296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_1507 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_1507  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
227 aa  462  1e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00368382  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1245  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
216 aa  126  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61444  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3649  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.33 
 
 
222 aa  125  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.111908  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1360  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.79 
 
 
223 aa  120  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3690  cyclic nucleotide-binding protein  34.09 
 
 
224 aa  118  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.142322  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2521  transcriptional regulator  40.2 
 
 
225 aa  117  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0399516 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0119  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.7 
 
 
220 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.701779  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0120  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.7 
 
 
231 aa  116  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1459  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.351279  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3643  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
221 aa  109  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.621489  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3266  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
222 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4871  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
208 aa  107  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0245964  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0203  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
247 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.270076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2978  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
235 aa  104  9e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0740  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
224 aa  103  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.194826  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3202  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
220 aa  104  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000322643  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0022  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
229 aa  102  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2104  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.51 
 
 
229 aa  102  7e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1260  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.6 
 
 
230 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.611189 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2052  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
213 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4775  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
224 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4303  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 
224 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.50399  normal  0.0335378 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11833  transcriptional regulator, Crp family protein  32.22 
 
 
208 aa  97.1  2e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1844  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
240 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128261  normal  0.368407 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1158  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
224 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.1478 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2963  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
218 aa  89.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1610  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
218 aa  89.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.503286  normal  0.0459235 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0428  Crp family transcriptional regulator  26.96 
 
 
201 aa  89.4  4e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1280  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.29 
 
 
223 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1573  Crp family transcriptional regulator  27.75 
 
 
283 aa  85.5  7e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2609  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.84 
 
 
212 aa  83.6  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.111906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6174  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.77 
 
 
212 aa  80.5  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
222 aa  79  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12618  transcriptional regulator, Crp family protein  23.56 
 
 
210 aa  77.8  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0784  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.49 
 
 
201 aa  75.5  0.0000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.706158  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
227 aa  74.7  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6930  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.24 
 
 
211 aa  71.6  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
223 aa  71.2  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.63 
 
 
223 aa  69.3  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
225 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  26.6 
 
 
222 aa  63.9  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.66 
 
 
225 aa  63.2  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
224 aa  62  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.66 
 
 
223 aa  61.2  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.9 
 
 
229 aa  60.1  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.37 
 
 
222 aa  60.8  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.88 
 
 
224 aa  60.5  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
225 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
248 aa  59.7  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.4 
 
 
226 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.39 
 
 
219 aa  58.9  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.58 
 
 
231 aa  58.5  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
231 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.54 
 
 
219 aa  57.8  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  27.42 
 
 
224 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.71 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0528  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.67 
 
 
244 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  24.62 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.7 
 
 
224 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4311  cyclic nucleotide-binding protein  25.74 
 
 
285 aa  57  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0853188  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.45 
 
 
239 aa  56.6  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.46 
 
 
224 aa  56.6  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2845  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  18.09 
 
 
226 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 
227 aa  56.6  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.45 
 
 
239 aa  56.2  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  27.32 
 
 
231 aa  56.2  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  25 
 
 
220 aa  55.5  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
227 aa  55.5  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2531  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  17.55 
 
 
226 aa  55.8  0.0000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.21 
 
 
231 aa  55.5  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  24 
 
 
231 aa  55.1  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  24 
 
 
231 aa  55.1  0.0000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.46 
 
 
218 aa  55.1  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0390  cyclic nucleotide-binding protein  23.44 
 
 
218 aa  55.1  0.0000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000226333  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  23.08 
 
 
217 aa  55.1  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  24.48 
 
 
214 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.19 
 
 
233 aa  54.7  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.66 
 
 
234 aa  54.3  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  25.37 
 
 
228 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.44 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.57 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.18169  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.27 
 
 
236 aa  53.5  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  22.43 
 
 
243 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0890  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.57 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  21.88 
 
 
210 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  21.88 
 
 
210 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  25.37 
 
 
228 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  21.88 
 
 
210 aa  53.1  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.05 
 
 
236 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  21.51 
 
 
214 aa  53.1  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  23.81 
 
 
215 aa  53.1  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
228 aa  52.8  0.000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  21.88 
 
 
210 aa  52.4  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.68 
 
 
239 aa  52.4  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.52 
 
 
228 aa  52.4  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.47 
 
 
227 aa  52.4  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3455  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.77 
 
 
237 aa  52.4  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.063385 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.66 
 
 
225 aa  52.4  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  24.48 
 
 
214 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  26.71 
 
 
214 aa  52  0.000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>