223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5313 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5313  MFS permease  100 
 
 		 440 aa  881    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.143469  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5529  major facilitator superfamily MFS_1  61.34 
 
 		 441 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0196316  hitchhiker  0.00000603603 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2251  major facilitator transporter  33.25 
 
 		 441 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000681216  hitchhiker  4.26317e-17 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7416  Permeases of the major facilitator superfamily  30.43 
 
 		 415 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0651373  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0990  major facilitator transporter  27.25 
 
 		 445 aa  109  8.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592641  normal  0.72949 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1791  major facilitator transporter  25.87 
 
 		 432 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0460445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  24.82 
 
 		 434 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  26.17 
 
 		 428 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  25.75 
 
 		 418 aa  91.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2729  major facilitator superfamily MFS_1  24.12 
 
 		 442 aa  86.7  7e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  26.16 
 
 		 418 aa  85.5  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3759  major facilitator transporter  25.12 
 
 		 417 aa  85.5  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  25.46 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0655  major facilitator superfamily MFS_1  28.12 
 
 		 408 aa  82  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.226203  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2605  major facilitator transporter  24.66 
 
 		 427 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3966  major facilitator superfamily MFS_1  23.06 
 
 		 432 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.565807  normal  0.02436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3852  major facilitator superfamily MFS_1  23.06 
 
 		 432 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133619  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  23.67 
 
 		 412 aa  80.1  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  25.41 
 
 		 414 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0500  major facilitator transporter  24.39 
 
 		 427 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  26.84 
 
 		 433 aa  79.3  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3588  major facilitator transporter  24.39 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.94844  normal  0.904194 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0426  major facilitator transporter  23.36 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0405  major facilitator transporter  24.39 
 
 		 427 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0473  major facilitator transporter  24.12 
 
 		 427 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.472982 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0431  major facilitator transporter  24.39 
 
 		 427 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.592654  normal  0.379231 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2731  major facilitator transporter  23.67 
 
 		 427 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  27.82 
 
 		 436 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2897  major facilitator transporter  24.2 
 
 		 427 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.388241  normal  0.82876 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0513  MFS permease  24.7 
 
 		 430 aa  74.7  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.773198  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1335  major facilitator superfamily MFS_1  26.93 
 
 		 437 aa  74.3  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03015  putative transport transmembrane protein  22.43 
 
 		 432 aa  73.9  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.120422 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4904  MFS superfamily transporter  25.65 
 
 		 435 aa  73.9  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00499167  normal  0.0129591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2939  transporter, putative  23.31 
 
 		 427 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3532  major facilitator superfamily MFS_1  24.08 
 
 		 427 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697797  normal  0.296652 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  24.47 
 
 		 433 aa  73.2  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3401  major facilitator transporter  24.87 
 
 		 394 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  24.92 
 
 		 409 aa  73.2  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3546  major facilitator superfamily MFS_1  23.89 
 
 		 431 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  23.84 
 
 		 426 aa  72.4  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2737  major facilitator superfamily MFS_1  25.22 
 
 		 405 aa  71.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3307  major facilitator transporter  26.94 
 
 		 427 aa  71.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2806  transporter, putative  23.58 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0029  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1737  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60420  Monocarboxylate transporter  25.48 
 
 		 606 aa  70.5  0.00000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3602  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3626  major facilitator transporter  23.82 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3171  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1296  major facilitator transporter  23.86 
 
 		 435 aa  70.5  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3613  monocarboxylate MFS permease  23.58 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  22.58 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  22.33 
 
 		 430 aa  70.1  0.00000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  25.5 
 
 		 486 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  23.23 
 
 		 442 aa  70.1  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3517  major facilitator transporter  23.98 
 
 		 428 aa  69.7  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2759  major facilitator superfamily MFS_1  24.62 
 
 		 472 aa  69.7  0.00000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000526196 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  26.67 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  22.62 
 
 		 457 aa  69.3  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1507  major facilitator transporter  21.98 
 
 		 421 aa  69.3  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  24.23 
 
 		 400 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4080  major facilitator superfamily MFS_1  26.46 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245287  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2113  major facilitator transporter  24.2 
 
 		 427 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.473002  normal  0.06428 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  26.16 
 
 		 430 aa  68.2  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3574  MFS family transporter  24.2 
 
 		 425 aa  67.4  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356058  normal  0.784997 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  23.35 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  24.08 
 
 		 406 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1554  major facilitator transporter  26.32 
 
 		 401 aa  66.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3944  major facilitator superfamily MFS_1  26.91 
 
 		 428 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  23.16 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  24.08 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0825  major facilitator superfamily MFS_1  27.22 
 
 		 415 aa  65.5  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2585  twin-arginine translocation pathway signal  27.46 
 
 		 423 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0520  major facilitator transporter  27.46 
 
 		 423 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3837  major facilitator superfamily MFS_1  23.89 
 
 		 431 aa  65.1  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1372  major facilitator transporter  25.07 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0943  major facilitator transporter  25.08 
 
 		 407 aa  63.5  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2300  major facilitator transporter  25.09 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  23.97 
 
 		 422 aa  62.8  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3548  major facilitator superfamily MFS_1  24.74 
 
 		 441 aa  62.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.119426  normal  0.943713 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0040  major facilitator transporter  25.07 
 
 		 412 aa  62.4  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3632  major facilitator superfamily MFS_1  25.49 
 
 		 433 aa  61.2  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  27.21 
 
 		 420 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3959  hypothetical protein  24.84 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  22.82 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1676  major facilitator transporter  22.68 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  22.76 
 
 		 404 aa  60.1  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3739  major facilitator transporter  22.94 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.101854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  23.51 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5858  major facilitator transporter  25.21 
 
 		 414 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1789  major facilitator transporter  24.65 
 
 		 400 aa  58.9  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.790734  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0305  major facilitator superfamily MFS_1  24.9 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.382232  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2451  major facilitator transporter  26.11 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.367941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  24.63 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  24.42 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  23.24 
 
 		 431 aa  57.4  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2099  major facilitator transporter  24.32 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0450  major facilitator transporter  25.68 
 
 		 424 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.0410928 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0434  major facilitator transporter  24.04 
 
 		 391 aa  57  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000443521  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0030  major facilitator transporter  25.13 
 
 		 433 aa  57  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>