More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3307 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2113  major facilitator transporter  91.33 
 
 		 427 aa  703    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.473002  normal  0.06428 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3307  major facilitator transporter  100 
 
 		 427 aa  830    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3574  MFS family transporter  78.07 
 
 		 425 aa  641    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356058  normal  0.784997 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3944  major facilitator superfamily MFS_1  79.21 
 
 		 428 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0513  MFS permease  64 
 
 		 430 aa  542  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.773198  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3546  major facilitator superfamily MFS_1  63.81 
 
 		 431 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1296  major facilitator transporter  68.09 
 
 		 435 aa  530  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3837  major facilitator superfamily MFS_1  64.3 
 
 		 431 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1220  major facilitator superfamily MFS_1  69.19 
 
 		 429 aa  521  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.409801 
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  59.15 
 
 		 430 aa  508  1e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  59.52 
 
 		 429 aa  500  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  60 
 
 		 457 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4904  MFS superfamily transporter  58.47 
 
 		 435 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00499167  normal  0.0129591 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  59.06 
 
 		 436 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3695  major facilitator superfamily MFS_1  58.06 
 
 		 437 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1902  major facilitator transporter  58.85 
 
 		 427 aa  428  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00743695 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  55.58 
 
 		 433 aa  421  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  53.21 
 
 		 428 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3517  major facilitator transporter  54.61 
 
 		 428 aa  410  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2806  transporter, putative  53.38 
 
 		 427 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0029  major facilitator transporter  53.38 
 
 		 427 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3602  major facilitator transporter  53.38 
 
 		 427 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1737  major facilitator transporter  53.38 
 
 		 427 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3171  major facilitator transporter  53.38 
 
 		 427 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3626  major facilitator transporter  53.61 
 
 		 427 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3532  major facilitator superfamily MFS_1  52.93 
 
 		 427 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697797  normal  0.296652 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3613  monocarboxylate MFS permease  53.14 
 
 		 427 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2939  transporter, putative  53.12 
 
 		 427 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0426  major facilitator transporter  52.58 
 
 		 427 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2605  major facilitator transporter  53.54 
 
 		 427 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0500  major facilitator transporter  53.54 
 
 		 427 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03015  putative transport transmembrane protein  52.67 
 
 		 432 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.120422 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2897  major facilitator transporter  53.25 
 
 		 427 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.388241  normal  0.82876 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0473  major facilitator transporter  53.73 
 
 		 427 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.472982 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2731  major facilitator transporter  52.29 
 
 		 427 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3588  major facilitator transporter  53.49 
 
 		 427 aa  395  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.94844  normal  0.904194 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0431  major facilitator transporter  53.49 
 
 		 427 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.592654  normal  0.379231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0405  major facilitator transporter  53.49 
 
 		 427 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3966  major facilitator superfamily MFS_1  50.71 
 
 		 432 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.565807  normal  0.02436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3852  major facilitator superfamily MFS_1  50.71 
 
 		 432 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133619  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2300  major facilitator transporter  52.78 
 
 		 432 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0305  major facilitator superfamily MFS_1  53.85 
 
 		 432 aa  356  5e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382232  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  49.14 
 
 		 405 aa  346  5e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  50.47 
 
 		 442 aa  345  1e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  50.6 
 
 		 431 aa  336  5e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  49.87 
 
 		 418 aa  334  2e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4080  major facilitator superfamily MFS_1  49.4 
 
 		 424 aa  325  7e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245287  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3632  major facilitator superfamily MFS_1  48.37 
 
 		 433 aa  324  2e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  46.84 
 
 		 442 aa  317  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2759  major facilitator superfamily MFS_1  45.24 
 
 		 472 aa  315  9e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000526196 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  42.03 
 
 		 433 aa  311  1e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  44.84 
 
 		 438 aa  297  3e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  45.25 
 
 		 422 aa  288  1e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1057  major facilitator superfamily MFS_1  46.84 
 
 		 424 aa  285  1.0000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3548  major facilitator superfamily MFS_1  41.67 
 
 		 441 aa  280  3e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.119426  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  46.39 
 
 		 409 aa  277  2e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3808  major facilitator transporter  29.98 
 
 		 406 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  33.09 
 
 		 430 aa  143  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  28.67 
 
 		 452 aa  140  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  33.6 
 
 		 400 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  29.38 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0258567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1609  major facilitator superfamily MFS_1  29.97 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283587  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  28.71 
 
 		 452 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  29.86 
 
 		 434 aa  130  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  28.5 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  29.22 
 
 		 417 aa  126  8.000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2363  putative MFS permease  28.1 
 
 		 414 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.161703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16310  major facilitator superfamily transporter  30.56 
 
 		 402 aa  126  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  33.15 
 
 		 406 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3671  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 402 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  0.0907085 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3503  major facilitator transporter  28.78 
 
 		 436 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993279  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  30.37 
 
 		 420 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3167  major facilitator transporter  30.08 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  32.88 
 
 		 400 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  28.27 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  29.44 
 
 		 412 aa  120  3.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  28.27 
 
 		 405 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  29.27 
 
 		 414 aa  120  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  29.75 
 
 		 426 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1718  transporter, putative  31.98 
 
 		 402 aa  120  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  29.35 
 
 		 403 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5585  major facilitator protein family permease  30.49 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  28.5 
 
 		 459 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  27.45 
 
 		 414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  27.5 
 
 		 405 aa  117  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0716  major facilitator superfamily MFS_1  29.85 
 
 		 409 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1198  major facilitator superfamily transporter  30.59 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  30.81 
 
 		 400 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2047  major facilitator superfamily transporter  28.73 
 
 		 421 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.341858  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  27.34 
 
 		 412 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2297  hypothetical protein  30.92 
 
 		 528 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5487  major facilitator transporter  27.01 
 
 		 410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0703  major facilitator transporter  29.43 
 
 		 409 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0898  major facilitator transporter  29.52 
 
 		 410 aa  112  9e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0492  major facilitator transporter  30.03 
 
 		 422 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  27.23 
 
 		 404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2585  twin-arginine translocation pathway signal  28.87 
 
 		 423 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0520  major facilitator transporter  28.87 
 
 		 423 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  25.71 
 
 		 486 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5086  major facilitator transporter  28.87 
 
 		 408 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.90358  hitchhiker  0.0097128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>