More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3525 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  100 
 
 		 486 aa  968    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  35.63 
 
 		 414 aa  272  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0180  major facilitator transporter  36.71 
 
 		 420 aa  252  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  31.09 
 
 		 426 aa  216  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  30.82 
 
 		 418 aa  190  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3782  major facilitator superfamily transporter  32.81 
 
 		 415 aa  189  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4647  major facilitator transporter  31.57 
 
 		 405 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0615  major facilitator transporter  30.25 
 
 		 422 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.444913  normal  0.0805923 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1554  major facilitator transporter  31.31 
 
 		 401 aa  167  4e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  32.32 
 
 		 413 aa  164  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1335  major facilitator superfamily MFS_1  32.45 
 
 		 437 aa  164  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0580  major facilitator superfamily (MFS)transporter  27.95 
 
 		 420 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104096  normal  0.348152 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3527  major facilitator transporter  29.8 
 
 		 428 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1701  major facilitator transporter  30.75 
 
 		 416 aa  149  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.3535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1096  major facilitator transporter  31.09 
 
 		 434 aa  145  1e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.222683  normal  0.273205 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0480  major facilitator transporter  30.23 
 
 		 412 aa  143  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1427  major facilitator transporter  29.9 
 
 		 417 aa  134  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2729  major facilitator superfamily MFS_1  26.46 
 
 		 442 aa  133  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0298  major facilitator transporter  30.88 
 
 		 449 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  27.21 
 
 		 430 aa  129  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30600  putative permease  27.76 
 
 		 404 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.166806 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  26.38 
 
 		 420 aa  128  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3607  major facilitator transporter  25.85 
 
 		 439 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37460  putative permease  29.38 
 
 		 427 aa  125  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.114641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2585  twin-arginine translocation pathway signal  26.13 
 
 		 423 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0520  major facilitator transporter  26.13 
 
 		 423 aa  120  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  26.75 
 
 		 459 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0450  major facilitator transporter  26.07 
 
 		 424 aa  114  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.0410928 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0492  major facilitator transporter  26.63 
 
 		 422 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  27.93 
 
 		 434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10510  arabinose efflux permease family protein  25.81 
 
 		 500 aa  108  3e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.67129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3574  MFS family transporter  26.55 
 
 		 425 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356058  normal  0.784997 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2623  major facilitator transporter  24.44 
 
 		 434 aa  104  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2251  major facilitator transporter  23.85 
 
 		 441 aa  103  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000681216  hitchhiker  4.26317e-17 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  24.24 
 
 		 428 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  26.25 
 
 		 422 aa  101  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  25.68 
 
 		 405 aa  100  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2113  major facilitator transporter  25.56 
 
 		 427 aa  100  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.473002  normal  0.06428 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  26.86 
 
 		 433 aa  99.4  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3307  major facilitator transporter  25.44 
 
 		 427 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  25.19 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3192  major facilitator transporter  27.97 
 
 		 413 aa  96.7  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.1684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6311  major facilitator superfamily MFS_1  27.42 
 
 		 413 aa  96.7  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278735  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1507  major facilitator transporter  29.4 
 
 		 421 aa  95.9  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4904  MFS superfamily transporter  26.33 
 
 		 435 aa  94.7  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00499167  normal  0.0129591 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3632  major facilitator superfamily MFS_1  27.46 
 
 		 433 aa  92.8  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0351  major facilitator superfamily permease  23.96 
 
 		 415 aa  92.4  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.642789  hitchhiker  0.00154369 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3944  major facilitator superfamily MFS_1  25.61 
 
 		 428 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0825  major facilitator superfamily MFS_1  23.94 
 
 		 415 aa  91.7  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3167  major facilitator transporter  23.11 
 
 		 417 aa  91.7  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0426  major facilitator transporter  28.76 
 
 		 427 aa  91.3  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3532  major facilitator superfamily MFS_1  28.38 
 
 		 427 aa  90.9  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697797  normal  0.296652 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  25.12 
 
 		 412 aa  90.9  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  26.14 
 
 		 431 aa  90.5  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0305  major facilitator superfamily MFS_1  25.52 
 
 		 422 aa  90.5  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2300  major facilitator transporter  26.74 
 
 		 432 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3546  major facilitator superfamily MFS_1  24.4 
 
 		 431 aa  90.1  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  26.67 
 
 		 442 aa  90.1  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  23.74 
 
 		 457 aa  89.4  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2731  major facilitator transporter  28.34 
 
 		 427 aa  89.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0305  major facilitator superfamily MFS_1  25.06 
 
 		 432 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382232  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  24.2 
 
 		 452 aa  89.7  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  24.31 
 
 		 452 aa  89.7  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3966  major facilitator superfamily MFS_1  25.51 
 
 		 432 aa  89  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.565807  normal  0.02436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3852  major facilitator superfamily MFS_1  25.51 
 
 		 432 aa  89  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133619  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_003296  RS03015  putative transport transmembrane protein  25.51 
 
 		 432 aa  87.8  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.120422 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4759  major facilitator superfamily MFS_1  24.1 
 
 		 439 aa  87.8  4e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.302877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0513  MFS permease  24.26 
 
 		 430 aa  87.4  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.773198  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  23.91 
 
 		 430 aa  86.7  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C10  major facilitator superfamily permease  23.66 
 
 		 413 aa  86.7  9e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2363  putative MFS permease  24.06 
 
 		 414 aa  86.7  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.161703 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  25.54 
 
 		 436 aa  86.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3096  major facilitator superfamily MFS_1  21.46 
 
 		 431 aa  85.9  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556654 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  23.33 
 
 		 407 aa  86.3  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2279  major facilitator transporter  24.32 
 
 		 404 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47059  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3808  major facilitator transporter  24.53 
 
 		 406 aa  86.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  24.74 
 
 		 430 aa  85.1  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2823  major facilitator transporter  25.23 
 
 		 408 aa  85.1  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.087939  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  24.29 
 
 		 429 aa  84.7  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  24.35 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  24.35 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1902  major facilitator transporter  23.71 
 
 		 427 aa  84  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00743695 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2759  major facilitator superfamily MFS_1  23.32 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000526196 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  26.98 
 
 		 409 aa  83.6  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3837  major facilitator superfamily MFS_1  24.76 
 
 		 431 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3695  major facilitator superfamily MFS_1  23.51 
 
 		 437 aa  82.4  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3548  major facilitator superfamily MFS_1  23.99 
 
 		 441 aa  82.4  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.119426  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  24.44 
 
 		 404 aa  81.6  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  27.68 
 
 		 438 aa  80.5  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3681  major facilitator superfamily MFS_1  26.3 
 
 		 402 aa  80.1  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  23.57 
 
 		 412 aa  80.1  0.00000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  25.66 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  27.45 
 
 		 418 aa  79  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0769  oxalate:formate antiporter  24.5 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1793  hypothetical protein  29.35 
 
 		 184 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2939  transporter, putative  27.25 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0983  major facilitator superfamily permease  24.47 
 
 		 410 aa  77.8  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.445341 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2675  initiation factor 2  24.19 
 
 		 411 aa  76.6  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  22.92 
 
 		 404 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3626  major facilitator transporter  26.98 
 
 		 427 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>