121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4871 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3305  outer membrane insertion C-terminal signal  59.05 
 
 		 730 aa  813    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.256474  normal  0.926334 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4871  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 757 aa  1536    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.782925  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0900  TonB-dependent siderophore receptor  48.95 
 
 		 781 aa  619  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0456364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4595  TonB-dependent receptor  48.05 
 
 		 781 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1456  TonB-dependent receptor  42.13 
 
 		 766 aa  556  1e-157  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.271102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0522  TonB-dependent receptor  44.1 
 
 		 727 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.569695 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0509  TonB-dependent receptor  43.95 
 
 		 743 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.368087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4373  TonB-dependent receptor  43.93 
 
 		 730 aa  548  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116704 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02552  TonB-dependent outer membrane Receptor  44.93 
 
 		 707 aa  548  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235872  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0783  TonB-dependent receptor  44.99 
 
 		 708 aa  548  1e-154  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.285032  normal  0.0256294 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0595  putative outer membrane receptor signal peptide protein  42.38 
 
 		 729 aa  511  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.426057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1991  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 749 aa  77.4  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0959  TonB-dependent receptor  46.74 
 
 		 110 aa  68.9  0.0000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000367302  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  24.67 
 
 		 639 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 705 aa  67  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1266  TonB-dependent iron complex outermembrane receptor protein  32.81 
 
 		 673 aa  65.1  0.000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2666  putative outer membrane receptor  23.14 
 
 		 665 aa  63.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1541  putative outer membrane receptor  23.14 
 
 		 665 aa  63.5  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2748  putative outer membrane receptor  23.14 
 
 		 665 aa  63.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0784  TonB-dependent siderophore receptor, putative  23.93 
 
 		 656 aa  61.2  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  23.49 
 
 		 663 aa  59.3  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1415  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 871 aa  58.9  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810305  normal  0.0488884 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  23.43 
 
 		 663 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 893 aa  58.2  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  23.43 
 
 		 663 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  23.43 
 
 		 663 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  23.43 
 
 		 659 aa  58.2  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3929  enterobactin receptor protein  26.22 
 
 		 663 aa  57.8  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.881798 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  23.19 
 
 		 641 aa  57.4  0.0000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  23.19 
 
 		 663 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2751  TonB domain-containing protein  24.78 
 
 		 641 aa  57  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421886  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  23.19 
 
 		 663 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3220  putative outer membrane receptor  27.33 
 
 		 665 aa  57.4  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  24.02 
 
 		 656 aa  55.8  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  26.44 
 
 		 728 aa  55.8  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2398  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 966 aa  55.8  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  25.23 
 
 		 697 aa  55.1  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  26.56 
 
 		 650 aa  53.9  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  25.33 
 
 		 663 aa  52.8  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1358  TonB-dependent receptor, plug  24.06 
 
 		 626 aa  53.1  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00131062  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  26.23 
 
 		 666 aa  53.1  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 743 aa  52.8  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1980  TonB family protein  23.76 
 
 		 859 aa  52.4  0.00003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.163466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1811  diaminopimelate epimerase (DAP epimerase)  24.03 
 
 		 330 aa  52.8  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  25.33 
 
 		 666 aa  52.4  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  22.74 
 
 		 650 aa  52.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  22.74 
 
 		 650 aa  52.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  25 
 
 		 807 aa  52  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 738 aa  52  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  25.33 
 
 		 666 aa  52  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  25.33 
 
 		 666 aa  52  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  25.33 
 
 		 666 aa  52  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3795  TonB-dependent receptor  22.48 
 
 		 740 aa  52  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837422  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  25.78 
 
 		 650 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  22.74 
 
 		 650 aa  52  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  21.31 
 
 		 681 aa  51.6  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 897 aa  51.6  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 719 aa  50.8  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4749  TonB-dependent receptor plug  21.15 
 
 		 806 aa  50.8  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.782569  normal  0.236895 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1659  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 714 aa  50.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000365717  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6408  TonB-dependent receptor  21.46 
 
 		 772 aa  50.4  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1631  TonB-dependent receptor, plug  25.6 
 
 		 739 aa  49.7  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1055  TonB-dependent siderophore receptor  25.77 
 
 		 720 aa  48.9  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06685  hypothetical protein  28.84 
 
 		 821 aa  48.5  0.0004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.048704  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2944  TonB-dependent siderophore receptor  24.39 
 
 		 733 aa  48.5  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  22.27 
 
 		 828 aa  48.9  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  25.75 
 
 		 646 aa  48.5  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 777 aa  48.1  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  25.86 
 
 		 737 aa  48.1  0.0006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1006  TonB-dependent receptor  32.43 
 
 		 426 aa  48.1  0.0007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.711145  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1648  ferric receptor CfrA  24.69 
 
 		 696 aa  47.8  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1522  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0267  TonB-dependent siderophore receptor  22.87 
 
 		 689 aa  47.8  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0216741 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2053  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 719 aa  47.8  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0293  TonB-dependent siderophore receptor  26.46 
 
 		 698 aa  47.4  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4371  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 874 aa  47  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000169571  normal  0.0339201 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3271  outer membrane heme receptor  24.93 
 
 		 728 aa  47.4  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403034  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 742 aa  47.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 742 aa  47.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0401  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 993 aa  47  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00163541  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4698  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 893 aa  47.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.644067 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1269  TonB-dependent receptor  20.59 
 
 		 710 aa  46.2  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  22.27 
 
 		 712 aa  46.2  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0978  TonB-dependent receptor plug  23.81 
 
 		 753 aa  46.6  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.103139  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0283  TonB-dependent siderophore receptor  26.8 
 
 		 689 aa  46.6  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2122  TonB-dependent siderophore receptor  26.07 
 
 		 726 aa  46.6  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.892393  normal  0.0378186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2076  TonB-dependent siderophore receptor  31.67 
 
 		 743 aa  46.6  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  28.16 
 
 		 633 aa  45.8  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1912  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 		 969 aa  45.8  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  29.6 
 
 		 735 aa  45.8  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3850  TonB-dependent receptor  38.71 
 
 		 671 aa  45.8  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.302325  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0988  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 		 806 aa  45.8  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124203 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0837  TonB-dependent siderophore receptor  32.05 
 
 		 759 aa  45.4  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213171  normal  0.109269 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1596  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 		 366 aa  45.4  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626047 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2046  TonB-dependent receptor  22.44 
 
 		 713 aa  45.4  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183904 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2399  TonB-dependent siderophore receptor  25.64 
 
 		 726 aa  45.4  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 800 aa  45.4  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01107  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 		 871 aa  45.4  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0244435  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  24.15 
 
 		 671 aa  45.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6730  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 733 aa  45.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.23656 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 715 aa  45.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>