60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5076 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5076  major facilitator superfamily permease protein  100 
 
 		 512 aa  1011    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5218  Permeases of the major facilitator superfamily  48.88 
 
 		 496 aa  391  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  26.24 
 
 		 414 aa  90.5  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  24.08 
 
 		 486 aa  76.6  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0180  major facilitator transporter  26.35 
 
 		 420 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  23.12 
 
 		 426 aa  74.7  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1335  major facilitator superfamily MFS_1  26.13 
 
 		 437 aa  73.6  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3782  major facilitator superfamily transporter  24.06 
 
 		 415 aa  70.1  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1507  major facilitator transporter  24.84 
 
 		 421 aa  69.3  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  25.15 
 
 		 418 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0615  major facilitator transporter  23.88 
 
 		 422 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.444913  normal  0.0805923 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  23.59 
 
 		 452 aa  55.1  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1096  major facilitator transporter  26.72 
 
 		 434 aa  53.5  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.222683  normal  0.273205 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3096  major facilitator superfamily MFS_1  21.08 
 
 		 431 aa  52.8  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556654 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5313  MFS permease  23.55 
 
 		 440 aa  52.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.143469  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  23.33 
 
 		 452 aa  52.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05240  D-galactonate transporter  22.48 
 
 		 463 aa  52  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  25.67 
 
 		 405 aa  51.2  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  22.73 
 
 		 412 aa  50.8  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4759  major facilitator superfamily MFS_1  25.85 
 
 		 439 aa  50.1  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.302877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5529  major facilitator superfamily MFS_1  22.4 
 
 		 441 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0196316  hitchhiker  0.00000603603 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3099  d-galactonate transporter  23.56 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3600  d-galactonate transporter  23.56 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1701  major facilitator transporter  25.34 
 
 		 416 aa  48.5  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.3535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11680  sugar phosphate permease  25.08 
 
 		 439 aa  48.5  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.47668  normal  0.233511 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0769  oxalate:formate antiporter  24.78 
 
 		 406 aa  47.4  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  23.81 
 
 		 430 aa  47.4  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2316  d-galactonate transporter  23.37 
 
 		 454 aa  47  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.601207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6958  major facilitator superfamily MFS_1  23.04 
 
 		 427 aa  47  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.300756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0825  major facilitator superfamily MFS_1  22.04 
 
 		 415 aa  46.6  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4386  major facilitator transporter  21.98 
 
 		 405 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  21.99 
 
 		 413 aa  46.6  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1554  major facilitator transporter  23.3 
 
 		 401 aa  46.2  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2394  major facilitator superfamily MFS_1  23.36 
 
 		 414 aa  46.6  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000021703  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3184  glucarate permease  25.07 
 
 		 452 aa  47  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.513823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3168  glucarate permease  25.07 
 
 		 452 aa  47  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.101605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3121  glucarate permease  25.07 
 
 		 452 aa  47  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.830611 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3103  glucarate permease  25.07 
 
 		 452 aa  47  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3283  glucarate permease  25.27 
 
 		 452 aa  45.8  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.129198  normal  0.747059 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0899  d-galactonate transporter  25 
 
 		 450 aa  45.1  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  27.38 
 
 		 433 aa  45.4  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0580  major facilitator superfamily (MFS)transporter  25.74 
 
 		 420 aa  45.4  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104096  normal  0.348152 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4050  glucarate permease  24.42 
 
 		 450 aa  45.1  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5808  major facilitator transporter  23.94 
 
 		 423 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5052  major facilitator transporter  23.94 
 
 		 423 aa  44.7  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.344485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5287  major facilitator superfamily MFS_1  23.33 
 
 		 405 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0508736  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2933  glucarate permease  24.42 
 
 		 450 aa  44.7  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3084  glucarate permease  24.19 
 
 		 440 aa  44.3  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.567935  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3093  glucarate permease  24.42 
 
 		 450 aa  44.7  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.110237  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3242  d-galactonate transporter  25.07 
 
 		 451 aa  44.3  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.141261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02634  predicted D-glucarate transporter  24.42 
 
 		 450 aa  44.7  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0923  d-galactonate transporter  24.42 
 
 		 450 aa  44.7  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02596  hypothetical protein  24.42 
 
 		 450 aa  44.7  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2927  glucarate permease  24.42 
 
 		 450 aa  44.7  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1334  major facilitator superfamily MFS_1  23.71 
 
 		 402 aa  44.3  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2815  d-galactonate transporter  22.83 
 
 		 453 aa  44.3  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.362765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1217  d-galactonate transporter  25.48 
 
 		 446 aa  43.9  0.006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.26743  normal  0.06903 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3398  d-galactonate transporter  25.28 
 
 		 458 aa  43.9  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331831  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  24.44 
 
 		 495 aa  43.5  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0217  major facilitator transporter  22.86 
 
 		 403 aa  43.5  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>