274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0022 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0022  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
229 aa  461  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3266  CRP/FNR family transcriptional regulator  81.59 
 
 
222 aa  341  5e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0203  Crp/FNR family transcriptional regulator  57.89 
 
 
247 aa  224  1e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270076 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1459  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50 
 
 
228 aa  191  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.351279  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3649  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  48.18 
 
 
222 aa  176  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.111908  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3202  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.34 
 
 
220 aa  148  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000322643  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1245  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
216 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61444  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0120  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.32 
 
 
231 aa  138  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0119  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.32 
 
 
220 aa  138  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.701779  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1360  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.91 
 
 
223 aa  138  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2521  transcriptional regulator  37.23 
 
 
225 aa  126  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0399516 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1260  Crp/Fnr family transcriptional regulator  38.69 
 
 
230 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3690  cyclic nucleotide-binding protein  34.91 
 
 
224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142322  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2052  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
213 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4303  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
224 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.50399  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3643  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.621489  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1158  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.69 
 
 
224 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.1478 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2104  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.28 
 
 
229 aa  115  7.999999999999999e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4775  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
224 aa  105  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1280  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.67 
 
 
223 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1844  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
240 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128261  normal  0.368407 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1507  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 
227 aa  102  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00368382  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1573  Crp family transcriptional regulator  34.27 
 
 
283 aa  101  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2963  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
218 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1610  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
218 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.503286  normal  0.0459235 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11833  transcriptional regulator, Crp family protein  27.92 
 
 
208 aa  94.4  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0740  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.87 
 
 
224 aa  94.4  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.194826  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4871  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 
208 aa  91.7  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0245964  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0428  Crp family transcriptional regulator  27.32 
 
 
201 aa  89.7  3e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2978  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
235 aa  88.2  8e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6930  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 
211 aa  82  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0784  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.81 
 
 
201 aa  81.3  0.00000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.706158  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12618  transcriptional regulator, Crp family protein  26.7 
 
 
210 aa  80.9  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6174  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.22 
 
 
212 aa  81.3  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0780  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
231 aa  76.3  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.390237  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.95 
 
 
225 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
222 aa  70.5  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2609  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.76 
 
 
212 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.111906 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.65 
 
 
224 aa  69.3  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.77 
 
 
222 aa  69.3  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2528  putative transcriptional regulator  29.26 
 
 
251 aa  68.9  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.96 
 
 
229 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  25.82 
 
 
243 aa  68.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
218 aa  67  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.03 
 
 
219 aa  67  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
225 aa  66.6  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.32 
 
 
224 aa  65.5  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
248 aa  65.1  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  26.63 
 
 
224 aa  65.1  0.0000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.53 
 
 
227 aa  64.3  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.59 
 
 
232 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.57 
 
 
226 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 
226 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.49 
 
 
227 aa  62.8  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  25.59 
 
 
218 aa  62  0.000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.41 
 
 
224 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
234 aa  60.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.67 
 
 
228 aa  61.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 
223 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
229 aa  60.8  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.11 
 
 
227 aa  60.8  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  27.32 
 
 
224 aa  60.8  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 
225 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.46 
 
 
236 aa  60.1  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  27.51 
 
 
225 aa  60.1  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  27.72 
 
 
267 aa  60.1  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
218 aa  59.7  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
228 aa  59.7  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.83 
 
 
224 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
233 aa  58.9  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
233 aa  58.9  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  26.44 
 
 
224 aa  58.5  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  26.4 
 
 
221 aa  57.8  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.28 
 
 
226 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.68 
 
 
232 aa  58.2  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.04 
 
 
228 aa  57.8  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  26.92 
 
 
214 aa  57  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.79 
 
 
226 aa  57  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  27.72 
 
 
225 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0291  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
227 aa  56.6  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277011  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.97 
 
 
243 aa  56.2  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
241 aa  55.5  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
226 aa  55.5  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.37 
 
 
225 aa  55.5  0.0000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.77 
 
 
224 aa  55.1  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.98 
 
 
236 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  26 
 
 
231 aa  54.7  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.44 
 
 
224 aa  55.1  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  24.52 
 
 
224 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.26 
 
 
228 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.29 
 
 
231 aa  54.3  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.5 
 
 
231 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.14 
 
 
231 aa  53.9  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.82 
 
 
225 aa  54.3  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  27.68 
 
 
239 aa  53.9  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
229 aa  54.3  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.5 
 
 
231 aa  54.3  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.74 
 
 
225 aa  53.5  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>