180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4386 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4678  major facilitator transporter  87.16 
 
 		 404 aa  655    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4386  major facilitator transporter  100 
 
 		 405 aa  779    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5287  major facilitator superfamily MFS_1  80.2 
 
 		 405 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0508736  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8475  major facilitator superfamily MFS_1  36.14 
 
 		 446 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.746267  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3101  major facilitator transporter  28.64 
 
 		 427 aa  130  4.0000000000000003e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627117 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  27.04 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  29.35 
 
 		 414 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  30.31 
 
 		 430 aa  80.1  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  27.86 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  25.67 
 
 		 426 aa  77.4  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  26.79 
 
 		 434 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5218  Permeases of the major facilitator superfamily  25.86 
 
 		 496 aa  74.3  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3905  major facilitator transporter  27.15 
 
 		 416 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.187616  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6311  major facilitator superfamily MFS_1  26.22 
 
 		 413 aa  73.9  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278735  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5858  major facilitator transporter  26.49 
 
 		 414 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  22.06 
 
 		 486 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0632  major facilitator transporter  28.16 
 
 		 442 aa  71.6  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7884  major facilitator superfamily MFS_1  27.1 
 
 		 411 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3401  major facilitator transporter  26.98 
 
 		 394 aa  70.1  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1096  major facilitator transporter  25.65 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.222683  normal  0.273205 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4966  major facilitator superfamily transporter transmembrane protein  30.29 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  27.32 
 
 		 412 aa  68.6  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1941  putative permease  21.57 
 
 		 421 aa  68.6  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.249654  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6790  major facilitator superfamily MFS_1  25.56 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  28.42 
 
 		 420 aa  67  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6050  major facilitator superfamily MFS_1  25.82 
 
 		 419 aa  66.2  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6515  major facilitator superfamily permease  25.7 
 
 		 412 aa  66.2  0.0000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2251  major facilitator transporter  25 
 
 		 441 aa  65.1  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000681216  hitchhiker  4.26317e-17 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4613  major facilitator superfamily MFS_1  25.16 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.969548 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1789  major facilitator transporter  26.38 
 
 		 400 aa  64.3  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.790734  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4224  major facilitator transporter  24.92 
 
 		 411 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3665  major facilitator transporter  25.5 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1554  major facilitator transporter  28.03 
 
 		 401 aa  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0655  major facilitator superfamily MFS_1  28.23 
 
 		 408 aa  63.5  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.226203  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  23.35 
 
 		 428 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  26.91 
 
 		 436 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1829  major facilitator superfamily MFS_1  24.48 
 
 		 414 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1507  major facilitator transporter  24.23 
 
 		 421 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4647  major facilitator transporter  26.37 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0983  major facilitator superfamily permease  24.8 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.445341 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  27.17 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2823  major facilitator transporter  24.06 
 
 		 408 aa  61.2  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.087939  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0267  major facilitator superfamily MFS_1  26.17 
 
 		 441 aa  60.8  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.116194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0180  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 420 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  26.63 
 
 		 414 aa  59.7  0.00000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02840  Monocarboxylate transporter-like protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q874I2]  29.63 
 
 		 445 aa  59.7  0.0000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00450414 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1958  major facilitator transporter  26.33 
 
 		 409 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.716163  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2915  major facilitator transporter  27.59 
 
 		 430 aa  57  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0480984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5881  major facilitator superfamily MFS_1  26.49 
 
 		 404 aa  57  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3695  major facilitator superfamily MFS_1  24.42 
 
 		 437 aa  57  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5076  major facilitator superfamily permease protein  22.79 
 
 		 512 aa  56.6  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3607  major facilitator transporter  26.91 
 
 		 439 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3681  major facilitator superfamily MFS_1  26.57 
 
 		 402 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6367  major facilitator superfamily MFS_1  24.75 
 
 		 409 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0426  major facilitator transporter  23.2 
 
 		 427 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30600  putative permease  27.99 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.166806 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2623  major facilitator transporter  24.48 
 
 		 434 aa  55.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6301  major facilitator transporter  25.87 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.430567 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08789  MFS monocarboxylate transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12710)  28.22 
 
 		 506 aa  54.3  0.000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2856  Oxalate/Formate Antiporter  25.81 
 
 		 430 aa  54.3  0.000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.0094861  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  24.63 
 
 		 433 aa  54.3  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1067  major facilitator superfamily MFS_1  28.21 
 
 		 417 aa  54.3  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.359193  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3859  major facilitator transporter  24.22 
 
 		 402 aa  54.3  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.526422 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1540  major facilitator transporter  25.71 
 
 		 414 aa  53.9  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0769  oxalate:formate antiporter  24.34 
 
 		 406 aa  53.5  0.000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  28.62 
 
 		 406 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  24.93 
 
 		 442 aa  53.1  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2359  major facilitator transporter  26.64 
 
 		 425 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.313379  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0943  major facilitator transporter  26.18 
 
 		 407 aa  52.8  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3759  major facilitator transporter  29.14 
 
 		 417 aa  52.4  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0648  major facilitator superfamily MFS_1  25.96 
 
 		 410 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0297226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1791  major facilitator transporter  27.25 
 
 		 432 aa  52.4  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0460445 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0351  major facilitator superfamily permease  22.55 
 
 		 415 aa  52.4  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.642789  hitchhiker  0.00154369 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  27.69 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3796  major facilitator superfamily MFS_1  26.18 
 
 		 422 aa  52.8  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  26.89 
 
 		 400 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4759  major facilitator superfamily MFS_1  26.58 
 
 		 439 aa  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.302877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  26.3 
 
 		 438 aa  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2731  major facilitator transporter  25.71 
 
 		 427 aa  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  24.81 
 
 		 418 aa  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  24.67 
 
 		 409 aa  52.4  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  25.09 
 
 		 418 aa  51.2  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0615  major facilitator transporter  26.32 
 
 		 422 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.444913  normal  0.0805923 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1885  major facilitator transporter  26.27 
 
 		 405 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.135618  normal  0.739833 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2522  major facilitator transporter  27.3 
 
 		 403 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3532  major facilitator superfamily MFS_1  22.94 
 
 		 427 aa  51.6  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697797  normal  0.296652 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1300  major facilitator transporter  23.75 
 
 		 410 aa  51.2  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.058248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8610  major facilitator superfamily MFS_1  25.75 
 
 		 414 aa  50.8  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.452747 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1994  major facilitator transporter  23.91 
 
 		 411 aa  50.8  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  28.83 
 
 		 405 aa  50.8  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1701  major facilitator transporter  29.81 
 
 		 416 aa  50.8  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.3535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  26.14 
 
 		 459 aa  50.8  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  27.15 
 
 		 405 aa  50.4  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2097  major facilitator superfamily MFS_1  28.43 
 
 		 436 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.481915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C10  major facilitator superfamily permease  24.53 
 
 		 413 aa  50.4  0.00006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08366  conserved hypothetical protein  27.05 
 
 		 443 aa  49.7  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.469129 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08413  Exporter (Eurofung)  22.82 
 
 		 487 aa  49.7  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  26.97 
 
 		 400 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2054  major facilitator  22.43 
 
 		 408 aa  49.7  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2999  major facilitator transporter  24.63 
 
 		 408 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.548657  normal  0.0674552 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>