More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3944 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3944  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 428 aa  831    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2113  major facilitator transporter  79.44 
 
 		 427 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.473002  normal  0.06428 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3307  major facilitator transporter  79.21 
 
 		 427 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3574  MFS family transporter  77.46 
 
 		 425 aa  622  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356058  normal  0.784997 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0513  MFS permease  63.62 
 
 		 430 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.773198  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3546  major facilitator superfamily MFS_1  64.49 
 
 		 431 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1296  major facilitator transporter  68.41 
 
 		 435 aa  538  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1220  major facilitator superfamily MFS_1  70 
 
 		 429 aa  534  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.409801 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3837  major facilitator superfamily MFS_1  63.95 
 
 		 431 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  60.19 
 
 		 430 aa  503  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  60.19 
 
 		 429 aa  495  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  59.86 
 
 		 457 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4904  MFS superfamily transporter  56.57 
 
 		 435 aa  448  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00499167  normal  0.0129591 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  58.04 
 
 		 436 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  56.79 
 
 		 433 aa  428  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  54.22 
 
 		 428 aa  423  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3695  major facilitator superfamily MFS_1  56.79 
 
 		 437 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1902  major facilitator transporter  57.76 
 
 		 427 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00743695 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2806  transporter, putative  54.98 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3602  major facilitator transporter  54.98 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3626  major facilitator transporter  54.98 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3613  monocarboxylate MFS permease  54.74 
 
 		 427 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0029  major facilitator transporter  54.98 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2939  transporter, putative  54.74 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3171  major facilitator transporter  54.98 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1737  major facilitator transporter  54.98 
 
 		 427 aa  414  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0426  major facilitator transporter  53.94 
 
 		 427 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3532  major facilitator superfamily MFS_1  53.46 
 
 		 427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697797  normal  0.296652 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3517  major facilitator transporter  53.88 
 
 		 428 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2731  major facilitator transporter  52.64 
 
 		 427 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2605  major facilitator transporter  53.05 
 
 		 427 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2897  major facilitator transporter  53.07 
 
 		 427 aa  397  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.388241  normal  0.82876 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0500  major facilitator transporter  53.05 
 
 		 427 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0473  major facilitator transporter  52.83 
 
 		 427 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.472982 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0431  major facilitator transporter  53.07 
 
 		 427 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.592654  normal  0.379231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0405  major facilitator transporter  53.07 
 
 		 427 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03015  putative transport transmembrane protein  52.16 
 
 		 432 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.120422 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3588  major facilitator transporter  52.59 
 
 		 427 aa  391  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.94844  normal  0.904194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2300  major facilitator transporter  54.55 
 
 		 432 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3966  major facilitator superfamily MFS_1  50.6 
 
 		 432 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.565807  normal  0.02436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3852  major facilitator superfamily MFS_1  50.6 
 
 		 432 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133619  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0305  major facilitator superfamily MFS_1  54.7 
 
 		 432 aa  358  7e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382232  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  53.41 
 
 		 442 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  49.88 
 
 		 405 aa  356  2.9999999999999997e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  51.56 
 
 		 431 aa  348  1e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  50.12 
 
 		 418 aa  342  5.999999999999999e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  44.99 
 
 		 433 aa  336  5e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3632  major facilitator superfamily MFS_1  49.5 
 
 		 433 aa  336  5e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4080  major facilitator superfamily MFS_1  48.94 
 
 		 424 aa  333  3e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245287  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  49.4 
 
 		 442 aa  328  9e-89  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2759  major facilitator superfamily MFS_1  47.66 
 
 		 472 aa  320  3e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000526196 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  47.39 
 
 		 438 aa  309  5.9999999999999995e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1057  major facilitator superfamily MFS_1  48.55 
 
 		 424 aa  294  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3548  major facilitator superfamily MFS_1  43.71 
 
 		 441 aa  290  4e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.119426  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  43.83 
 
 		 422 aa  279  6e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  45.11 
 
 		 409 aa  272  9e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3808  major facilitator transporter  29.35 
 
 		 406 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  30.81 
 
 		 402 aa  140  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0258567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1609  major facilitator superfamily MFS_1  30.21 
 
 		 405 aa  140  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283587  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  29.79 
 
 		 400 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  30.97 
 
 		 430 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  29.01 
 
 		 400 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  29.27 
 
 		 406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3503  major facilitator transporter  29.53 
 
 		 436 aa  128  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993279  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  30.08 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2363  putative MFS permease  27.94 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.161703 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  31.15 
 
 		 434 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16310  major facilitator superfamily transporter  29.18 
 
 		 402 aa  123  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  29.31 
 
 		 407 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  28.39 
 
 		 412 aa  121  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  29.95 
 
 		 403 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  28.11 
 
 		 417 aa  120  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5086  major facilitator transporter  28.79 
 
 		 408 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.90358  hitchhiker  0.0097128 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  29.85 
 
 		 420 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1718  transporter, putative  29.27 
 
 		 402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3671  major facilitator transporter  30.31 
 
 		 402 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  0.0907085 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  27.4 
 
 		 452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.183372 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3167  major facilitator transporter  29.82 
 
 		 417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  27.16 
 
 		 452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1761  major facilitator transporter  30.17 
 
 		 401 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  28.46 
 
 		 405 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  27.82 
 
 		 414 aa  117  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  26.85 
 
 		 404 aa  117  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  26.15 
 
 		 404 aa  116  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 400 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0703  major facilitator transporter  28.93 
 
 		 409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  28.65 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0716  major facilitator superfamily MFS_1  28.93 
 
 		 409 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449869 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2279  major facilitator transporter  26.07 
 
 		 404 aa  113  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47059  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5487  major facilitator transporter  27.34 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  27.69 
 
 		 405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  29.23 
 
 		 459 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  27.44 
 
 		 405 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1198  major facilitator superfamily transporter  28.79 
 
 		 413 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0953  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2093  major facilitator transporter  27.81 
 
 		 410 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1652  major facilitator transporter  28.83 
 
 		 402 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00579086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1676  major facilitator transporter  27.49 
 
 		 411 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2099  major facilitator transporter  28.5 
 
 		 406 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0698  major facilitator transporter  27.79 
 
 		 412 aa  109  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.933566 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>