More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3905 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3905  major facilitator transporter  100 
 
 		 416 aa  811    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.187616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3665  major facilitator transporter  90.48 
 
 		 415 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1829  major facilitator superfamily MFS_1  83.38 
 
 		 414 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4224  major facilitator transporter  79.12 
 
 		 411 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6515  major facilitator superfamily permease  68.8 
 
 		 412 aa  548  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7884  major facilitator superfamily MFS_1  62.03 
 
 		 411 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6367  major facilitator superfamily MFS_1  58.58 
 
 		 409 aa  431  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5858  major facilitator transporter  60.51 
 
 		 414 aa  428  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3401  major facilitator transporter  55.67 
 
 		 394 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1067  major facilitator superfamily MFS_1  53.06 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.359193  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6050  major facilitator superfamily MFS_1  48.9 
 
 		 419 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4613  major facilitator superfamily MFS_1  49.62 
 
 		 417 aa  375  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.969548 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0943  major facilitator transporter  51.27 
 
 		 407 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1958  major facilitator transporter  30.05 
 
 		 409 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.716163  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6311  major facilitator superfamily MFS_1  31.99 
 
 		 413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0278735  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3681  major facilitator superfamily MFS_1  28.21 
 
 		 402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3859  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 402 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.526422 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1885  major facilitator transporter  29.21 
 
 		 405 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.135618  normal  0.739833 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1994  major facilitator transporter  29.18 
 
 		 411 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1300  major facilitator transporter  29.18 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.058248 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1789  major facilitator transporter  30.62 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.790734  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6107  major facilitator transporter  29.26 
 
 		 411 aa  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1970  major facilitator transporter  29.26 
 
 		 411 aa  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5285  major facilitator transporter  28.61 
 
 		 408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0853738 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0983  major facilitator superfamily permease  29.6 
 
 		 410 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.445341 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5881  major facilitator superfamily MFS_1  29.97 
 
 		 404 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6790  major facilitator superfamily MFS_1  29.54 
 
 		 404 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  27.85 
 
 		 430 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3546  major facilitator superfamily MFS_1  26.81 
 
 		 431 aa  93.6  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0513  MFS permease  26.43 
 
 		 430 aa  92  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.773198  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  28.23 
 
 		 420 aa  90.9  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  25.85 
 
 		 430 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  28.2 
 
 		 433 aa  85.9  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  26.88 
 
 		 429 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  25.97 
 
 		 457 aa  85.5  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  28.41 
 
 		 422 aa  85.1  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  28.02 
 
 		 433 aa  84.3  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3837  major facilitator superfamily MFS_1  27.18 
 
 		 431 aa  83.2  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02358  conserved hypothetical protein  27.54 
 
 		 448 aa  82.8  0.00000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2585  twin-arginine translocation pathway signal  28.65 
 
 		 423 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0520  major facilitator transporter  28.65 
 
 		 423 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02746  MFS monocarboxylate transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G05170)  26.32 
 
 		 436 aa  82  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.10624  normal  0.606528 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  29.38 
 
 		 409 aa  82  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0655  major facilitator superfamily MFS_1  26.86 
 
 		 408 aa  79.7  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.226203  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3695  major facilitator superfamily MFS_1  27.24 
 
 		 437 aa  78.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  27.07 
 
 		 459 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  24.04 
 
 		 428 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1296  major facilitator transporter  27.66 
 
 		 435 aa  77  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1220  major facilitator superfamily MFS_1  27.49 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.409801 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  29.12 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  26.04 
 
 		 413 aa  76.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0492  major facilitator transporter  27.42 
 
 		 422 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  24.68 
 
 		 434 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  28.42 
 
 		 442 aa  73.2  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_36120  monocarboxylate permease homologue  24.54 
 
 		 439 aa  72.8  0.00000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.590226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3101  major facilitator transporter  26.62 
 
 		 427 aa  72  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627117 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  27.91 
 
 		 436 aa  72  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0450  major facilitator transporter  25.85 
 
 		 424 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.0410928 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06429  conserved hypothetical protein  26.46 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.000000314614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  24.86 
 
 		 430 aa  70.9  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_37914  monocarboxylate permease  23.66 
 
 		 421 aa  70.9  0.00000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  24.77 
 
 		 414 aa  70.5  0.00000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3607  major facilitator transporter  25.88 
 
 		 439 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  27.02 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0965  major facilitator superfamily MFS_1  24.45 
 
 		 429 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0351  major facilitator superfamily permease  26.33 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.642789  hitchhiker  0.00154369 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6372  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 418 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1160  major facilitator superfamily MFS_1  24.63 
 
 		 430 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13883  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04481  monocarboxylate transporter (Eurofung)  25 
 
 		 510 aa  68.6  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.129733  normal  0.497069 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1033  major facilitator transporter  24.39 
 
 		 430 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512076  normal  0.078006 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30034  monocarboxylate permease homolog  24.86 
 
 		 471 aa  67.4  0.0000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  22.64 
 
 		 414 aa  67.4  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4678  major facilitator transporter  24.66 
 
 		 404 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04098  MFS monocarboxylate transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12790)  25.65 
 
 		 432 aa  65.5  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.180766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3574  MFS family transporter  27.13 
 
 		 425 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356058  normal  0.784997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  25.07 
 
 		 426 aa  65.1  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08789  MFS monocarboxylate transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12710)  24.05 
 
 		 506 aa  64.3  0.000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.140975 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  25.21 
 
 		 405 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  25.5 
 
 		 405 aa  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5287  major facilitator superfamily MFS_1  25.52 
 
 		 405 aa  63.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0508736  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3057  major facilitator family transporter  29.8 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  24.17 
 
 		 418 aa  62.4  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2004  hypothetical protein  29.8 
 
 		 398 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  23.87 
 
 		 412 aa  62.8  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5472  major facilitator transporter  27.68 
 
 		 437 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1401  oxalate/formate antiporter  29.8 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3184  major facilitator family transporter  29.8 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.965464  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2293  major facilitator family transporter  29.8 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1027  major facilitator family transporter  29.8 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.492633  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3307  major facilitator transporter  27.44 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  23.85 
 
 		 430 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1314  major facilitator family transporter  29.8 
 
 		 417 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2806  transporter, putative  25.65 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1737  major facilitator transporter  25.65 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3613  monocarboxylate MFS permease  25.65 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3602  major facilitator transporter  25.65 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3154  major facilitator superfamily MFS_1  25.39 
 
 		 421 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.328617  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2113  major facilitator transporter  27.13 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.473002  normal  0.06428 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3171  major facilitator transporter  25.65 
 
 		 427 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0598  MFS transporter  23.7 
 
 		 412 aa  62  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>