More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3681 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3681  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
402 aa  785    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3859  major facilitator transporter  71.21 
 
 
402 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.526422 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1300  major facilitator transporter  68.58 
 
 
410 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.058248 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1994  major facilitator transporter  67.83 
 
 
411 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5285  major facilitator transporter  67.73 
 
 
408 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0853738 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6107  major facilitator transporter  67.41 
 
 
411 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1958  major facilitator transporter  67.49 
 
 
409 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.716163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1970  major facilitator transporter  67.41 
 
 
411 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1885  major facilitator transporter  68.67 
 
 
405 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.135618  normal  0.739833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0983  major facilitator superfamily permease  68.27 
 
 
410 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.445341 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6311  major facilitator superfamily MFS_1  53.91 
 
 
413 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278735  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1789  major facilitator transporter  51.26 
 
 
400 aa  381  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.790734  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6790  major facilitator superfamily MFS_1  51.38 
 
 
404 aa  346  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5881  major facilitator superfamily MFS_1  51.37 
 
 
404 aa  333  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6515  major facilitator superfamily permease  30.31 
 
 
412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0655  major facilitator superfamily MFS_1  30.9 
 
 
408 aa  133  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.226203  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5858  major facilitator transporter  30.65 
 
 
414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4224  major facilitator transporter  29.6 
 
 
411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6367  major facilitator superfamily MFS_1  30.43 
 
 
409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1829  major facilitator superfamily MFS_1  29.22 
 
 
414 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3905  major facilitator transporter  28.38 
 
 
416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.187616  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4613  major facilitator superfamily MFS_1  28.47 
 
 
417 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.969548 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3665  major facilitator transporter  28.15 
 
 
415 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6050  major facilitator superfamily MFS_1  29.38 
 
 
419 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  28.76 
 
 
430 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3401  major facilitator transporter  29.35 
 
 
394 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7884  major facilitator superfamily MFS_1  28.98 
 
 
411 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  28.97 
 
 
459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  28.84 
 
 
409 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  30.62 
 
 
414 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  29.1 
 
 
420 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  26.74 
 
 
434 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2585  twin-arginine translocation pathway signal  27.69 
 
 
423 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0520  major facilitator transporter  27.69 
 
 
423 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3607  major facilitator transporter  27.59 
 
 
439 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0180  major facilitator transporter  31.44 
 
 
420 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0450  major facilitator transporter  27.94 
 
 
424 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.0410928 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0492  major facilitator transporter  27.51 
 
 
422 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1889  major facilitator superfamily MFS_1  28.68 
 
 
411 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0943  major facilitator transporter  32.56 
 
 
407 aa  103  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1676  major facilitator transporter  29.17 
 
 
411 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  26.26 
 
 
402 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0258567 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  27.44 
 
 
405 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  27.86 
 
 
452 aa  99.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5487  major facilitator transporter  28.68 
 
 
410 aa  98.6  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397179  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3739  major facilitator transporter  28.61 
 
 
413 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.101854  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  27.86 
 
 
452 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3622  major facilitator transporter  27.87 
 
 
411 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.769068  normal  0.781308 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3574  MFS family transporter  29.29 
 
 
425 aa  96.7  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356058  normal  0.784997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3546  major facilitator superfamily MFS_1  27.36 
 
 
431 aa  94.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  25.88 
 
 
407 aa  94.4  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  31.83 
 
 
422 aa  94  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2731  major facilitator transporter  29.82 
 
 
427 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3046  major facilitator superfamily MFS_1  29.03 
 
 
421 aa  92.8  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.548752  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3154  major facilitator superfamily MFS_1  29.28 
 
 
421 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.328617  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  26.27 
 
 
428 aa  92  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2194  major facilitator transporter  28.42 
 
 
410 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2113  major facilitator transporter  26.04 
 
 
427 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.473002  normal  0.06428 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5900  major facilitator transporter  28.68 
 
 
410 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00598208  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2177  major facilitator transporter  28.68 
 
 
410 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404965  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  25.86 
 
 
412 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0486  oxalate/formate antiporter  24.09 
 
 
410 aa  91.3  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.65082  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1096  major facilitator transporter  28.68 
 
 
434 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.222683  normal  0.273205 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2958  major facilitator transporter  29.5 
 
 
421 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.175452  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5086  major facilitator transporter  26.96 
 
 
408 aa  90.9  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.90358  hitchhiker  0.0097128 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0513  MFS permease  25.45 
 
 
430 aa  90.5  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.773198  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2737  major facilitator superfamily MFS_1  28.1 
 
 
405 aa  90.5  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08789  MFS monocarboxylate transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12710)  27.62 
 
 
506 aa  89.7  7e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  25.36 
 
 
414 aa  89.7  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0308  major facilitator superfamily MFS_1  27.06 
 
 
426 aa  89.7  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2216  major facilitator transporter  28.91 
 
 
410 aa  89.4  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  26.12 
 
 
418 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0936  major facilitator superfamily MFS_1  23.11 
 
 
407 aa  89.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2280  major facilitator superfamily MFS_1  34.85 
 
 
405 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.975633  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  25.8 
 
 
414 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2672  major facilitator transporter  26.38 
 
 
412 aa  89.4  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2093  major facilitator transporter  28.91 
 
 
410 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  24.36 
 
 
404 aa  88.6  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  30.26 
 
 
442 aa  88.6  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  27.01 
 
 
430 aa  89  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  26.99 
 
 
404 aa  87.8  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2823  major facilitator transporter  26.11 
 
 
408 aa  87.4  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.087939  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5540  major facilitator transporter  29.57 
 
 
410 aa  87.4  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.477353 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0177  oxalate/formate antiporter  23.29 
 
 
400 aa  87  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  25.84 
 
 
403 aa  87  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3283  major facilitator transporter  25.36 
 
 
429 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21568  normal  0.253377 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5265  major facilitator transporter  25.36 
 
 
429 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.940755  normal  0.474002 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  26.3 
 
 
486 aa  86.7  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1067  major facilitator superfamily MFS_1  26.98 
 
 
417 aa  86.3  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.359193  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  25.81 
 
 
430 aa  86.3  9e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1507  major facilitator transporter  26.4 
 
 
421 aa  86.3  9e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5557  major facilitator superfamily MFS_1  24.88 
 
 
450 aa  86.3  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1705  major facilitator transporter  26.89 
 
 
442 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  25.31 
 
 
412 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2099  major facilitator transporter  25.34 
 
 
406 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3307  major facilitator transporter  27.89 
 
 
427 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0898  major facilitator transporter  24.28 
 
 
410 aa  85.1  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3167  major facilitator transporter  24.56 
 
 
417 aa  85.1  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3837  major facilitator superfamily MFS_1  26.21 
 
 
431 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000297  oxalate/formate antiporter  22.02 
 
 
412 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000377663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>