More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03015 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS03015  putative transport transmembrane protein  100 
 
 
432 aa  857    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.120422 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3852  major facilitator superfamily MFS_1  93.52 
 
 
432 aa  761    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133619  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3966  major facilitator superfamily MFS_1  93.52 
 
 
432 aa  761    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.565807  normal  0.02436 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2731  major facilitator transporter  72.3 
 
 
427 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2939  transporter, putative  75.54 
 
 
427 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0426  major facilitator transporter  72.3 
 
 
427 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0029  major facilitator transporter  75.3 
 
 
427 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2806  transporter, putative  75.3 
 
 
427 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3171  major facilitator transporter  75.3 
 
 
427 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3613  monocarboxylate MFS permease  75.3 
 
 
427 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3626  major facilitator transporter  75.3 
 
 
427 aa  599  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3602  major facilitator transporter  75.3 
 
 
427 aa  599  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1737  major facilitator transporter  75.3 
 
 
427 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3532  major facilitator superfamily MFS_1  72.37 
 
 
427 aa  597  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697797  normal  0.296652 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0500  major facilitator transporter  74.05 
 
 
427 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0473  major facilitator transporter  74.05 
 
 
427 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.472982 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2897  major facilitator transporter  73.81 
 
 
427 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.388241  normal  0.82876 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0431  major facilitator transporter  73.99 
 
 
427 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.592654  normal  0.379231 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2605  major facilitator transporter  73.81 
 
 
427 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0405  major facilitator transporter  73.81 
 
 
427 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3588  major facilitator transporter  73.33 
 
 
427 aa  565  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.94844  normal  0.904194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  55.39 
 
 
428 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  55.66 
 
 
433 aa  420  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2300  major facilitator transporter  58.68 
 
 
432 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3517  major facilitator transporter  56.16 
 
 
428 aa  414  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0305  major facilitator superfamily MFS_1  60 
 
 
432 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382232  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0513  MFS permease  48.94 
 
 
430 aa  396  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.773198  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2113  major facilitator transporter  54.13 
 
 
427 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.473002  normal  0.06428 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3574  MFS family transporter  53.9 
 
 
425 aa  391  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356058  normal  0.784997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  54.3 
 
 
418 aa  385  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3307  major facilitator transporter  51.66 
 
 
427 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3546  major facilitator superfamily MFS_1  48.1 
 
 
431 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  47.79 
 
 
430 aa  374  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3944  major facilitator superfamily MFS_1  52.16 
 
 
428 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1296  major facilitator transporter  50.82 
 
 
435 aa  371  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3837  major facilitator superfamily MFS_1  48.32 
 
 
431 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1220  major facilitator superfamily MFS_1  50.36 
 
 
429 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.409801 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  47.55 
 
 
429 aa  368  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  47.79 
 
 
457 aa  361  1e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  48.72 
 
 
436 aa  353  4e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  49.02 
 
 
405 aa  352  5.9999999999999994e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  49.64 
 
 
431 aa  349  7e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4904  MFS superfamily transporter  47.53 
 
 
435 aa  343  2.9999999999999997e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00499167  normal  0.0129591 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  48.33 
 
 
442 aa  342  7e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4080  major facilitator superfamily MFS_1  49.29 
 
 
424 aa  341  2e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245287  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2759  major facilitator superfamily MFS_1  46.56 
 
 
472 aa  339  5e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000526196 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  47.23 
 
 
442 aa  338  8e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3695  major facilitator superfamily MFS_1  50.13 
 
 
437 aa  338  9.999999999999999e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  44.36 
 
 
433 aa  334  2e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3632  major facilitator superfamily MFS_1  47.67 
 
 
433 aa  333  3e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1902  major facilitator transporter  49.2 
 
 
427 aa  323  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00743695 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  45.33 
 
 
438 aa  316  6e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  43.29 
 
 
422 aa  290  3e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1057  major facilitator superfamily MFS_1  46.6 
 
 
424 aa  286  5e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3548  major facilitator superfamily MFS_1  41.19 
 
 
441 aa  283  6.000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.119426  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  46.14 
 
 
409 aa  276  4e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  30.46 
 
 
402 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0258567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3503  major facilitator transporter  29.54 
 
 
436 aa  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  30.49 
 
 
400 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  30.41 
 
 
400 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  26.82 
 
 
452 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2363  putative MFS permease  26.91 
 
 
414 aa  133  6.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.161703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  29.97 
 
 
406 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  26.82 
 
 
452 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0716  major facilitator superfamily MFS_1  31.34 
 
 
409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449869 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  29.13 
 
 
417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0703  major facilitator transporter  31.59 
 
 
409 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1609  major facilitator superfamily MFS_1  29.62 
 
 
405 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283587  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  30.06 
 
 
400 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  27.42 
 
 
407 aa  120  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  27.84 
 
 
405 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  27.84 
 
 
405 aa  119  9e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3808  major facilitator transporter  26.61 
 
 
406 aa  119  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0030  major facilitator transporter  29.38 
 
 
433 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3671  major facilitator transporter  28.83 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  0.0907085 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2297  hypothetical protein  29.77 
 
 
528 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1718  transporter, putative  28.9 
 
 
402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2099  major facilitator transporter  27.08 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  27.58 
 
 
414 aa  117  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16310  major facilitator superfamily transporter  30.6 
 
 
402 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2047  major facilitator superfamily transporter  28.03 
 
 
421 aa  117  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.341858  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  27.24 
 
 
434 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  25.06 
 
 
414 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  28.37 
 
 
459 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  27.06 
 
 
403 aa  114  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  26.27 
 
 
412 aa  113  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  26.27 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  27.62 
 
 
420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1027  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.492633  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2293  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3057  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1401  oxalate/formate antiporter  30.48 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1372  major facilitator transporter  27.96 
 
 
412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3184  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.965464  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1314  major facilitator family transporter  30.48 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0055  major facilitator transporter  28.86 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2004  hypothetical protein  30.23 
 
 
398 aa  110  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2672  major facilitator transporter  28.24 
 
 
412 aa  110  6e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0040  major facilitator transporter  27.73 
 
 
412 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2770  major facilitator transporter  27.71 
 
 
414 aa  109  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>