More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3099 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3600  d-galactonate transporter  100 
 
 		 454 aa  915    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442053  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4548  MFS transporter, phthalate permease family  79.33 
 
 		 461 aa  731    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0771862  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3099  d-galactonate transporter  100 
 
 		 454 aa  915    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4226  D-galactonate transporter  79.55 
 
 		 461 aa  732    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05240  D-galactonate transporter  85.56 
 
 		 463 aa  788    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0829  D-galactonate transporter  81.1 
 
 		 468 aa  754    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.017326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2316  d-galactonate transporter  98.02 
 
 		 454 aa  900    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.601207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3242  d-galactonate transporter  70.41 
 
 		 451 aa  635    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2815  d-galactonate transporter  96.26 
 
 		 453 aa  880    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.362765  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02634  predicted D-glucarate transporter  68.49 
 
 		 450 aa  623  1e-177  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0899  d-galactonate transporter  68.26 
 
 		 450 aa  622  1e-177  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0923  d-galactonate transporter  68.49 
 
 		 450 aa  623  1e-177  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02596  hypothetical protein  68.49 
 
 		 450 aa  623  1e-177  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2927  glucarate permease  68.49 
 
 		 450 aa  623  1e-177  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2933  glucarate permease  68.49 
 
 		 450 aa  623  1e-177  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3093  glucarate permease  68.49 
 
 		 450 aa  623  1e-177  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.110237  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3283  glucarate permease  68.49 
 
 		 452 aa  621  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.129198  normal  0.747059 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3084  glucarate permease  68.49 
 
 		 440 aa  622  1e-177  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.567935  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3121  glucarate permease  68.81 
 
 		 452 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.830611 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3184  glucarate permease  68.81 
 
 		 452 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.513823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3168  glucarate permease  68.81 
 
 		 452 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.101605 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3103  glucarate permease  68.81 
 
 		 452 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4050  glucarate permease  69.05 
 
 		 450 aa  620  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6596  d-galactonate transporter  67.33 
 
 		 457 aa  615  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.143418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3397  d-galactonate transporter  67.58 
 
 		 450 aa  616  1e-175  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3557  d-galactonate transporter  67.9 
 
 		 450 aa  613  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6485  major facilitator superfamily D-glucarate permease  66.97 
 
 		 445 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.848435  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0828  putative glucarate transporter (D-glucarate permease) transmembrane protein  67.51 
 
 		 450 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.667348  normal  0.455207 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0807  d-galactonate transporter  67.81 
 
 		 450 aa  596  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02992  predicted (D)-galactarate transporter  62.47 
 
 		 444 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0578  d-galactonate transporter  62.47 
 
 		 444 aa  593  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3316  galactarate permease GarP  62.47 
 
 		 444 aa  593  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4439  galactarate permease GarP  62.47 
 
 		 444 aa  593  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.333242 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3422  galactarate permease GarP  62.9 
 
 		 444 aa  592  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02943  hypothetical protein  62.47 
 
 		 444 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3605  galactarate permease GarP  62.47 
 
 		 444 aa  593  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0573  d-galactonate transporter  62.47 
 
 		 444 aa  593  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3569  d-galactonate transporter  62.1 
 
 		 444 aa  588  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.576776 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4584  d-galactonate transporter  68.2 
 
 		 450 aa  584  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.960578  normal  0.440179 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3689  D-galactonate transporter  64.3 
 
 		 458 aa  585  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4450  d-galactonate transporter  68.2 
 
 		 450 aa  584  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0841  d-galactonate transporter  67.21 
 
 		 450 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4863  d-galactonate transporter  63.24 
 
 		 450 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0267254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1217  d-galactonate transporter  64.93 
 
 		 446 aa  580  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.26743  normal  0.06903 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0187  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  66.59 
 
 		 451 aa  580  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4735  galactarate transporter  65.82 
 
 		 453 aa  575  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.388057  normal  0.513803 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5151  d-galactonate transporter  64.67 
 
 		 451 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1803  major facilitator superfamily D-galactonate transporter  63.01 
 
 		 450 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0303385  hitchhiker  0.00231881 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5207  d-galactonate transporter  60.85 
 
 		 485 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.045527 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4680  d-galactonate transporter  60.4 
 
 		 485 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3397  D-galactonate transporter  64.27 
 
 		 446 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3398  d-galactonate transporter  60.86 
 
 		 458 aa  554  1e-156  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0225  d-galactonate transporter  63.34 
 
 		 446 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305819 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0217  d-galactonate transporter  63.34 
 
 		 446 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0202  d-galactonate transporter  64.5 
 
 		 446 aa  550  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317635  unclonable  0.00000000000905697 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0327  D-galactonate transporter  60.32 
 
 		 459 aa  546  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3044  D-galactonate transporter  59.42 
 
 		 464 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5322  d-galactonate transporter  59.42 
 
 		 464 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0277  d-galactonate transporter  64.27 
 
 		 446 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370556 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2810  D-galactonate transporter  64.04 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.422672  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0296  d-galactonate transporter  64.04 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106935  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4946  d-galactonate transporter  60.42 
 
 		 435 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.899086  normal  0.0491095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0666  d-galactonate transporter  54.25 
 
 		 447 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0432694 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3829  D-galactonate transporter  52.42 
 
 		 454 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4539  d-galactonate transporter  52.42 
 
 		 454 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.327531  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5765  d-galactonate transporter  52.19 
 
 		 454 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4628  d-galactonate transporter  54.01 
 
 		 447 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  hitchhiker  0.000103132 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1306  major facilitator transporter  52.64 
 
 		 454 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4121  major facilitator transporter  51.75 
 
 		 455 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801811 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2475  d-galactonate transporter  50.23 
 
 		 438 aa  455  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3916  probable glucarate transporter  47.24 
 
 		 436 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4084  probable glucarate transporter  47.24 
 
 		 436 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.463281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3978  putative glucarate transporter  47.24 
 
 		 436 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.776069 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4023  glucarate transporter  47.24 
 
 		 436 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.957782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3065  major facilitator transporter  46.44 
 
 		 447 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347514  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5302  major facilitator transporter  46.44 
 
 		 447 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0397633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4966  major facilitator transporter  46.44 
 
 		 447 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.051147 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0346  major facilitator transporter  45.7 
 
 		 450 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.258915  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2056  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  46.73 
 
 		 448 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5191  major facilitator transporter  45.43 
 
 		 449 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.83769 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0885  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  45.56 
 
 		 456 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3988  major facilitator superfamily MFS_1  44.68 
 
 		 442 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.74321  normal  0.0290381 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3421  major facilitator transporter  46.35 
 
 		 444 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229013  normal  0.137893 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4663  major facilitator transporter  44.57 
 
 		 455 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.858594  normal  0.41723 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1990  D-galactonate transporter  42.52 
 
 		 436 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0023647  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4122  D-galactonate transporter  43.91 
 
 		 436 aa  381  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0101407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2209  anion:cation symporter (ACS) family protein  46.95 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0851  putative D-galactonate transporter  46.95 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.997536  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0581  glucarate transporter  46.95 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1898  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  46.95 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  43.09 
 
 		 449 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6033  major facilitator transporter  40.53 
 
 		 467 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0484  anion:cation symporter (ACS) family protein  46.95 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0894  anion:cation symporter (ACS) family protein  46.95 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0815494  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1755  anion:cation symporter (ACS) family protein  46.95 
 
 		 448 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0350233  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1094  d-galactonate transporter  43.98 
 
 		 430 aa  374  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2180  MFS transporter, phthalate permease family  43.36 
 
 		 478 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256774  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4570  major facilitator superfamily MFS_1  45.35 
 
 		 458 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0012  d-galactonate transporter  43.52 
 
 		 430 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4199  d-galactonate transporter  43.75 
 
 		 445 aa  371  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>