302 aa  44.3  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235206  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 243 aa  44.3  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  43.4 
 
 		 500 aa  44.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1234  LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 856 aa  44.3  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2775  transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 481 aa  44.3  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.257993  normal  0.934511 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4179  response regulator receiver protein  46 
 
 		 309 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15819 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 497 aa  43.9  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 220 aa  44.3  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3342  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 461 aa  44.3  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.7323  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 904 aa  43.9  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  45.1 
 
 		 500 aa  44.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 210 aa  43.9  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1161  LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  43.5  0.003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.675286  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4133  two component LuxR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 240 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0902  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 208 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.154451  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 227 aa  43.5  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0913  LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  43.5  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>